معرفی ابزار ProBuilder
ابزارProBuilder یک بسته نرمافزاری فوق سریع برای تولید ساختار پروتئین است که قابلیت ایجاد اسکلت اصلی پروتئین (backbone) را با الزامات مشخص، مانند تاخوردگی، تعامل با مولکولهای کوچک، پیوند با سایر پروتئینها و اتصال یونها، دارد. تمامی محاسبات تنها بر اساس مختصات اسکلت اصلی و محدودیتهای هندسی انجام میشوند، بنابراین این نرمافزار عملکرد بسیار سریعی دارد.
ابزار scaffold_generator در ProBuilder قادر است بهسرعت اسکلتهای پروتئینی مارپیچی (helical) تولید کند. این ابزار طول مورد نظر پروتئین و تعداد هلیکسها را دریافت کرده و با استفاده از تجمیع قطعات (fragment assembly) اسکلتها را میسازد. برای هدایت فرآیند تاخوردگی پروتئین، از امتیاز تبدیل جفت رزیدو (RPX score) استفاده میکند. عملکرد این ابزار مشابه سیستم blueprint در Rosetta است، با این تفاوت که سرعت بسیار بالاتری دارد.
◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️
🆔 @irbioinformatics
ابزار
🆔 @irbioinformatics
❤5
ProBuilder-main.zip
9.6 MB
فایل کدهای ابزار ProBuilder
برای نصب ابزار ابتدا فایل زیپ را دانلود کرده و از حالت فشرده خارج کنید و سپس اطمینان حاصل کنید که ابزار Cmake بر روی سیستم شما نصب باشد سپس دستورات زیر را وارد کنید در ترمینال اوبنتو و در داخل پوشه ProBuilder اقدام به نصب ابزار کنید. فایل Pdf همراه هم مقاله گروه توسعه دهنده این ابزار کاربردی است.
برای نصب ابزار ابتدا فایل زیپ را دانلود کرده و از حالت فشرده خارج کنید و سپس اطمینان حاصل کنید که ابزار Cmake بر روی سیستم شما نصب باشد سپس دستورات زیر را وارد کنید در ترمینال اوبنتو و در داخل پوشه ProBuilder اقدام به نصب ابزار کنید. فایل Pdf همراه هم مقاله گروه توسعه دهنده این ابزار کاربردی است.
$ mkdir build & cd build
$ cmake ..
$ make -j 10
❤3
معرفی کتاب
عنوان:
Modern Statistics for Modern Biology
نویسندگان:
Susan Holmes
Wolfgang Huber
سال چاپ:
2019
انتشارات:
دانشگاه کمبریج
خلاصه کتاب:
کتابModern Statistics for Modern Biology نوشته سوزان هولمز و ولفگانگ هوبر، راهنمایی جامع برای استفاده از روشهای آماری مدرن در تحلیل دادههای زیستشناسی مولکولی و زیستدادهها است. این کتاب با رویکردی کاربردی و محاسباتی، مفاهیم کلیدی آمار مانند تحلیل دادههای پرحجم، مدلسازی آماری، خوشهبندی، تحلیل مؤلفههای اصلی، و روشهای بیزی را در بستر مسائل زیستی آموزش میدهد.
استفاده گسترده از زبان R و مثالهای واقعی از دادههای ژنومی و پروتئومی، آن را به منبعی ارزشمند برای دانشجویان، پژوهشگران و متخصصانی تبدیل کرده است که در زمینههای بیوانفورماتیک، ژنومیکس و زیستشناسی سامانهها فعالیت میکنند.
عنوان:
نویسندگان:
Wolfgang Huber
سال چاپ:
2019
انتشارات:
دانشگاه کمبریج
خلاصه کتاب:
کتاب
استفاده گسترده از زبان R و مثالهای واقعی از دادههای ژنومی و پروتئومی، آن را به منبعی ارزشمند برای دانشجویان، پژوهشگران و متخصصانی تبدیل کرده است که در زمینههای بیوانفورماتیک، ژنومیکس و زیستشناسی سامانهها فعالیت میکنند.
❤8👍1
آشنایی با مفهوم پانژنوم باکتریایی
پانژنوم باکتریایی مفهومی است که مجموعه کامل ژنهای یک گونه را دربر میگیرد و شامل ژنهای مشترک بین تمام سویهها (Core Genome) و ژنهای اختصاصی یا متغیر (Accessory Genome) است . این نگاه فراتر از یک ژنوم مرجع منفرد، تصویر جامعتری از تنوع ژنتیکی باکتریها ارائه میدهد. با استفاده از فناوریهای توالییابی نسل جدید و تحلیلهای پیشرفته بیوانفورماتیکی، امکان شناسایی تفاوتهای ژنی بین سویهها و بررسی تأثیر آنها بر ویژگیهای فنوتیپی فراهم شده است.
......ادامه مطلب را از اینجا بخوانید...
◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️
🆔 @irbioinformatics
◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️
🆔 @irbioinformatics
❤5👍2
◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️
🆔 @irbioinformatics
❤7
آنالیزهای بیوانفورماتیکی نقش اساسی در
◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️
🆔 @irbioinformatics
❤12
کشف منبع جدید آنتیبیوتیک در آرکئا با تلفیق هوش مصنوعی و روشهای بیوانفورماتیک
دو مطالعه جدید در مجلاتNature Microbiology و PLOS Biology نشان میدهند که آرکئا، میکروبهای شاخه کمتر شناختهشده حیات، میتوانند منبع غنی ترکیبات آنتیبیوتیکی باشند . تیمی به رهبری سزار دلا فونته با استفاده از هوش مصنوعی بیش از ۱۲,۶۰۰ پپتید بالقوه ضد میکروبی در ۲۳۳ گونه آرکئا شناسایی کرد که ۹۳٪ از ۸۰ پپتید سنتز شده فعالیت ضدباکتریایی داشتند و یکی از آنها در مدل حیوانی به اندازه پلیمیکسین B مؤثر بود.
در مطالعهای جداگانه، پژوهشگران دانشگاه آکسفورد آنزیمهای هیدرولازی را در ۵٪ گونههای آرکئا یافتند که قادرنددیواره سلولی باکتریها را تخریب و آنها را نابود کنند . دانشمندان تأکید میکنند این ترکیبات هنوز تا تبدیل شدن به داروی واقعی فاصله دارند، اما آرکئا میتوانند افق جدیدی برای کشف آنتیبیوتیکها بگشایند.
◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️
🆔 Instagram | Telegram
دو مطالعه جدید در مجلات
در مطالعهای جداگانه، پژوهشگران دانشگاه آکسفورد آنزیمهای هیدرولازی را در ۵٪ گونههای آرکئا یافتند که قادرند
◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️
🆔 Instagram | Telegram
❤3👏3
آکادمی بیوانفورماتیک محققان ایرانی
کشف منبع جدید آنتیبیوتیک در آرکئا با تلفیق هوش مصنوعی و روشهای بیوانفورماتیک دو مطالعه جدید در مجلات Nature Microbiology و PLOS Biology نشان میدهند که آرکئا، میکروبهای شاخه کمتر شناختهشده حیات، میتوانند منبع غنی ترکیبات آنتیبیوتیکی باشند . تیمی به رهبری…
s41564-025-02061-0.pdf
15.3 MB
کشف منبع جدید آنتیبیوتیک در آرکئا با تلفیق هوش مصنوعی و روشهای بیوانفورماتیک
◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️
🆔 Instagram | Telegram
◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️
🆔 Instagram | Telegram
❤7
افزایش استفاده از هوش مصنوعی در نگارش مقالات علمی
#خبر
یک مطالعه جدیددر ژورنال Nature Human Behaviour نشان میدهد که استفاده از هوش مصنوعی تولیدکننده متن، از جمله ChatGPT، در مقالات علمی از سال ۲۰۲۲ به طور قابل توجهی افزایش یافته است. پژوهشگران با بررسی بیش از یک میلیون مقاله و نسخه Preprint، متوجه شدند که در برخی رشتهها مانند علوم کامپیوتر تا ۲۲٪ مقالات نشانههایی از اصلاح توسط مدلهای زبانی بزرگ (LLM) دارند، در حالی که درصد استفاده در ریاضیات و علوم زیستی کمتر است ولی در حال رشد است.
این روند سریع نگرانیهایی درباره دقت و اصالت محتوای علمی ایجاد کرده است، زیرا مدلهای زبانی ممکن است اطلاعات نادرست یا گمراهکننده تولید کنند. پژوهشگران همچنین هشدار میدهند که استفاده گسترده از AI میتواند بخشهای مرجع و مقدمه مقالات را مشابه یکدیگر کند و چرخهای ایجاد کند که محتوای بعدی مدلها بر اساس متنهای تولید شده توسط مدلهای قبلی شکل گیرد.
◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️
🆔 Instagram | Telegram
#خبر
یک مطالعه جدید
این روند سریع نگرانیهایی درباره دقت و اصالت محتوای علمی ایجاد کرده است، زیرا مدلهای زبانی ممکن است اطلاعات نادرست یا گمراهکننده تولید کنند. پژوهشگران همچنین هشدار میدهند که استفاده گسترده از AI میتواند بخشهای مرجع و مقدمه مقالات را مشابه یکدیگر کند و چرخهای ایجاد کند که محتوای بعدی مدلها بر اساس متنهای تولید شده توسط مدلهای قبلی شکل گیرد.
◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️
🆔 Instagram | Telegram
❤5😱2
#برگی_از_تاریخ
علاقه من به علم احتمالاً از علاقهام به پزشک شدن نشأت گرفت. من تحت تأثیر احترامی که به پزشکان محلی گذاشته میشد قرار گرفتم و بهویژه پزشک اطفال محلهمان را تحسین میکردم. هر زمان که بیمار میشدم، مرا به مطب یا خانه او میبردند تا درمان شوم. درسهای مورد علاقهام در دبیرستان ریاضی، فیزیک، شیمی و زیستشناسی بودند؛ زیرا موضوعات آنها بسیار جالب و معلمانشان جذاب بودند. در مقابل، در دروس زبان، ادبیات و نگارش بیشتر مشکل داشتم،اما خوشبختانه معلمی داشتم که اصرار داشت یاد بگیریم خود را در نوشتن بیان کنیم.
در زندگینامهاش، برایان کوبیلکا از مسیر علمی خود و علاقهاش به علم که از سنین پایین آغاز شد، سخن میگوید. او در سال ۲۰۱۲ جایزه نوبل شیمی را برای شناسایی ژنی که مسئول تشکیل گیرنده هورمون آدرنالین است، دریافت کرد.
◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️
🆔 Instagram | Telegram
علاقه من به علم احتمالاً از علاقهام به پزشک شدن نشأت گرفت. من تحت تأثیر احترامی که به پزشکان محلی گذاشته میشد قرار گرفتم و بهویژه پزشک اطفال محلهمان را تحسین میکردم. هر زمان که بیمار میشدم، مرا به مطب یا خانه او میبردند تا درمان شوم. درسهای مورد علاقهام در دبیرستان ریاضی، فیزیک، شیمی و زیستشناسی بودند؛ زیرا موضوعات آنها بسیار جالب و معلمانشان جذاب بودند. در مقابل، در دروس زبان، ادبیات و نگارش بیشتر مشکل داشتم،
در زندگینامهاش، برایان کوبیلکا از مسیر علمی خود و علاقهاش به علم که از سنین پایین آغاز شد، سخن میگوید. او در سال ۲۰۱۲ جایزه نوبل شیمی را برای شناسایی ژنی که مسئول تشکیل گیرنده هورمون آدرنالین است، دریافت کرد.
◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️
🆔 Instagram | Telegram
❤5👏1
معرفی ابزار بیوانفورماتیکی iTOL
ابزارiTOL یا Interactive Tree Of Life یک ابزار آنلاین قدرتمند برای نمایش، ویرایش و تحلیل درختهای فیلوژنتیک است که در حوزههای بیوانفورماتیک، ژنتیک و زیستفناوری کاربرد گستردهای دارد. این پلتفرم به پژوهشگران اجازه میدهد تا درختهای تکاملی را با فرمتهایی مانند Newick بارگذاری کرده و بهصورت تعاملی آنها را بررسی کنند.
یکی از قابلیتهای برجسته iTOL ، امکان افزودن دادههای جانبی مانند ویژگیهای فنوتیپی، اطلاعات متادیتا، یا رنگگذاری انشعابات درخت است که به درک بهتر روابط بین گونهها کمک میکند.
همچنین این ابزار خروجیهای گرافیکی با کیفیت بالا برای استفاده در مقالات علمی، ارائهها و گزارشهای پژوهشی کاربران را نیز فراهم میسازد.
◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️
🆔 Instagram | Telegram
ابزار
یکی از قابلیتهای برجسته
همچنین این ابزار خروجیهای گرافیکی با کیفیت بالا برای استفاده در مقالات علمی، ارائهها و گزارشهای پژوهشی کاربران را نیز فراهم میسازد.
◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️
🆔 Instagram | Telegram
❤6👍2👏1