معرفی SMART - Servier Medical ART

وبگاه #SMART یکی از محبوبترین مخازن رایگان برای #دانلود شکل های گرافیکی در حوزه علوم آزمایشگاهی و پزشکی است. در این وبسایت بیش از 3000 تصویر گرافیکی با کیفیت در فرمت png و powerpoint در اختیار کاربران قرار گرفته است تا به صورت رایگان و با لایسنس آزاد از آنها برای طراحی شکل و گرافیک های زیبا استفاده کنند. برای دسترسی به این وبسایت کافی است به آدرس زیر بروید:

https://smart.servier.com

#گرافیک
#میکروبیولوژی
#چکیده
#شکل_گرافیکی

◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️
🆔 @irbioinformatics

معرفی نرم افزار FastQC

نرم افزار #FastQC یک نرم‌افزار رایگان برای ارزیابی کیفیت داده‌های خام توالی‌یابی نسل جدید (#NGS) است. این نرم‌افزار معمولاً پس از دریافت داده‌های خام در قالب فایل‌های #FASTQ اجرا می‌شود تا کیفیت کلی خوانش‌ها یا همان #Readها و مشکلات احتمالی آن‌ها را بررسی کند. هدف اصلی #FastQC، شناسایی خطاها و نقاط ضعف داده‌ها پیش از انجام تحلیل‌های بیوانفورماتیکی پیچیده‌تر مانند مونتاژ ژنوم یا تحلیل بیان ژن است.
لینک ها:
دانلود FastQC نسخه 0.12.1 سیستم عامل ویندوز و لینوکس
دانلود FastQC نسخه 0.12.1 سیستم عامل مک

معرفی مجموعه ابزار The MEME suite

مجموعه MEME Suite یک مجموعه نرم‌افزاری قدرتمند در بیوانفورماتیک است که برای شناسایی و تحلیل موتیف‌ها در توالی‌های DNA، RNA و پروتئین به کار می‌رود. موتیف‌ها الگوهای کوتاه و تکرارشونده‌ای هستند که اغلب نقش‌های حیاتی در فرآیندهایی مانند تنظیم بیان ژن، اتصال فاکتورهای رونویسی و عملکردهای ساختاری یا کاتالیتیکی پروتئین‌ها ایفا می‌کنند.

مجموعه MEME Suite با بهره‌گیری از الگوریتم‌های آماری، قادر است این الگوها را در مجموعه‌ای از توالی‌ها شناسایی و مشخصات آن‌ها را تعیین کند.

مشاهده ادامه مطلب و توضیحات کاملتر
◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️
🆔 @irbioinformatics

معرفی ابزار طراحی آنتی بادی SAbPred

ابزار SAbPred یک جعبه‌ابزار بیوانفورماتیکی برای پیش‌بینی و مدل‌سازی آنتی‌بادی‌ها است که امکان ساخت مدل‌های سه‌بعدی دقیق، پیش‌بینی ساختار نواحی مکمل تعیین‌کننده (CDRs) و ارزیابی ویژگی‌های فیزیکوشیمیایی را فراهم می‌کند.

این ابزار با استفاده از داده‌های ساختاری و الگوریتم‌های یادگیری ماشین، به طراحی و بهینه‌سازی آنتی‌بادی‌های درمانی، افزایش افینیتی و کاهش ایمنی‌زایی کمک می‌کند و از طریق یک رابط وب کاربرپسند قابل دسترسی است.

لینک دسترسی به ابزار SAbPred
◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️
🆔 @irbioinformatics

امتیاز pLI چیست و چه اهمیتی در مطالعات ژنومیکسی دارد؟

امتیاز pLI یا probability of loss-of-function intolerance نشان می‌دهد که یک ژن تا چه حد نسبت به جهش‌های از دست‌دهنده عملکرد (LoF) حساس است.

این مقدار با مقایسه تعداد واریانت‌های قطع‌کننده پروتئین یا PTVs: protein-truncating variants مشاهده‌شده با تعداد مورد انتظار در پایگاه‌های بزرگ ژنومی مانند gnomAD محاسبه می‌شود.

اگر pLI نزدیک به 1 باشد، ژن بسیار حساس بوده و جهش LoF احتمالاً بیماری‌زا است. در حالی که pLI نزدیک به صفر نشان‌دهنده تحمل بالا و بی‌خطر بودن نسبی این جهش‌ها است.

مقادیر میانی به بررسی‌های تکمیلی نیاز دارند. این شاخص به‌طور ویژه در تفسیر و اولویت‌بندی واریانت‌های ژنتیکی در مطالعات بالینی و تحقیقاتی اهمیت دارد.

◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️
🆔 @Irbioinformatics

آشنایی با انواع فرمت داده در پردازش‌های NGS
در پردازش داده‌های حاصل از مطالعات امیکسی مانند RNA-Seq یا توالی‌یابی ژنوم، به طور کلی فرمت‌های مختلف فایل نقش‌های متفاوتی در مراحل تحلیل دارند. داده خام ابتدا در قالب FASTQ ذخیره می‌شود که شامل توالی‌های خوانش‌شده (Reads) و نمرات کیفیت آن‌ها (Phred Score) است....

......ادامه مطلب را از اینجا بخوانید...

◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️
🆔 @irbioinformatics

معرفی ابزار ProBuilder

ابزار ProBuilder یک بسته نرم‌افزاری فوق‌ سریع برای تولید ساختار پروتئین است که قابلیت ایجاد اسکلت اصلی پروتئین (backbone) را با الزامات مشخص، مانند تاخوردگی، تعامل با مولکول‌های کوچک، پیوند با سایر پروتئین‌ها و اتصال یون‌ها، دارد. تمامی محاسبات تنها بر اساس مختصات اسکلت اصلی و محدودیت‌های هندسی انجام می‌شوند، بنابراین این نرم‌افزار عملکرد بسیار سریعی دارد.

ابزار scaffold_generator در ProBuilder قادر است به‌سرعت اسکلت‌های پروتئینی مارپیچی (helical) تولید کند. این ابزار طول مورد نظر پروتئین و تعداد هلیکس‌ها را دریافت کرده و با استفاده از تجمیع قطعات (fragment assembly) اسکلت‌ها را می‌سازد. برای هدایت فرآیند تاخوردگی پروتئین، از امتیاز تبدیل جفت رزیدو (RPX score) استفاده می‌کند. عملکرد این ابزار مشابه سیستم blueprint در Rosetta است، با این تفاوت که سرعت بسیار بالاتری دارد.

◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️
🆔 @irbioinformatics

معرفی کتاب
عنوان:
Modern Statistics for Modern Biology
نویسندگان:
Susan Holmes
Wolfgang Huber
سال چاپ:
2019
انتشارات:
دانشگاه کمبریج

خلاصه کتاب:
کتاب Modern Statistics for Modern Biology نوشته سوزان هولمز و ولفگانگ هوبر، راهنمایی جامع برای استفاده از روش‌های آماری مدرن در تحلیل داده‌های زیست‌شناسی مولکولی و زیست‌داده‌ها است. این کتاب با رویکردی کاربردی و محاسباتی، مفاهیم کلیدی آمار مانند تحلیل داده‌های پرحجم، مدل‌سازی آماری، خوشه‌بندی، تحلیل مؤلفه‌های اصلی، و روش‌های بیزی را در بستر مسائل زیستی آموزش می‌دهد.

استفاده گسترده از زبان R و مثال‌های واقعی از داده‌های ژنومی و پروتئومی، آن را به منبعی ارزشمند برای دانشجویان، پژوهشگران و متخصصانی تبدیل کرده است که در زمینه‌های بیوانفورماتیک، ژنومیکس و زیست‌شناسی سامانه‌ها فعالیت می‌کنند.