معرفی ابزار MANORAA
این ابزار برای ترسیم ساختار دو بعدی لیگاندهای شیمیایی به صورت رایگان توسعه یافته است که از فایل های sdf, pdb, mdl, mol و ... در خروجی خود پشتیبانی می کند. این ابزار به کاربر این امکان را می دهد که با استفاده از فایل های SMILES ساختار دو بعدی لیگاندهای شیمیایی را فراخوانی کند و گروه های عاملی موجود در ساختار لیگاند هدف را تغییر دهد یا استخلاف های شیمیایی به ساختار مولکول اضافه نماید.
@irbioinformatics
این ابزار همچنین با ایجاد خروجی های با کیفیت در فرمت png به کاربر این امکان را می دهد تا ساختار شیمیایی ترکیبات طراحی شده را ذخیره کند و در طراحی شکل های علمی از آنها استفاده نماید. برای دسترسی به این ابزار بر روی لینک زیر کلیک کنید.
MANORAA Chemical Sketch
◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️
🆔 @irbioinformatics
این ابزار برای ترسیم ساختار دو بعدی لیگاندهای شیمیایی به صورت رایگان توسعه یافته است که از فایل های sdf, pdb, mdl, mol و ... در خروجی خود پشتیبانی می کند. این ابزار به کاربر این امکان را می دهد که با استفاده از فایل های SMILES ساختار دو بعدی لیگاندهای شیمیایی را فراخوانی کند و گروه های عاملی موجود در ساختار لیگاند هدف را تغییر دهد یا استخلاف های شیمیایی به ساختار مولکول اضافه نماید.
@irbioinformatics
این ابزار همچنین با ایجاد خروجی های با کیفیت در فرمت png به کاربر این امکان را می دهد تا ساختار شیمیایی ترکیبات طراحی شده را ذخیره کند و در طراحی شکل های علمی از آنها استفاده نماید. برای دسترسی به این ابزار بر روی لینک زیر کلیک کنید.
◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️
🆔 @irbioinformatics
❤4
معرفی نرم افزار ORCA
نرم افزار Orca یک ابزار شیمی کوانتومی رایگان است که برای محاسبه ساختار الکترونیکی مولکولها و خواص آنها استفاده میشود.
@irbioinformatics
این برنامه شامل روشهای مدرن شیمی کوانتومی مانند نظریه تابعی چگالی، اغتشاش چند جسمی، خوشههای جفت شده و روشهای نیمه تجربی است.
نرم افزار ORCA برای محاسبه خواص مولکولهای بزرگتر، کمپلکسهای فلزات واسطه و خواص طیفسنجی آنها استفاده میشود. برای دانلود ORCA بر روی لینک زیر کلیک کنید:
https://www.faccts.de/orca/
🆔 @irbioinformatics
نرم افزار Orca یک ابزار شیمی کوانتومی رایگان است که برای محاسبه ساختار الکترونیکی مولکولها و خواص آنها استفاده میشود.
@irbioinformatics
این برنامه شامل روشهای مدرن شیمی کوانتومی مانند نظریه تابعی چگالی، اغتشاش چند جسمی، خوشههای جفت شده و روشهای نیمه تجربی است.
نرم افزار ORCA برای محاسبه خواص مولکولهای بزرگتر، کمپلکسهای فلزات واسطه و خواص طیفسنجی آنها استفاده میشود. برای دانلود ORCA بر روی لینک زیر کلیک کنید:
🆔 @irbioinformatics
❤3
orca-6.1.0-f.0_linux_x86-64_openmpi41.tar.xz
415.6 MB
نسخه نصبی لینوکس x86_64 نرم افزار ORCA
https://t.iss.one/IRBioinformatics/2436
#not_for_sale
◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️
🆔 @irbioinformatics
https://t.iss.one/IRBioinformatics/2436
#not_for_sale
◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️
🆔 @irbioinformatics
❤4
آشنایی با انواع پروتئینهای Cas در سیستم کریسپر
پروتئینهای دخیل در سیستم CRISPR-Cas شامل مجموعهای از آنزیمهای مرتبط با شناسایی، پردازش RNA و برش DNA یا RNA هدف هستند. در سیستمهای کلاس ۱، پروتئینهایی مانند Cas3، Cas5، Cas6، Cas7 و Cas8 به صورت یک کمپلکس چندتایی عمل میکنند.
به عنوان مثال Cas3 دارای فعالیت هلیکازی و نوکلئازی است، Cas6 پردازش crRNA را انجام میدهد و Cas7 و Cas5 در تشکیل کمپلکس Cascade نقش دارند. در سیستمهای کلاس ۲، پروتئینهای منفرد مانند Cas9، Cas12، Cas13 و Cas14 وظیفه برش مولکول هدف را بر عهده دارند؛ Cas9 و Cas12 عمدتاً DNA را هدف میگیرند در حالی که Cas13 RNA را تخریب میکند و Cas14 قادر به شناسایی DNA تکرشتهای است.
همچنین نسخههای مهندسیشده مانند dCas9 که فاقد فعالیت نوکلئازی است و nCas9 برای تنظیم بیان ژن یا ایجاد جهشهای هدفمند استفاده میشوند.
منبع
آشنایی با انواع سیستم ویرایش ژن کریسپر (فایل PDF)
پروتئینهای دخیل در سیستم CRISPR-Cas شامل مجموعهای از آنزیمهای مرتبط با شناسایی، پردازش RNA و برش DNA یا RNA هدف هستند. در سیستمهای کلاس ۱، پروتئینهایی مانند Cas3، Cas5، Cas6، Cas7 و Cas8 به صورت یک کمپلکس چندتایی عمل میکنند.
به عنوان مثال Cas3 دارای فعالیت هلیکازی و نوکلئازی است، Cas6 پردازش crRNA را انجام میدهد و Cas7 و Cas5 در تشکیل کمپلکس Cascade نقش دارند. در سیستمهای کلاس ۲، پروتئینهای منفرد مانند Cas9، Cas12، Cas13 و Cas14 وظیفه برش مولکول هدف را بر عهده دارند؛ Cas9 و Cas12 عمدتاً DNA را هدف میگیرند در حالی که Cas13 RNA را تخریب میکند و Cas14 قادر به شناسایی DNA تکرشتهای است.
همچنین نسخههای مهندسیشده مانند dCas9 که فاقد فعالیت نوکلئازی است و nCas9 برای تنظیم بیان ژن یا ایجاد جهشهای هدفمند استفاده میشوند.
❤4
نرمافزار #JASP یک #ابزار آماری رایگان و متنباز است که برای انجام تحلیلهای آماری کلاسیک و بیزی طراحی شده و به دلیل رابط کاربری ساده و گرافیکی خود، نیاز به کدنویسی ندارد.
این #نرمافزار امکان انجام آزمونهای t، ANOVA، رگرسیون، همبستگی، آزمونهای ناپارامتری، تحلیلهای چندمتغیره مانند PCA و MANOVA، و حتی مدلهای پیچیدهتر مانند GLM را فراهم میکند.
نتایج در قالب #جداول استاندارد APA ارائه شده و #نمودارهای متنوعی برای نمایش دادهها تولید میشوند. JASP از دادههای SPSS، Excel و CSV پشتیبانی میکند و قابلیت افزودن ماژولهای تخصصی مانند #متاآنالیز و تحلیل بقا را نیز دارد.
در حال حاضر این نرم افزار در دو نسخه آنلاین ( با امکانات کمتر و قابل ارتقا) و آفلاین مناسب نصب بر روی سیستم عامل ویندوز، لینوکس و مک در دسترس است و کاربران می توانند از استفاده کنند.
◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️
🆔 @irbioinformatics
این #نرمافزار امکان انجام آزمونهای t، ANOVA، رگرسیون، همبستگی، آزمونهای ناپارامتری، تحلیلهای چندمتغیره مانند PCA و MANOVA، و حتی مدلهای پیچیدهتر مانند GLM را فراهم میکند.
نتایج در قالب #جداول استاندارد APA ارائه شده و #نمودارهای متنوعی برای نمایش دادهها تولید میشوند. JASP از دادههای SPSS، Excel و CSV پشتیبانی میکند و قابلیت افزودن ماژولهای تخصصی مانند #متاآنالیز و تحلیل بقا را نیز دارد.
در حال حاضر این نرم افزار در دو نسخه آنلاین ( با امکانات کمتر و قابل ارتقا) و آفلاین مناسب نصب بر روی سیستم عامل ویندوز، لینوکس و مک در دسترس است و کاربران می توانند از استفاده کنند.
◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️
🆔 @irbioinformatics
❤5
هیالورونیک اسید پلیساکاریدی خطی متشکل از اسید گلوکورونیک و N-استیل-D-گلوکوزآمین است که به دلیل ساختار بسیار هیدروفیل خود توانایی جذب آب تا هزار برابر وزنش را دارد. منبعی غنی مانند تاج خروس برای استخراج آن استفاده میشود و در محصولات آرایشی بهعنوان آبرسان، بهبوددهنده خاصیت کشسانی و کاهشدهنده چینوچروک پوست به کار میرود.
@irbioinformatics
کموانفورماتیک با مدلسازی ساختاری و دینامیکی، شبیهسازی تعاملات با پروتئینها و داروها، طراحی مشتقات شیمیایی جدید و پیشبینی خواص زیستی و رئولوژیکی، امکان ارزیابی پایداری و بهینهسازی کارایی هیالورونیک اسید در کاربردهای دارویی و آرایشی را فراهم میکند.
@irbioinformatics
کموانفورماتیک با مدلسازی ساختاری و دینامیکی، شبیهسازی تعاملات با پروتئینها و داروها، طراحی مشتقات شیمیایی جدید و پیشبینی خواص زیستی و رئولوژیکی، امکان ارزیابی پایداری و بهینهسازی کارایی هیالورونیک اسید در کاربردهای دارویی و آرایشی را فراهم میکند.
Reference:
1-J Sep Sci . 2010 Nov;33(22):3530-6. doi: 10.1002/jssc.201000478 .
2-Method for extracting hight purified hyaluronic acid from cocks comb - Google Patents
❤6
کتاب Bioinformatics in Agriculture: Next Generation Sequencing Era (منتشرشده در سال 2022) به بررسی کاربرد رویکردهای بیوانفورماتیکی در مطالعات اومیکسی و بهبود صفات زراعی میپردازد.
این اثر 707 صفحهای در 37 فصل، ابتدا مبانی بیوانفورماتیک و تحلیل دادهها را معرفی کرده و سپس با دستورالعملهای کاربردی به مباحث ژنومیکس، ترانسکریپتومیکس و متابولومیکس در کشاورزی میپردازد. متن روان و رویکرد نوین آن، آنالیز دادههای بزرگ را در بیوتکنولوژی و بهنژادی گیاهی پوشش میدهد.
◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️
🆔 @irbioinformatics
این اثر 707 صفحهای در 37 فصل، ابتدا مبانی بیوانفورماتیک و تحلیل دادهها را معرفی کرده و سپس با دستورالعملهای کاربردی به مباحث ژنومیکس، ترانسکریپتومیکس و متابولومیکس در کشاورزی میپردازد. متن روان و رویکرد نوین آن، آنالیز دادههای بزرگ را در بیوتکنولوژی و بهنژادی گیاهی پوشش میدهد.
◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️
🆔 @irbioinformatics
❤6
معرفی SMART - Servier Medical ART
وبگاه #SMART یکی از محبوبترین مخازن رایگان برای #دانلود شکل های گرافیکی در حوزه علوم آزمایشگاهی و پزشکی است. در این وبسایت بیش از 3000 تصویر گرافیکی با کیفیت در فرمت png و powerpoint در اختیار کاربران قرار گرفته است تا به صورت رایگان و با لایسنس آزاد از آنها برای طراحی شکل و گرافیک های زیبا استفاده کنند. برای دسترسی به این وبسایت کافی است به آدرس زیر بروید:
https://smart.servier.com
#گرافیک
#میکروبیولوژی
#چکیده
#شکل_گرافیکی
◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️
🆔 @irbioinformatics
وبگاه #SMART یکی از محبوبترین مخازن رایگان برای #دانلود شکل های گرافیکی در حوزه علوم آزمایشگاهی و پزشکی است. در این وبسایت بیش از 3000 تصویر گرافیکی با کیفیت در فرمت png و powerpoint در اختیار کاربران قرار گرفته است تا به صورت رایگان و با لایسنس آزاد از آنها برای طراحی شکل و گرافیک های زیبا استفاده کنند. برای دسترسی به این وبسایت کافی است به آدرس زیر بروید:
#گرافیک
#میکروبیولوژی
#چکیده
#شکل_گرافیکی
◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️
🆔 @irbioinformatics
❤7👍2
معرفی نرم افزار FastQC
نرم افزار #FastQC یک نرمافزار رایگان برای ارزیابی کیفیت دادههای خام توالییابی نسل جدید (#NGS) است. این نرمافزار معمولاً پس از دریافت دادههای خام در قالب فایلهای #FASTQ اجرا میشود تا کیفیت کلی خوانشها یا همان #Readها و مشکلات احتمالی آنها را بررسی کند. هدف اصلی #FastQC، شناسایی خطاها و نقاط ضعف دادهها پیش از انجام تحلیلهای بیوانفورماتیکی پیچیدهتر مانند مونتاژ ژنوم یا تحلیل بیان ژن است.
لینک ها:
دانلود FastQC نسخه 0.12.1 سیستم عامل ویندوز و لینوکس
دانلود FastQC نسخه 0.12.1 سیستم عامل م ک
نرم افزار #FastQC یک نرمافزار رایگان برای ارزیابی کیفیت دادههای خام توالییابی نسل جدید (#NGS) است. این نرمافزار معمولاً پس از دریافت دادههای خام در قالب فایلهای #FASTQ اجرا میشود تا کیفیت کلی خوانشها یا همان #Readها و مشکلات احتمالی آنها را بررسی کند. هدف اصلی #FastQC، شناسایی خطاها و نقاط ضعف دادهها پیش از انجام تحلیلهای بیوانفورماتیکی پیچیدهتر مانند مونتاژ ژنوم یا تحلیل بیان ژن است.
❤6
معرفی مجموعه ابزار The MEME suite
مجموعهMEME Suite یک مجموعه نرمافزاری قدرتمند در بیوانفورماتیک است که برای شناسایی و تحلیل موتیفها در توالیهای DNA، RNA و پروتئین به کار میرود. موتیفها الگوهای کوتاه و تکرارشوندهای هستند که اغلب نقشهای حیاتی در فرآیندهایی مانند تنظیم بیان ژن، اتصال فاکتورهای رونویسی و عملکردهای ساختاری یا کاتالیتیکی پروتئینها ایفا میکنند.
مجموعه MEME Suite با بهرهگیری از الگوریتمهای آماری، قادر است این الگوها را در مجموعهای از توالیها شناسایی و مشخصات آنها را تعیین کند.
مشاهده ادامه مطلب و توضیحات کاملتر
◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️
🆔 @irbioinformatics
مجموعه
◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️
🆔 @irbioinformatics
👍5🔥1
معرفی ابزار طراحی آنتی بادی SAbPred
ابزار SAbPred یک جعبهابزار بیوانفورماتیکی برای پیشبینی و مدلسازی آنتیبادیها است که امکان ساخت مدلهای سهبعدی دقیق، پیشبینی ساختار نواحی مکمل تعیینکننده (CDRs) و ارزیابی ویژگیهای فیزیکوشیمیایی را فراهم میکند.
این ابزار با استفاده از دادههای ساختاری و الگوریتمهای یادگیری ماشین، به طراحی و بهینهسازی آنتیبادیهای درمانی، افزایش افینیتی و کاهش ایمنیزایی کمک میکند و از طریق یک رابط وب کاربرپسند قابل دسترسی است.
لینک دسترسی به ابزار SAbPred
◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️
🆔 @irbioinformatics
این ابزار با استفاده از دادههای ساختاری و الگوریتمهای یادگیری ماشین، به طراحی و بهینهسازی آنتیبادیهای درمانی، افزایش افینیتی و کاهش ایمنیزایی کمک میکند و از طریق یک رابط وب کاربرپسند قابل دسترسی است.
◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️
🆔 @irbioinformatics
❤6
این مقدار با مقایسه تعداد
اگر pLI نزدیک به 1 باشد، ژن بسیار حساس بوده و جهش LoF احتمالاً بیماریزا است. در حالی که pLI نزدیک به صفر نشاندهنده تحمل بالا و بیخطر بودن نسبی این جهشها است.
مقادیر میانی به بررسیهای تکمیلی نیاز دارند. این شاخص بهطور ویژه
◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️
🆔 @Irbioinformatics
❤5
آشنایی با انواع فرمت داده در پردازشهای NGS
در پردازش دادههای حاصل ازمطالعات امیکسی مانند RNA-Seq یا توالییابی ژنوم ، به طور کلی فرمتهای مختلف فایل نقشهای متفاوتی در مراحل تحلیل دارند. داده خام ابتدا در قالب FASTQ ذخیره میشود که شامل توالیهای خوانششده (Reads) و نمرات کیفیت آنها (Phred Score ) است....
......ادامه مطلب را از اینجا بخوانید...
◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️
🆔 @irbioinformatics
در پردازش دادههای حاصل از
.
◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️
🆔 @irbioinformatics
❤7👍1