آکادمی بیوانفورماتیک محققان ایرانی
1.57K subscribers
1.57K photos
40 videos
423 files
715 links
Iranian Researchers Bioinformatics Academy


Our sister channel:
✅️ https://t.iss.one/apply_for_future

Our Instagram link:
✅️ https://www.instagram.com/irbioinformatics/

📬 Admin: @h3nrasouli
Download Telegram
Winmostar.v11.13.1.rar
37.6 MB
نرم افزار شبیه سازی و مدل سازی مولکولی شیمی Winmostar 11.13.1 Premium/Elite
👍2
چرا FDA داروهای حاصل مهندسی ژنتیک در گیاهان را برای استفاده جهانی به صورت گسترده تایید نمی کند؟

سازمان غذا و داروی آمریکا (FDA) هنوز داروهای حاصل از مهندسی ژنتیک در گیاهان را به‌طور گسترده و برای استفاده جهانی تأیید نکرده است، زیرا چند مانع مهم در مسیر توسعه و تجاری‌سازی این محصولات وجود دارد. نخستین چالش، مسائل ایمنی و کیفیت محصول است. گیاهان به‌طور طبیعی ترکیبات ثانویه، آلرژن‌ها و حتی مواد سمی تولید می‌کنند که ممکن است به‌طور ناخواسته در محصول نهایی باقی بمانند. همچنین سطح بیان پروتئین دارویی در گیاه به شرایط رشد، خاک، نور و دما وابسته است و این تغییرپذیری کنترل دقیق دوز دارو را دشوار می‌کند. از سوی دیگر، نگرانی از انتقال ژن داروساز به گیاهان خوراکی یا گونه‌های وحشی نیز مطرح است که می‌تواند پیامدهای زیست‌محیطی ایجاد کند.

عامل دوم، الزامات سختگیرانه برای تولید تحت شرایط Good Manufacturing Practice (GMP) است. برای داروها لازم است که تمام مراحل تولید در محیطی کاملاً کنترل‌شده انجام شود تا از آلودگی متقاطع جلوگیری گردد و کیفیت و یکنواختی محصول تضمین شود. در مورد داروهای گیاه‌محور، این موضوع به معنی کنترل کامل مزارع یا گلخانه‌ها، جلوگیری از تماس محصول با زنجیره غذایی، و ایجاد سیستم‌های پیچیده پالایش و تصفیه است که هزینه و پیچیدگی تولید را افزایش می‌دهد.

مسئله دیگر، محدودیت داده‌های بالینی است. بسیاری از داروهای گیاه‌محور در مراحل پیش‌بالینی یا فازهای اولیه کارآزمایی بالینی متوقف می‌شوند، زیرا اجرای آزمایش‌های بزرگ انسانی برای اثبات اثربخشی و ایمنی بسیار پرهزینه است و سرمایه‌گذاران به دلیل ریسک‌های مقرراتی تمایل کمتری به حمایت مالی دارند. علاوه بر این، حتی در صورت تأیید یک دارو توسط FDA، استفاده جهانی آن نیازمند هماهنگی با نهادهای مشابه در اروپا، ژاپن، کانادا و دیگر کشورها است، و به دلیل تفاوت قوانین ایمنی زیستی و مقررات دارویی، این هماهنگی اغلب زمان‌بر و پیچیده است.

در مجموع، مشکل اصلی این داروها کمبود توان علمی یا فناوری نیست، بلکه عدم انطباق کامل با چارچوب‌های سختگیرانه ایمنی، کیفیت و مقررات جهانی و نیز فقدان سابقه بالینی گسترده است. با این حال، نمونه‌هایی مانند داروی Elelyso که آنزیم درمانی آن در سلول‌های هویج تولید می‌شود و توسط FDA تأیید شده، نشان می‌دهد که با حل تدریجی این موانع، مسیر برای ورود داروهای گیاه‌محور به بازار جهانی هموارتر خواهد شد.
👍61
معرفی نرم افزار Openbabel
نرم افزار Openbabel یک نرم‌افزار آزاد و متن‌باز برای شیمی محاسباتی و شیمی‌اطلاعاتی است که به‌طور گسترده برای تبدیل، ویرایش و تجزیه‌وتحلیل داده‌های شیمیایی به کار می‌رود. این برنامه می‌تواند بیش از ۱۱۰ فرمت فایل شیمیایی (مانند SDF، MOL، PDB و غیره) را بخواند و به یکدیگر تبدیل کند.

ابزارOpenBabel علاوه بر تبدیل فرمت‌ها، قابلیت انجام عملیات متنوعی مانند ایجاد ساختار سه‌بعدی از داده‌های دو‌بعدی یا متنی، محاسبه خواص مولکولی، فیلتر کردن ترکیبات بر اساس معیارهای مشخص، و انجام بهینه‌سازی هندسی ساختارها را دارد. رابط کاربری آن هم به‌صورت خط فرمان و هم به‌صورت گرافیکی در دسترس است، و به همین دلیل هم برای کاربران حرفه‌ای و هم برای مبتدیان کاربردی است.
4👍2
ابزار Boltz یک خانواده از مدل‌ها برای پیش‌بینی تعاملات بیومولکولی است. Boltz-1 اولین مدل کاملاً متن‌باز بود که به دقت AlphaFold3 نزدیک شد. جدیدترین نسخه آن، Boltz-2، یک مدل پایه‌ای بیومولکولی است که فراتر از AlphaFold3 و Boltz-1 عمل می‌کند، چرا که به‌طور همزمان ساختارهای پیچیده و تمایلات اتصال (binding affinities) را مدل می‌کند، که این بخش حیاتی برای طراحی دقیق مولکول‌ها است. Boltz-2 اولین مدل یادگیری عمیق است که به دقت روش‌های فیزیکی مبتنی بر Perturbation انرژی آزاد (FEP) نزدیک می‌شود، در حالی که ۱۰۰۰ برابر سریع‌تر عمل می‌کند — این موضوع انجام غربالگری دقیق in silico را برای کشف دارو در مراحل اولیه عملی می‌سازد.
دسترسی به ابزار
5
آموزش لیپیدها و ساختار آنها در 7 دقیقه
لینک مشاهده ویدیو
5
نحوه نصب نرم افزار اتوداک 4 بر روی سیستم عامل لینوکس (RHEL OS)

$ sudo dnf update #forFedora
$ sudo yum update #forCentOS
$ sudo dnf install autodock #Install command
$ sudo dnf install -y autodock-vina
vina
5
تغییر شکل‌های DNA و RNA نقش مهمی در فرآیندهای زیستی مانند بسته‌بندی DNA و شناسایی اسیدهای نوکلئیک توسط پروتئین‌ها دارند. با توجه به دشواری اندازه‌گیری دقیق این تغییرات و پیچیدگی تعاملات مولکولی، درک ما از این پدیده‌ها محدود بوده است. پژوهشگران با استفاده از آزمایش‌های پیشرفته مانند "پنس مغناطیسی"، شبیه‌سازی‌های رایانه‌ای و نظریه‌های علمی، موفق به بررسی دقیق تغییرات پیچشی DNA و RNA تحت تأثیر عواملی مانند نمک، دما و کشش شدند. یافته‌ها نشان می‌دهد که مسیرهای تغییر شکل مشترکی وجود دارند که در پاسخ به محرک‌های مختلف فعال می‌شوند و حتی پروتئین‌ها از این مسیرها برای کاهش انرژی مورد نیاز جهت تغییر شکل DNA و RNA بهره می‌برند.


Proc Natl Acad Sci U S A. 2023 May 8;120(20):e2218425120. doi: 10.1073/pnas.2218425120
7🔥1
Science – 14 August 2025

Science is the academic journal of the American Association for the Advancement of Science and is considered one of the world’s most prestigious scientific journals.
👍2
978-3-031-46150-7.pdf
17.2 MB
این کتاب رایگان، به‌روزرسانی تکنیک‌های ویرایش ژنوم را در کاربردهای مختلف بر روی گیاهان ارائه می‌دهد. این کتاب به بررسی جدیدترین تکنیک‌ها و کاربردها در دانه‌های غلات، ریشه‌ها و غده‌ها، محصولات روغنی، درختان میوه و جنگل، سبزیجات، حبوبات و جلبک‌ها پرداخته‌است که شامل مقاومت در برابر تنش‌های زیستی و غیرزیستی، بهبود کیفیت، تولید دارو، افزایش عملکرد و سازگاری با تغییرات اقلیمی می‌شود. همچنین قوانین مربوط به این تکنیک‌ها در کشورهای مختلف جهان، قابلیت ثبت اختراع و برداشت جامعه از کاربردهای تکنیک‌های ژنتیکی جدید مورد بررسی قرار گرفته است. این کتاب توسط یک جمعیت چند رشته‌ای و چند بخشی از دانشمندان و کارشناسان برجسته که به شبکه COST Action PlantEd تعلق دارند، نوشته شده است. این شبکه عمدتاً متشکل از دانشمندان اروپایی است اما شامل مشارکت‌هایی از دانشمندان آمریکایی، استرالیایی، کانادایی، چینی، هندی، ایرانی، پاکستانی و پرویی نیز می‌باشد. این کتاب برای یک مخاطب وسیع شامل دانشجویان، دانشگاهیان، پرورش‌دهندگان خصوصی و عمومی، سایر فعالان در زنجیره‌های ارزش غذا و بیواکونومی و سیاست‌گذاران و قانون‌گذاران طراحی شده است.
9
DOC-20250822-WA0013.pdf
981.7 KB
مبانی HPLC در یک نگاه

کروماتوگرافی مایع با عملکرد بالا (HPLC) روشی پیشرفته و بسیار پرکاربرد در علم شیمی است که برای جداسازی، شناسایی و تعیین مقدار ترکیبات مختلف در نمونه های پیچیده مورد استفاده قرار می گیرد. در این روش، نمونه به کمک فاز متحرک مایع (حلال) با فشار بالا از ستونی که حاوی فاز ساکن (جاذب جامد یا مایع) است عبور می کند. بر اساس تفاوت تعامل ترکیبات نمونه با فاز ساکن، اجزای نمونه با سرعت های متفاوت جداسازی می شوند و سپس توسط دتکتور شناسایی و کمی سازی می شوند.

مزایای HPLC شامل دقت و حساسیت بالا، سرعت جداسازی مناسب و توانایی آنالیز ترکیبات پیچیده می باشد. این روش در صنایع داروسازی، محیط زیست، شیمی تجزیه، زیست فناوری و صنایع غذایی کاربرد گسترده دارد.
https://t.iss.one/IRBioinformatics/2419

https://www.instagram.com/irbioinformatics?igsh=czY2OHI4NXZ0dnph
👍6
پروتئین‌ها می‌توانند به‌عنوان چسب، روکش یا درون ماتریس الیاف کاغذ برای بهبود استحکام، سختی و خواص سدکنندگی در تولید مقوا به کار روند. پروتئین‌های گیاهی مانند زئین ذرت و پروتئین‌های حیوانی مانند وی پروتئین شیر یا پروتئین‌های بازیافتی از ضایعات، قابلیت تشکیل فیلم‌ها و پوشش‌های زیست‌تخریب‌پذیر با مقاومت خوب در برابر اکسیژن و رطوبت را دارند و می‌توانند جایگزینی پایدار و سازگار با محیط‌زیست برای مواد نفتی باشند.
@irbioinformatics
استفاده از پروتئین‌ها موجب بهبود خواص مکانیکی مقوا، ایجاد سد مؤثر در برابر اکسیژن و رطوبت، و بازیابی منابع پروتئینی از پسماندها می‌شود که به تحقق اقتصاد چرخشی کمک می‌کند. با این حال، عملکرد این مواد هنوز به سطح کامل مواد بسته‌بندی نفتی نرسیده و نیاز به اصلاح و توسعه بیشتر دارد.
A) Reference 1

B) Reference 2
6
فوم‌های پروتئینی ضد حریق

فوم‌های پروتئینی ضد حریق یا Protein-based Firefighting Foams نوعی عامل اطفای حریق هستند که از منابع طبیعی پروتئینی مانند ضایعات حیوانی یا گیاهی ساخته می‌شوند. این فوم‌ها با ایجاد یک لایه پایدار روی سطح مواد قابل اشتعال، مانع از تماس اکسیژن با منبع سوخت شده و فرآیند احتراق را متوقف می‌کنند. پایداری بالا در برابر حرارت، قابلیت پوشش‌دهی مناسب و کاهش احتمال بازگشت شعله از ویژگی‌های اصلی این فوم‌هاست.

یکی دیگر از مزایای مهم فوم‌های پروتئینی، زیست‌تخریب‌پذیری و سازگاری بیشتر آنها با محیط زیست نسبت به فوم‌های شیمیایی سنتزی است. این فوم‌ها در خاموش کردن آتش‌های ناشی از مایعات قابل اشتعال مانند بنزین، نفت و الکل بسیار موثر هستند و در صنایع نفت و گاز، فرودگاه‌ها و محیط‌های صنعتی پرخطر به‌کار می‌روند.
منابع:
1- J Surfact Deterg 13, 33–40 (2010). https://doi.org/10.1007/s11743-009-1136-4
2- ACS Omega 2024, 9, 36, 37430–37444.https://doi.org/10.1021/acsomega.4c03673
6
توالی‌یابی به روش ایلومینا

توالی‌یابی به روش ایلومینا یکی از پیشرفته‌ترین و پرکاربردترین فناوری‌های نسل جدید توالی‌یابی (NGS) است که بر پایه سنتز (Sequencing by Synthesis) عمل می‌کند. در این روش، ابتدا DNA به قطعات کوچک تقسیم شده و به دو سر هر قطعه آداپتورهایی متصل می‌شود.

سپس این قطعات روی سطح یک فلوسل (Flow Cell) که با الیگونوکلئوتیدهای مکمل پوشانده شده است، متصل شده و تکثیر خوشه‌ای (Cluster Generation) از طریق واکنش PCR درجا (Bridge Amplification) انجام می‌شود......ادامه مطلب....

منبع:
1-مقدمه ای بر توالی‌یابی نسل آینده (فایل PDF)
7
برهمکنش پروتئین-پروتئین
شناسایی برهم‌کنش‌های پروتئین–پروتئین (PPI) یکی از مهم‌ترین حوزه‌های زیست‌شناسی مولکولی است که به درک عملکرد سلولی، کشف مسیرهای سیگنالینگ و شناسایی اهداف دارویی جدید کمک می‌کند. برهم‌کنش پروتئین‌ها شبکه‌های پیچیده‌ای را تشکیل می‌دهد که فعالیت‌های حیاتی مانند بیان ژن، متابولیسم، تقسیم سلولی و پاسخ به استرس را کنترل می‌کنند. اختلال در این شبکه‌ها می‌تواند منجر به بیماری‌هایی مانند سرطان، اختلالات عصبی و بیماری‌های عفونی شود.

برای شناسایی PPI، هم از داده‌های تجربی و هم از پیش‌بینی‌های محاسباتی استفاده می‌شود. پایگاه‌هایی مانند STRING، BioGRID و IntAct داده‌های آزمایشگاهی معتبر را ارائه می‌کنند، در حالی که ابزارهایی مانند HADDOCK و ClusPro برای مدل‌سازی و پیش‌بینی ساختاری برهم‌کنش‌ها به‌کار می‌روند. این اطلاعات پایه‌ای برای طراحی دارو، درک مکانیسم بیماری‌ها و توسعه پروتئین‌های نوترکیب فراهم می‌کنند.
1- Mass Spectrometry Reviews. 38 (1): 79–111. doi:10.1002/mas.21574
2- Nature Communications. 4 2660. Bibcode:2013NatCo...4.2660H. doi:10.1038/ncomms3660
6
Sample size calculation in excel (1).xlsx
20 KB
فایل اکسل محاسبه خودکار حجم نمونه/روزنامه مدرس
4
جستجوی مقالات به روش بولین

جستجوی علمی با استفاده از کاراکترهای بولین روشی برای ترکیب یا محدود کردن کلیدواژه‌ها در پایگاه‌های داده و موتورهای جستجو است تا نتایج دقیق‌تر و مرتبط‌تری به دست آید. در این روش از عملگرهایی مانند AND برای یافتن مقالاتی که همه کلیدواژه‌ها را دارند، OR برای گسترش جستجو و یافتن مقالاتی که حداقل یکی از کلیدواژه‌ها را دارند و NOT برای حذف نتایج نامرتبط استفاده می‌شود.
@irbioinformatics
همچنین می‌توان از علامت‌های دیگری مانند کوتیشن مارک (" ") برای جستجوی عبارات دقیق، پرانتزها ( ) برای گروه‌بندی ترکیبات و علامت ستاره ( * ) برای جستجوی اشکال مختلف یک واژه مانند gene برای یافتن gene، genes، genetic و غیره بهره برد. استفاده درست از این عملگرها باعث صرفه‌جویی در زمان و افزایش دقت در یافتن منابع علمی می‌شود.....ادامه مطلب...

انتشار با ذکر‌ منبع مجاز است.
◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️
🆔 @irbioinformatics
6👏1