Lab Mouse
2.13K subscribers
790 photos
257 videos
6 files
368 links
Генетика 🧬 Биоинформатика 💻 Data Science
Лекции: https://gitazone.org/
Инста: https://www.instagram.com/lab.mouse
TikTok: https://www.tiktok.com/@labmousetalks
YouTube: https://www.youtube.com/@GitaZone
Download Telegram
У нас тут в Ереване начались винные дни. И вот гуляем мы с друзьями все такие (не)винные, фестиваль уже закрывается до завтра, ночь на дворе, а нас заносит в барчик. Ничего не предвещало беды, но вдруг на столы принесли такую бумагу, под тарелки с едой. И, как часто делают, с распечаткой. Да не какой-то рекламы, а кроссворда на пивную тему. И написано, что разгадавшим весь кроссворд пиво бесплатно.

Ну вопросы то смешные: какая страна производит больше всего пива в мире? Какой сорт лагера чего-то там и тд. И вот среди них такой: вещество в составе пива, в которое входит изоформа молекулы изображенная на нашей стене.

Пошли к стене, сфотали картинку. Давай вспоминать химию совместными усилиями. Пофигу пиво — главное азарт!! Опознали молекулу как что-то со спиртами. Похоже ароматическими? Гуглили. Спрашивали чат жпт. Перебирали все, что помним из химии. И тут меня озаряет: ну химик из меня так себе, но я же БИОИНФОРМАТИК! А значит просто надо перевести формулу в формат компьютерной записи SMILES (это вот так примерно: C1=CN=C[NH]C(=O)1) и вставить ее в строку поиска по базе данных химических молекул. Черчу формулу, но не могу вспомнить, откуда считать вершины графа. Нужна инструкция.

Вспоминаю, что я сама написала такую инструкцию в главе книги а-ля «биоинформатика для чайников» (читателя которой я не смогла себе представить и потому забросила книгу наполовину написанной в начале пандемии. Но если вы издатель и оно вам надо, приходите поговорить). Лезу на гуглодиск, нахожу книгу, главу, читаю, лезу чертить остовное дерево графа молекулы…

К моменту, когда на моей подставке под тарелку, не осталось места из-за рисунков, а нас полностью поглотил азарт, девчата не-химики/биологи подобрали ответ, и он оказался верным!!

Сначала мы не поверили. Мы возмущались и шумели. Это было жестоко! Это было бесчеловечно! А потом… потом мы перечитали вопрос и кааааак поняли…

Формулу со стены прикрепляю. Ответ под спойлером, но попробуйте сначала отгадать самостоятельно и напишите ответ в комментах:)
ОТВЕТ: ХМЕЛЬ
👏15😁11👍82
🥰21🔥8👍3
Я вам что пришла сказать. Написать целую научпоп книгу проще и быстрее, чем одну научную статью по своей теме. Я скоро поеду крышей (а может и уже).
Собственно это и ответ, где новые выпуски подкаста и вообще всякий контент. Только на ролики для тикитоков меня и хватает между основной работой и статьей(
😢29206👍5🙏3
Ребята! Это мой подопечный по имени Джем. Джем в Ереване и он нашел дом недалеко от Москвы. Нам нужен «котокурьер», чтобы доставить его до Москвы.

Если вы летите из Еревана в Москву в любой день с 28 июня по 10 июля и готовы захватить Джема, напишите мне, пожалуйста. Финансово вам это ничего не будет стоить. Только немного сил, чтобы сделать +1 кота счастливым.
47🤯2
Forwarded from Darth Biology
Детский психиатр Степан Краснощеков выпустил важное видео о том, как в одной из российских клиник якобы излечивают («выводят в норму») детей с расстройствами аутистического спектра. Я думала, меня сложно удивить, но тут авторы методики превзошли все возможные ожидания: лечение РАС с помощью назальных капель коллоидного серебра и антигельминтных (противоглистных) средств — это что-то новое. Лечение по авторской методике обходится примерно 3 млн рублей (около 31 800€ или 34 000$). Конечно же, не обошлось и без непрозрачной бухгалтерии.

Несмотря на то, что некоторые заявления авторов метода имеют под собой научную базу (в частности, история про нейровоспаление), предлагаемые ими методы диагностики и лечения абсолютно антинаучны. Это самая опасная ситуация: когда научное и антинаучное перемешивается в словах одного спикера, становится особенно сложно разобраться. Будьте осведомлены и осторожны.

Больше адекватной информации о РАС можно найти, например, на сайте фонда Антон тут рядом.
🤬36🤯14😱6👍3
Forwarded from Letters and Numbers Coworking, Coffee Shop and more
Прогулка в зоопарк «Тиндер для тигров: семья и отношения у животных»🐯❤️🐯

Приглашаем на экскурсию-лекцию в зоопарк, в которой ведущие расскажут о том, как животные общаются, знакомятся и создают семейные пары. И не только пары.
О всех тонкостях тиндера для тигров и фейсбука для попугаев расскажут биоинформатик Анна Иванова @lab.mouse и Анастасия Клешнина @oh.mohh, преподавательница биологии и sex education, автор книги о диких животных Армении "Wild Armenia"

Экскурсия будет интересна всем любознательным, возрастных ограничений нет
❗️Просьба к родителям: мы будем рассказывать про биологию честно и открыто. Если вы не готовы, чтоб ваш ребенок слушал, взвесьте это

Пятница, 28 июня
Сбор в 18:15
Начало в 18:30
💰6 000 ֏ с человека или 5 000 ֏, если уже были на прошлых прогулках в зоопарк с нами
💰4 000 ֏ детский билет 4-15 лет, дети до 3 лет бесплатно
Билет в зоопарк включен в стоимость экскурсии

🫖 Кафе в зоопарке пока закрыто, захватите с собой бутылочку с водой 🚰
Продолжительность прогулки ≈ 2,5 ч

📍Встречаемся у фонтана с тюленем ⛲️🦭

☑️ Регистрация через форму на сайте lettersandnumbers.am
11👍1
А мае я была на фестивале в Сербии. Это был очень крутой фест, но даже не столько крутизной лекторов (а она была ого-го!), но мельчайшими деталями организации. И вот какая штука была самая для меня (опытного лектора-гастролера) непривычная — постоянный контакт со всеми участниками фестиваля. Мы общались в чате фестиваля, прямо там кидались интересными вопросами и ссылками (и до сих пор чат фестиваля жив!), мы бесконечно разговаривали все со всеми. Язык на третий день мне хотелось положить в карман, но опыт был офигенный. Не сомневаюсь, что для гостей фестиваля он тоже был именно таким.

И вот те самые организаторы привозят к нам в Ереван свой новый фестиваль. Про космос! И я с огромным удовольствием делюсь анонсом, зову вас и сама обязательно буду!
12👍3🥰2🔥1
Раскрывая тайны Большого Взрыва

С 19 по 21 июля в Ереване соберутся ведущие космические эксперты для того, чтобы прочитать захватывающие лекции и даже провести экскурсии по научным объектам Армении.

🌌Однодневный тур на Бюраканскую обсерваторию и радиооптический телескоп Геруни
🔭Наблюдение за звездами в современный телескоп
🍻Кинобар с космическими фильмами и комментариями астрономов
🤝Нетворкинг и Q&A сессии с учеными

Вместе с астрономами мы будем искать ответы на сложные вопросы про устройство вселенной. Мы обсудим, какое будущее ждет Солнечную систему, как скоро мы будем осваивать новые планеты и будет ли пересмотрена теория Большого Взрыва. А также исследуем и “подземный космос”: узнаем, как крупнейшая научная лаборатория мира ЦЕРН изучает Вселенную.

🌏 Астроном и просветитель в области науки Владимир Сурдин
🚀 Популяризатор космонавтики Виталий Егоров (Зеленый кот!!)
🌕Профессор РАН Дмитрий Вибе
🌪Физик-ядерщик и научный сотрудник ЦЕРН и ТГУ Ирина Шрайбер
🌒Ведущий научный сотрудник Института ядерных исследований РАН Борис Штерн
🪐Астрофизик Кирилл Масленников.

19 июля, 13:00 - 21 июля, 22:00
19 июля - однодневный тур на склоны горы Арагац
20-21 - Elite Plaza, Мовсеса Хоренаци, 15


Подробности и билеты на сайте
🔥5👍43
Ереван, а еще мы завтра слэклайним. То есть ходим по стропе. Это оч круто. А Андрей классный учитель и научит с нуля. Приходите, кто тут!
1
Forwarded from Hige BR
Привет! Давайте вспомним свои навыки по слэклайну в этот четверг в английском парке с 19:00!
Поставте реакцию - ❤️, кто хочет потренироваться!


Hi. Let's remember our slackline skills this Thursday at English Park from 19:00!
Post a reaction ❤️ who wants to practice!
🔥9
Ребята, любимая Альпина задумала классное и под это дело приглашает всех!
2
Цикл встреч «Книги и смыслы» в Музее криптографии @cryptography_museum

При содействии издательств «Альпина нон-фикшн» и «Альпина.Проза» @alpinaproza

Теперь дважды в месяц в музее будут проходить паблик-токи и встречи с авторами, учеными и редакторами, участники которых будут обсуждать главные новинки современной прозы и нон-фикшн, а также самые актуальные темы мировой науки и ее влияние на повседневную жизнь: от развития искусственного интеллекта до психологии.

Участники первой встречи поговорят о генетике, генной инженерии, о возможностях нейросетей и будущем:

Сергей Киселев, доктор биологических наук, профессор, заведующий лабораторией эпигенетики Института общей генетики им Н.И. Вавилова РАН, научный редактор книги Эми Уэбб и Эндрю Гесселя «Машина творения: Новые организмы, редактирование генома и лабораторные гамбургеры».

Ксения Буржская, поэт, прозаик, AI-евангелист голосового помощника Алиса в «Яндексе». Лауреат, финалист и лонглистер нескольких премий, в том числе «НОС», «Национальный бестселлер», «Выбор читателей портала LiveLib», «Электронная буква», «Большая книга», «Сделано в России». Финалистка The Blueprint 100.

Модератор: Денис Лукьянов, контент-редактор сайта nonfiction.ru, книжный обозреватель.

Регистрация на мероприятие: https://clck.ru/3Bctk4
🔥12👍1👏1
Ученые нашли механизм, оставивший нас без хвоста (или все-таки нет?)

Эй! Есть тут у меня все еще любители текстов?
Несколько месяцев назад пришли ко мне журналисты любимого издания о науке и попросили стать научным редактором одной новости. Прочитала я заметку. Потом новость. Потом оригинальную статью. Потом снова новость. Потом начала бить себя по голове и писать подругам генетику и молекулярщице, чтоб понять, кто из нас сошел с ума — я или престижный журнал, где эта статья вышла. Потом я пошла редактировать ту самую заметку и в какой-то момент от оригинальных ее слов осталось очень мало чего. В итоге издание решило такую сомнительную новость у себя не публиковать, а у меня в распоряжении остался текст-разбор, который возможно интересен уже моим читателям.

Вот тут на patreon или на boosty мою статью можно удобно (и в открытом доступе) прочитать с картинками, а если вам переходить по ссылкам лениво, то ниже все то же самое прямо в телеге. ⬇️
15👍3
Итак, речь в оригинальной статье — On the genetic basis of tail-loss evolution in humans and apes — идет о генетическом механизме, который возможно отвечает за редуцирование хвоста. Группа ученых провела эксперимент с использованием технологии CRISPR (той самой, которая все еще на хайпе, хотя уже появились и решения поновее), в результате которого они (вроде как) заставили потерять хвосты подопытных мышей.

Немного вводной инфы:
Считается, что хвост у предков человека был утерян около 25 миллионов лет назад, что помогло развиться прямохождению. Но как это случилось и почему, по-прежнему остается загадкой. В недавнем исследовании ученые, кажется, нашли на нее возможный ответ. В нашем геноме есть ген TBXT — T-box transcription factor T — этот ген отвечает за то, как будут работать или не работать другие гены, которые в период эмбрионального развития «строят» хорду, которая позднее заменяется на позвоночник.

Но чтобы объяснить, что же скорее всего произошло, нужно описать немного теории: дело в том, что гены в организмах вроде нас с вами — то есть эукариотических, или ядерных, не записаны сплошным текстом.

Один ген в геноме ядерного организма проще всего представить как глянцевый журнал с множеством картинок и рекламы. Полезная информация в таком журнале разбита на небольшие блоки, между которыми много страниц с рекламой. Кажется, что такая организация генов совсем не эффективна, но это только на первый взгляд. Когда ген считывается с двойной цепочки ДНК, сначала его текст превращается в одинарную цепочку РНК. На этой цепочке в этот момент после считывания находятся и «полезные информационные блоки» (они называются экзоны) и «реклама» (интроны). Теперь цепочка РНК должна созреть (да, это термин) — специальные молекулярные механизмы разрежут ее по «стыкам» между «рекламой» и «информацией». А другие молекулярные механизмы затем соберут и сошьют в одну новую зрелую цепочку РНК только информационные блоки — экзоны, выкинув ненужное — интроны. И вот тут-то самое интересное!

Порядок в котором блоки будут сшиты может меняться. Они могут идти в обычном порядке — 1-2-3-4-5, а могут меняться местами — 2-1-3-5-4 или, скажем, 5-4-2-1-3, могут терять экзоны вместе с удаленными интронами — 1-2-4-5 или, например, 1-3-5… Просто подсчитайте, сколько теоретически* возможных комбинаций зрелой РНК возможно получить из одного записанного в ДНК гена! Это как конструктор, в котором можно переставлять блоки, получая новые фигуры.

Далее по зрелой РНК клетка готовит белок. Получается, что с одного текста одного гена теоретически ядерные организмы могут получить множество различных белков!
19🔥4👍2
Разный порядок блоков — экзонов — устанавливается не случайно — им управляют регуляторные механизмы. И вот что, кажется, произошло в гене TBXT человека (и других бесхвостых обезьян): возле экзона №6 в ДНК-тексте гена в результате мутации добавился маленький кусочек ДНК. Он совсем неважный, он даже не затрагивает информационную часть самого гена. Добавился он в «рекламу» — интрон. Важной эта вставка становится в момент, когда РНК созревает — удаляются интроны и соединяются экзоны. Эта новая вставка в этот момент как бы слипается с другим совсем неважным кусочком внутри интрона с другой стороны от экзона 6. Как если бы в вашем журнале две страницы случайно склеились — тогда информационный блок (экзон №6) между этими слипшимися страницами не может быть прочитан, и когда вы начнете вырывать рекламные страницы, чтобы оставить только полезную информацию, вместе с рекламными слипшимися страницами вы неизбежно вырвете и его.
🔥24👍2
Так, похоже, и стало случаться еще много миллионов лет назад в клетках нашего общего предка.

То есть, смотрите, сам экзон №6 в гене так и записан, он никуда не пропал из ДНК. Он есть сегодня и у бесхвостых обезьян (человека, гориллы) и у хвостатых (бабуинов, макак-резусов). Но у нас, бесхвостых, из-за случайного добавления того самого “неважного” кусочка в интрон, следующий за экзоном №6, при созревании РНК этот экзон №6 стал выпадать. И текст нашей инструкции, управляющей начальным развитием у эмбриона будущего позвоночника, стал немного другим — хвост по этой измененной инструкции больше не развивается.

Почему именно так получается, какой именно механизм при этом «отключает хвост» точно ученые пока не понимают. Но есть предположение, что с приобретением такой мутации и последующей потерей хвоста, у человека увеличилась вероятность дефектов развития нервной трубки, структуры, которая на следующих эмбриональных стадиях развивается в центральную нервную систему.

Как все это смогли установить? Сначала ученые путем сравнения генетических данных человека и других обезьян — хвостатых и бесхвостых — биоинформатически вычислили и предположили виновника потери хвоста, затем проверили свою гипотезу экспериментально на клетках, а после уже на мышах. При помощи технологии CRISPR мышам внесли такую мутацию в геном. В итоге детеныши родились или с короткими хвостами, или с искривленными хвостами, или совсем без хвостов.

Интересно, что если мышке доставалось два мутантных варианта гена — по одному от каждого из родителей, то это неизменно приводило к летальному исходу еще на стадии эмбриона. Таким образом для нормального развития бесхвостой мыши в организме должен присутствовать и нормальный и мутантный вариант гена Tbxt. Согласно другим исследованиям, такое ограничение существует и для собак, и для кошек породы Мэнкс — гомозиготность по мутантному варианту гена (с выпавшим экзоном 6) приводит к смерти еще на стадии эмбриона. Но для человека, выходит, что это не так.

Возможно, какой-то дальнейший каскад реакций «защищает» нас. Но возможно и то, что результаты моделирования ученых в будущем не подтвердятся новыми экспериментальными данными. В любом случае, наблюдать за развитием данной темы будет очень интересно.
Ну а громко заявлять, что установлен механизм потери хвоста, пока точно не время.


Источник: Xia, B., Zhang, W., Zhao, G. et al. On the genetic basis of tail-loss evolution in humans and apes. Nature 626, 1042–1048 (2024). https://doi.org/10.1038/s41586-024-07095-8

* важно подчеркнуть что именно теоретически. Практически их меньше!
👍309🔥8
This media is not supported in your browser
VIEW IN TELEGRAM
Булочка🤣 Смотреть до конца
34👍2