آکادمی بیوانفورماتیک محققان ایرانی
1.57K subscribers
1.57K photos
40 videos
423 files
715 links
Iranian Researchers Bioinformatics Academy


Our sister channel:
✅️ https://t.iss.one/apply_for_future

Our Instagram link:
✅️ https://www.instagram.com/irbioinformatics/

📬 Admin: @h3nrasouli
Download Telegram
Methods_in_Molecular_Biology_2850_Daniel_Schindler_Golden_Gate_Cloning.pdf
27.6 MB
همسانه سازی ژنی با استفاده از روش گلدن گیت (Golde gate cloning)
https://t.iss.one/IRBioinformatics
10
Eslahie-F13-e-estekhdam.pdf
513.6 KB
🟣 دانلود اصلاحیه دفترچه آزمون استخدام فراگیر سیزدهم سال ۱۴۰۴

تقویم آزمون:

زمان ثبت نام: چهارشنبه ۱۱ تیرماه تا جمعه ۲۰ تیرماه ۱۴۰۴

زمان دریافت کارت: از روز سه‌شنبه ۱۱ شهریورماه ۱۴۰۴

زمان آزمون : جمعه
۱۴ شهریورماه۱۴۰۴
🔥3
#خبر🗞
برای اولین بار یک تیم تحقیقاتی به سرپرستی خانم دکتر معصومه عمادپور از گروه بیوتکنولوژی کشاورزی دانشگاه تربیت مدرس موفق به طراحی یک راهکار داده‌افزایی نوین برای غلبه بر چالش کمبود داده در مطالعات اُمیکس کلروپلاست شدند.

به گفته دکتر محمد علی عباسی وینه پژوهشگر ارشد این تیم تحقیقاتی، این روش با تولید زیرتوالی‌های همپوشان از توالی‌های ژنی، امکان آموزش مدل‌های یادگیری عمیق مانند CNN-LSTM را فراهم کرده و عملکرد بالایی را در تحلیل داده‌های ژنوم کلروپلاست نشان داده است.

همچنین در این پژوهش، یک راهکار مکمل مبتنی بر فراوانی k-mer برای داده‌های بدون برچسب معرفی شده که تحلیل‌های بدون ناظر را ممکن می‌سازد. این دستاورد، گامی مهم در مسیر مهندسی ژنوم کلروپلاست و توسعه کاربردهای زیستی محسوب می‌شود.
@irbioinformatics
14
IObit.Driver.Booster.PRO.12.5.0.597.Portable.zip
37.9 MB
برنامه IObit driver booster یک ابزار مناسب و کاربردی برای بهینه سازی درایورهای کامپیوتر

با توجه به قطعی های مکرر برق و نوسانات مربوطه به روز نبودن درایورهای سیستم عامل می تواند مشکلات جدی برای ارتباط و عملکرد صحیح سخت افزاری در سیستم شما ایجاد کند

با استفاده از این برنامه می توانید عملکرد سیستم خود را با بروزرسانی درایورهای آن به حداکثر رسانده و از وارد شدن مشکلات فنی در سیستم عامل و بخش سخت افزاری کامپیوتر یا لپتاپ خود جلوگیری کنید.

@irbioinformatics
👍7
آلکالوئیدهای ایزوکینولین گروهی مهم از ترکیبات هتروسیکل نیتروژن‌دار هستند که به دلیل فعالیت‌های زیستی متنوع، توجه زیادی را به خود جلب کرده‌اند. این ترکیبات در سال‌های ۲۰۱۹ تا ۲۰۲۳ به‌طور گسترده‌تری مورد بررسی قرار گرفته‌اند و بیش از ۲۵۰ مولکول جدید با اثراتی مانند ضد‌تومور، ضدباکتری، محافظت قلبی، ضدالتهاب و محافظت عصبی شناسایی شده‌اند. با پیشرفت روش‌های سنتز، فرایند ساخت کامل بیش از ۹ دسته از این ترکیبات طبیعی نیز مورد ارزیابی قرار گرفته است. نتایج این بررسی مروری نشان می‌دهد که آلکالوئیدهای ایزوکینولین نه تنها از نظر ساختار شیمیایی بسیار غنی هستند بلکه می‌توانند منبعی ارزشمند برای کشف داروهای جدید باشند.
دانلود مقاله
👍4
معرفی نرم افزار اماری انلاین Graphmatik
اگر به دنبال یک نرم افزار کاربردی با گرافیک زیبا برای ترسیم پلات های اماری متنوع هستنید https://www.graphmatik.io یک انتخاب بسیار خوب و کاربردی برای این منظور است. با استفاده از این ابزار می توانید گراف های آماری داده های خود را به زیبایی ترسیم کنید و در مقالات خود استفاده کنید.
@irbioinformatics
معرفی نرم افزار اماری JASP
یکی از مشکلاتی که خیلی از دانشجویان برای ارزیابی های اماری دارند اینه که مجبورن همیشه از نرم افزارهای کرک استفاده کنند و خب نصب و راه اندازی این نرم افزارها زمانبرهستش و گاهی اوقات موقع نصب کرک همه ماژول های این ابزارها در دسترس نیست.
@irbioinformatics
دانشگاه امستردام هلند یک نرم افزار اماری رایگان که خروجی های گرافیکی فوق العاده زیبایی تولید می کنه به اسم Jasp توسعه دادند که خیلی کاربرپسند و برای کسایی که دانش پایه اماری قوی ندارند میتونه یه انتخاب عالی برای انالیز داده های اماری باشه. این نرم افزار رایگانه و نیاز به کرک یا لایسنس برای فعالسازی نداره و طیف گسترده ای از انالیزهای اماری رو پوشش میده و بر روی سیستم عامل ویندوز و لینوکس به راحتی قابل نصب هستش...

دانلود نسخه ویندوز (حجم ۹۸۷ مگابایت)

دانلود نسخه لینوکس و مک
7👍3
Contrasts.gif
2.6 MB
منو کاربرپسند و ساده نرم افزار JASP# این امکان را به شما می دهد تا در سریع ترین زمان ممکن بدون نیاز به دانش قوی اماری داده های خود را تجزیه و تحلیل و شخصی سازی کنید. این ابزار گرافیکی همانند نرم افزار Prism در اختیار شما قرار می دهد و امکان اعمال تغییرات متنوعی را در گراف ها و همچنین داده های ورودی در اختیار کاربر قرار می دهد. با این نرم افزار ساده به راحتی انالیز های اماری خود را انجام دهید و از نصب نرم افزارهای کرک بی نیاز می شوید.

@irbioinformatics
🔥5
به منظور تسهیل خدمات دانشجویی با رایزنی های به عمل امده با مدیر دارالترجمه آریا سلیس در تهران از این پس می توانید با کد تخفیف "irbioinformatics" از خدمات سریع ترجمه بهره مند شوید. در کوتاه ترین زمان ممکن و بهترین کیفیت مدارک خود را ترجمه کنید و در پروسه اپلای و موارد دیگر از آنها استفاده کنید


ترجمه آسان و سریع مدارک دانشگاهی و غیر دانشگاهی
تاییدیه وزارت علوم و دادگستری برای ترجمه مدارک
مشاوره آنلاین
پیگیری و رفع نواقصی ترجمه مدارک‌دانشگاهی

@irbioinformatics
6
آغاز ثبت‌نام چهارمین دوره آزمون زبان MSRT از ۲۷ مرداد ماه

چهارمین دوره برگزاری آزمون زبان MSRT، چهارم مهر ماه ۱۴۰۴ برگزار می‌شود و نتایج آزمون ۱۳ مهر ماه اعلام خواهد شد.

مهلت ثبت‌نام در این دوره از آزمون زبان MSRT از ۲۷ مرداد ماه آغاز می‌شود و تا ۲۶ شهریور ماه ۱۴۰۴ ادامه دارد.

متقاضیان می‌توانند با مراجعه به سامانه سجاد به آدرس https://msrttest.saorg.ir/login.aspx نسبت به ثبت‌نام خود اقدام کنند/روزنامه مدرس
4
سامانه رایگان گزارشات تحلیلی کشور، پایان نامه‌ها و رساله‌های دکتری
https://ganj.irandoc.ac.ir/#/
2👍1
A Universal Model for Drug–Receptor Interactions👩‍🔬🧬

Imagine using the entire genomic landscape of disease as a blueprint for rational drug design.
This new model aims to work across drug classes and protein families—not just one receptor, one drug.
https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2025.08.01.668090v1
2
#نکته‌_آموزشی

واژه‌ی Abzyme ترکیبی از دو کلمه‌ی "antibody" (پادتن) و "enzyme" (آنزیم) است و به‌صورت علمی به آن "catalytic antibody" یا "enzymatic antibody" نیز گفته می‌شود. Abzymeها، آنتی‌بادی‌هایی هستند که توانایی انجام واکنش‌های شیمیایی مانند آنزیم‌ها را دارند. به طور کلی، Abzyme یا پادتن آنزیمی نوعی آنتی‌بادی است که علاوه بر توانایی اتصال اختصاصی به آنتی‌ژن، قابلیت کاتالیز کردن واکنش‌های شیمیایی را نیز دارد. این ترکیب ویژه از عملکرد پادتن‌ها و آنزیم‌ها، abzyme را به مولکولی منحصر به‌فرد تبدیل کرده است. برخلاف آنزیم‌های طبیعی که توسط ژن‌ها رمزگذاری می‌شوند، abzymeها معمولاً با هدف تقلید آنزیم‌ها و به‌کارگیری سیستم ایمنی برای تولیدشان طراحی می‌شوند. پایه اصلی این طراحی، تولید آنتی‌بادی‌هایی است که بتوانند به حالت گذار (transition state) یک واکنش متصل شوند؛ یعنی همان حالتی که در آن مولکول در حال تبدیل شدن به محصول نهایی است. اتصال به این حالت، انرژی فعال‌سازی واکنش را کاهش داده و سرعت واکنش را افزایش می‌دهد.

برای تولید abzyme، معمولاً یک مولکول مصنوعی شبیه به حالت گذار به بدن یک حیوان (مثل موش) تزریق می‌شود تا سیستم ایمنی نسبت به آن واکنش نشان دهد. پادتن‌هایی که در پاسخ ساخته می‌شوند، معمولاً توانایی دارند آن واکنش خاص را تسریع کنند. این روش به دانشمندان اجازه می‌دهد تا پادتن‌هایی بسازند که نقش آنزیمی ایفا کنند، حتی برای واکنش‌هایی که آنزیم طبیعی برای آن‌ها وجود ندارد. اگرچه فعالیت کاتالیتیکی abzymeها معمولاً کمتر از آنزیم‌های طبیعی است، اما مزایایی مانند اختصاصیت بالا، پایداری شیمیایی بیشتر، و امکان طراحی سفارشی آن‌ها را در حوزه‌های گوناگون مفید می‌سازد.

کاربردهای abzymeها گسترده و در حال گسترش است. در پزشکی، از آن‌ها برای حذف مواد مضر از بدن مانند داروهای اضافه یا سموم استفاده می‌شود. برخی abzymeها نیز در تحقیقات برای هدف قرار دادن پروتئین‌های خاص ویروس‌ها مانند HIV به‌کار رفته‌اند. همچنین، در برخی بیماری‌های خودایمنی مانند لوپوس یا ام‌اس، abzymeهایی شناسایی شده‌اند که به اجزای بدن خود فرد مانند DNA یا میلین حمله می‌کنند و احتمالاً در ایجاد علائم بیماری نقش دارند. به‌طور کلی، abzymeها ابزاری نوین در تقاطع ایمنی‌شناسی، بیوشیمی و بیوتکنولوژی محسوب می‌شوند که می‌توانند در آینده جایگزین یا مکمل آنزیم‌ها در بسیاری از کاربردهای درمانی و صنعتی باشند.

منابع:
1- Mahendra, Ankit, et al. "Antibody-mediated catalysis: induction and therapeutic relevance." Autoimmunity reviews 12.6 (2013): 648-652.

2- Copeland, Robert A. Enzymes: a practical introduction to structure, mechanism, and data analysis. John Wiley & Sons, 2023.

3- Robinson, P. G., S. R. Baker, and B. J. Gibson. "Chapter 1 Introduction." Developing a person-centred approach to oral health, 1st edn. Academic Press, Elsevier, BV, Oxford, UK (2014): 3-20.
3
Winmostar.v11.13.1.rar
37.6 MB
نرم افزار شبیه سازی و مدل سازی مولکولی شیمی Winmostar 11.13.1 Premium/Elite
👍2
چرا FDA داروهای حاصل مهندسی ژنتیک در گیاهان را برای استفاده جهانی به صورت گسترده تایید نمی کند؟

سازمان غذا و داروی آمریکا (FDA) هنوز داروهای حاصل از مهندسی ژنتیک در گیاهان را به‌طور گسترده و برای استفاده جهانی تأیید نکرده است، زیرا چند مانع مهم در مسیر توسعه و تجاری‌سازی این محصولات وجود دارد. نخستین چالش، مسائل ایمنی و کیفیت محصول است. گیاهان به‌طور طبیعی ترکیبات ثانویه، آلرژن‌ها و حتی مواد سمی تولید می‌کنند که ممکن است به‌طور ناخواسته در محصول نهایی باقی بمانند. همچنین سطح بیان پروتئین دارویی در گیاه به شرایط رشد، خاک، نور و دما وابسته است و این تغییرپذیری کنترل دقیق دوز دارو را دشوار می‌کند. از سوی دیگر، نگرانی از انتقال ژن داروساز به گیاهان خوراکی یا گونه‌های وحشی نیز مطرح است که می‌تواند پیامدهای زیست‌محیطی ایجاد کند.

عامل دوم، الزامات سختگیرانه برای تولید تحت شرایط Good Manufacturing Practice (GMP) است. برای داروها لازم است که تمام مراحل تولید در محیطی کاملاً کنترل‌شده انجام شود تا از آلودگی متقاطع جلوگیری گردد و کیفیت و یکنواختی محصول تضمین شود. در مورد داروهای گیاه‌محور، این موضوع به معنی کنترل کامل مزارع یا گلخانه‌ها، جلوگیری از تماس محصول با زنجیره غذایی، و ایجاد سیستم‌های پیچیده پالایش و تصفیه است که هزینه و پیچیدگی تولید را افزایش می‌دهد.

مسئله دیگر، محدودیت داده‌های بالینی است. بسیاری از داروهای گیاه‌محور در مراحل پیش‌بالینی یا فازهای اولیه کارآزمایی بالینی متوقف می‌شوند، زیرا اجرای آزمایش‌های بزرگ انسانی برای اثبات اثربخشی و ایمنی بسیار پرهزینه است و سرمایه‌گذاران به دلیل ریسک‌های مقرراتی تمایل کمتری به حمایت مالی دارند. علاوه بر این، حتی در صورت تأیید یک دارو توسط FDA، استفاده جهانی آن نیازمند هماهنگی با نهادهای مشابه در اروپا، ژاپن، کانادا و دیگر کشورها است، و به دلیل تفاوت قوانین ایمنی زیستی و مقررات دارویی، این هماهنگی اغلب زمان‌بر و پیچیده است.

در مجموع، مشکل اصلی این داروها کمبود توان علمی یا فناوری نیست، بلکه عدم انطباق کامل با چارچوب‌های سختگیرانه ایمنی، کیفیت و مقررات جهانی و نیز فقدان سابقه بالینی گسترده است. با این حال، نمونه‌هایی مانند داروی Elelyso که آنزیم درمانی آن در سلول‌های هویج تولید می‌شود و توسط FDA تأیید شده، نشان می‌دهد که با حل تدریجی این موانع، مسیر برای ورود داروهای گیاه‌محور به بازار جهانی هموارتر خواهد شد.
👍61