orca-6.1.0-f.0_linux_x86-64_openmpi41.tar.xz
415.6 MB
نسخه نصبی لینوکس x86_64 نرم افزار ORCA
https://t.iss.one/IRBioinformatics/2436
#not_for_sale
◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️
🆔 @irbioinformatics
https://t.iss.one/IRBioinformatics/2436
#not_for_sale
◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️
🆔 @irbioinformatics
❤4
آشنایی با انواع پروتئینهای Cas در سیستم کریسپر
پروتئینهای دخیل در سیستم CRISPR-Cas شامل مجموعهای از آنزیمهای مرتبط با شناسایی، پردازش RNA و برش DNA یا RNA هدف هستند. در سیستمهای کلاس ۱، پروتئینهایی مانند Cas3، Cas5، Cas6، Cas7 و Cas8 به صورت یک کمپلکس چندتایی عمل میکنند.
به عنوان مثال Cas3 دارای فعالیت هلیکازی و نوکلئازی است، Cas6 پردازش crRNA را انجام میدهد و Cas7 و Cas5 در تشکیل کمپلکس Cascade نقش دارند. در سیستمهای کلاس ۲، پروتئینهای منفرد مانند Cas9، Cas12، Cas13 و Cas14 وظیفه برش مولکول هدف را بر عهده دارند؛ Cas9 و Cas12 عمدتاً DNA را هدف میگیرند در حالی که Cas13 RNA را تخریب میکند و Cas14 قادر به شناسایی DNA تکرشتهای است.
همچنین نسخههای مهندسیشده مانند dCas9 که فاقد فعالیت نوکلئازی است و nCas9 برای تنظیم بیان ژن یا ایجاد جهشهای هدفمند استفاده میشوند.
منبع
آشنایی با انواع سیستم ویرایش ژن کریسپر (فایل PDF)
پروتئینهای دخیل در سیستم CRISPR-Cas شامل مجموعهای از آنزیمهای مرتبط با شناسایی، پردازش RNA و برش DNA یا RNA هدف هستند. در سیستمهای کلاس ۱، پروتئینهایی مانند Cas3، Cas5، Cas6، Cas7 و Cas8 به صورت یک کمپلکس چندتایی عمل میکنند.
به عنوان مثال Cas3 دارای فعالیت هلیکازی و نوکلئازی است، Cas6 پردازش crRNA را انجام میدهد و Cas7 و Cas5 در تشکیل کمپلکس Cascade نقش دارند. در سیستمهای کلاس ۲، پروتئینهای منفرد مانند Cas9، Cas12، Cas13 و Cas14 وظیفه برش مولکول هدف را بر عهده دارند؛ Cas9 و Cas12 عمدتاً DNA را هدف میگیرند در حالی که Cas13 RNA را تخریب میکند و Cas14 قادر به شناسایی DNA تکرشتهای است.
همچنین نسخههای مهندسیشده مانند dCas9 که فاقد فعالیت نوکلئازی است و nCas9 برای تنظیم بیان ژن یا ایجاد جهشهای هدفمند استفاده میشوند.
❤4
نرمافزار #JASP یک #ابزار آماری رایگان و متنباز است که برای انجام تحلیلهای آماری کلاسیک و بیزی طراحی شده و به دلیل رابط کاربری ساده و گرافیکی خود، نیاز به کدنویسی ندارد.
این #نرمافزار امکان انجام آزمونهای t، ANOVA، رگرسیون، همبستگی، آزمونهای ناپارامتری، تحلیلهای چندمتغیره مانند PCA و MANOVA، و حتی مدلهای پیچیدهتر مانند GLM را فراهم میکند.
نتایج در قالب #جداول استاندارد APA ارائه شده و #نمودارهای متنوعی برای نمایش دادهها تولید میشوند. JASP از دادههای SPSS، Excel و CSV پشتیبانی میکند و قابلیت افزودن ماژولهای تخصصی مانند #متاآنالیز و تحلیل بقا را نیز دارد.
در حال حاضر این نرم افزار در دو نسخه آنلاین ( با امکانات کمتر و قابل ارتقا) و آفلاین مناسب نصب بر روی سیستم عامل ویندوز، لینوکس و مک در دسترس است و کاربران می توانند از استفاده کنند.
◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️
🆔 @irbioinformatics
این #نرمافزار امکان انجام آزمونهای t، ANOVA، رگرسیون، همبستگی، آزمونهای ناپارامتری، تحلیلهای چندمتغیره مانند PCA و MANOVA، و حتی مدلهای پیچیدهتر مانند GLM را فراهم میکند.
نتایج در قالب #جداول استاندارد APA ارائه شده و #نمودارهای متنوعی برای نمایش دادهها تولید میشوند. JASP از دادههای SPSS، Excel و CSV پشتیبانی میکند و قابلیت افزودن ماژولهای تخصصی مانند #متاآنالیز و تحلیل بقا را نیز دارد.
در حال حاضر این نرم افزار در دو نسخه آنلاین ( با امکانات کمتر و قابل ارتقا) و آفلاین مناسب نصب بر روی سیستم عامل ویندوز، لینوکس و مک در دسترس است و کاربران می توانند از استفاده کنند.
◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️
🆔 @irbioinformatics
❤5
هیالورونیک اسید پلیساکاریدی خطی متشکل از اسید گلوکورونیک و N-استیل-D-گلوکوزآمین است که به دلیل ساختار بسیار هیدروفیل خود توانایی جذب آب تا هزار برابر وزنش را دارد. منبعی غنی مانند تاج خروس برای استخراج آن استفاده میشود و در محصولات آرایشی بهعنوان آبرسان، بهبوددهنده خاصیت کشسانی و کاهشدهنده چینوچروک پوست به کار میرود.
@irbioinformatics
کموانفورماتیک با مدلسازی ساختاری و دینامیکی، شبیهسازی تعاملات با پروتئینها و داروها، طراحی مشتقات شیمیایی جدید و پیشبینی خواص زیستی و رئولوژیکی، امکان ارزیابی پایداری و بهینهسازی کارایی هیالورونیک اسید در کاربردهای دارویی و آرایشی را فراهم میکند.
@irbioinformatics
کموانفورماتیک با مدلسازی ساختاری و دینامیکی، شبیهسازی تعاملات با پروتئینها و داروها، طراحی مشتقات شیمیایی جدید و پیشبینی خواص زیستی و رئولوژیکی، امکان ارزیابی پایداری و بهینهسازی کارایی هیالورونیک اسید در کاربردهای دارویی و آرایشی را فراهم میکند.
Reference:
1-J Sep Sci . 2010 Nov;33(22):3530-6. doi: 10.1002/jssc.201000478 .
2-Method for extracting hight purified hyaluronic acid from cocks comb - Google Patents
❤6
کتاب Bioinformatics in Agriculture: Next Generation Sequencing Era (منتشرشده در سال 2022) به بررسی کاربرد رویکردهای بیوانفورماتیکی در مطالعات اومیکسی و بهبود صفات زراعی میپردازد.
این اثر 707 صفحهای در 37 فصل، ابتدا مبانی بیوانفورماتیک و تحلیل دادهها را معرفی کرده و سپس با دستورالعملهای کاربردی به مباحث ژنومیکس، ترانسکریپتومیکس و متابولومیکس در کشاورزی میپردازد. متن روان و رویکرد نوین آن، آنالیز دادههای بزرگ را در بیوتکنولوژی و بهنژادی گیاهی پوشش میدهد.
◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️
🆔 @irbioinformatics
این اثر 707 صفحهای در 37 فصل، ابتدا مبانی بیوانفورماتیک و تحلیل دادهها را معرفی کرده و سپس با دستورالعملهای کاربردی به مباحث ژنومیکس، ترانسکریپتومیکس و متابولومیکس در کشاورزی میپردازد. متن روان و رویکرد نوین آن، آنالیز دادههای بزرگ را در بیوتکنولوژی و بهنژادی گیاهی پوشش میدهد.
◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️
🆔 @irbioinformatics
❤6
معرفی SMART - Servier Medical ART
وبگاه #SMART یکی از محبوبترین مخازن رایگان برای #دانلود شکل های گرافیکی در حوزه علوم آزمایشگاهی و پزشکی است. در این وبسایت بیش از 3000 تصویر گرافیکی با کیفیت در فرمت png و powerpoint در اختیار کاربران قرار گرفته است تا به صورت رایگان و با لایسنس آزاد از آنها برای طراحی شکل و گرافیک های زیبا استفاده کنند. برای دسترسی به این وبسایت کافی است به آدرس زیر بروید:
https://smart.servier.com
#گرافیک
#میکروبیولوژی
#چکیده
#شکل_گرافیکی
◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️
🆔 @irbioinformatics
وبگاه #SMART یکی از محبوبترین مخازن رایگان برای #دانلود شکل های گرافیکی در حوزه علوم آزمایشگاهی و پزشکی است. در این وبسایت بیش از 3000 تصویر گرافیکی با کیفیت در فرمت png و powerpoint در اختیار کاربران قرار گرفته است تا به صورت رایگان و با لایسنس آزاد از آنها برای طراحی شکل و گرافیک های زیبا استفاده کنند. برای دسترسی به این وبسایت کافی است به آدرس زیر بروید:
#گرافیک
#میکروبیولوژی
#چکیده
#شکل_گرافیکی
◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️
🆔 @irbioinformatics
❤7👍2
معرفی نرم افزار FastQC
نرم افزار #FastQC یک نرمافزار رایگان برای ارزیابی کیفیت دادههای خام توالییابی نسل جدید (#NGS) است. این نرمافزار معمولاً پس از دریافت دادههای خام در قالب فایلهای #FASTQ اجرا میشود تا کیفیت کلی خوانشها یا همان #Readها و مشکلات احتمالی آنها را بررسی کند. هدف اصلی #FastQC، شناسایی خطاها و نقاط ضعف دادهها پیش از انجام تحلیلهای بیوانفورماتیکی پیچیدهتر مانند مونتاژ ژنوم یا تحلیل بیان ژن است.
لینک ها:
دانلود FastQC نسخه 0.12.1 سیستم عامل ویندوز و لینوکس
دانلود FastQC نسخه 0.12.1 سیستم عامل م ک
نرم افزار #FastQC یک نرمافزار رایگان برای ارزیابی کیفیت دادههای خام توالییابی نسل جدید (#NGS) است. این نرمافزار معمولاً پس از دریافت دادههای خام در قالب فایلهای #FASTQ اجرا میشود تا کیفیت کلی خوانشها یا همان #Readها و مشکلات احتمالی آنها را بررسی کند. هدف اصلی #FastQC، شناسایی خطاها و نقاط ضعف دادهها پیش از انجام تحلیلهای بیوانفورماتیکی پیچیدهتر مانند مونتاژ ژنوم یا تحلیل بیان ژن است.
❤6
معرفی مجموعه ابزار The MEME suite
مجموعهMEME Suite یک مجموعه نرمافزاری قدرتمند در بیوانفورماتیک است که برای شناسایی و تحلیل موتیفها در توالیهای DNA، RNA و پروتئین به کار میرود. موتیفها الگوهای کوتاه و تکرارشوندهای هستند که اغلب نقشهای حیاتی در فرآیندهایی مانند تنظیم بیان ژن، اتصال فاکتورهای رونویسی و عملکردهای ساختاری یا کاتالیتیکی پروتئینها ایفا میکنند.
مجموعه MEME Suite با بهرهگیری از الگوریتمهای آماری، قادر است این الگوها را در مجموعهای از توالیها شناسایی و مشخصات آنها را تعیین کند.
مشاهده ادامه مطلب و توضیحات کاملتر
◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️
🆔 @irbioinformatics
مجموعه
◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️
🆔 @irbioinformatics
👍5🔥1
معرفی ابزار طراحی آنتی بادی SAbPred
ابزار SAbPred یک جعبهابزار بیوانفورماتیکی برای پیشبینی و مدلسازی آنتیبادیها است که امکان ساخت مدلهای سهبعدی دقیق، پیشبینی ساختار نواحی مکمل تعیینکننده (CDRs) و ارزیابی ویژگیهای فیزیکوشیمیایی را فراهم میکند.
این ابزار با استفاده از دادههای ساختاری و الگوریتمهای یادگیری ماشین، به طراحی و بهینهسازی آنتیبادیهای درمانی، افزایش افینیتی و کاهش ایمنیزایی کمک میکند و از طریق یک رابط وب کاربرپسند قابل دسترسی است.
لینک دسترسی به ابزار SAbPred
◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️
🆔 @irbioinformatics
این ابزار با استفاده از دادههای ساختاری و الگوریتمهای یادگیری ماشین، به طراحی و بهینهسازی آنتیبادیهای درمانی، افزایش افینیتی و کاهش ایمنیزایی کمک میکند و از طریق یک رابط وب کاربرپسند قابل دسترسی است.
◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️
🆔 @irbioinformatics
❤6
این مقدار با مقایسه تعداد
اگر pLI نزدیک به 1 باشد، ژن بسیار حساس بوده و جهش LoF احتمالاً بیماریزا است. در حالی که pLI نزدیک به صفر نشاندهنده تحمل بالا و بیخطر بودن نسبی این جهشها است.
مقادیر میانی به بررسیهای تکمیلی نیاز دارند. این شاخص بهطور ویژه
◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️
🆔 @Irbioinformatics
❤5
آشنایی با انواع فرمت داده در پردازشهای NGS
در پردازش دادههای حاصل ازمطالعات امیکسی مانند RNA-Seq یا توالییابی ژنوم ، به طور کلی فرمتهای مختلف فایل نقشهای متفاوتی در مراحل تحلیل دارند. داده خام ابتدا در قالب FASTQ ذخیره میشود که شامل توالیهای خوانششده (Reads) و نمرات کیفیت آنها (Phred Score ) است....
......ادامه مطلب را از اینجا بخوانید...
◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️
🆔 @irbioinformatics
در پردازش دادههای حاصل از
.
◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️
🆔 @irbioinformatics
❤7👍1
معرفی ابزار ProBuilder
ابزارProBuilder یک بسته نرمافزاری فوق سریع برای تولید ساختار پروتئین است که قابلیت ایجاد اسکلت اصلی پروتئین (backbone) را با الزامات مشخص، مانند تاخوردگی، تعامل با مولکولهای کوچک، پیوند با سایر پروتئینها و اتصال یونها، دارد. تمامی محاسبات تنها بر اساس مختصات اسکلت اصلی و محدودیتهای هندسی انجام میشوند، بنابراین این نرمافزار عملکرد بسیار سریعی دارد.
ابزار scaffold_generator در ProBuilder قادر است بهسرعت اسکلتهای پروتئینی مارپیچی (helical) تولید کند. این ابزار طول مورد نظر پروتئین و تعداد هلیکسها را دریافت کرده و با استفاده از تجمیع قطعات (fragment assembly) اسکلتها را میسازد. برای هدایت فرآیند تاخوردگی پروتئین، از امتیاز تبدیل جفت رزیدو (RPX score) استفاده میکند. عملکرد این ابزار مشابه سیستم blueprint در Rosetta است، با این تفاوت که سرعت بسیار بالاتری دارد.
◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️
🆔 @irbioinformatics
ابزار
🆔 @irbioinformatics
❤5