آکادمی بیوانفورماتیک محققان ایرانی
1.57K subscribers
1.57K photos
40 videos
423 files
715 links
Iranian Researchers Bioinformatics Academy


Our sister channel:
✅️ https://t.iss.one/apply_for_future

Our Instagram link:
✅️ https://www.instagram.com/irbioinformatics/

📬 Admin: @h3nrasouli
Download Telegram
modeller10.6-64bit.exe
14.3 MB
آخرین ورژن نرم افزار مدلر برای مدلسازی بر اساس الگو توالی های پروتئینی
پسورد نصب:
MODELIRANJE

توضیحات:
فایل با فرمت .exe برای نصب بروی ویندوز است و فایل deb برای نصب بر روی لینوکس 64 بیتی شامل توزیع های دبیان، فدورا و ابنتو است.
برای تمام یوزرهای ایران پسورد بالا استفاده می شود و تمامی کاربران ایرانی می توانند از این پسورد برای نصب این نرم افزار مدلسازی پروتئین به صورت اکادمیک استفاده نمایند.
قیمت: رایگان-اکادمیک
👍9💋2
آمینواسیدهایی که از سه مسیر اصلی متابولیسم سلولی ساخته می‌شوند عبارتند از:

#گلیکولیز:
⦁ آلانین (از پیرووات)
⦁ سرین، گلایسین و سیستئین (از ۳-فسفوگلیسرات)
⦁ آسپارتات و آسپاراژین (از اگزالواستات، البته اگزالواستات در گلیکولیز مستقیماً ساخته نمی‌شود ولی از پیرووات می‌تواند تولید شود).

#چرخه_کربس (اسید سیتریک):
⦁ گلوتامات، گلوتامین، پرولین و آرژینین (از آلفا-کتوگلوتارات)
⦁ آسپارتات و آسپاراژین (از اگزالواستات)
⦁ والین، لوسین و ایزولوسین (از سوکسینیل کوآ).

#مسیر_پنتوز_فسفات:
⦁ هیستیدین (از ریبوز-۵-فسفات)
⦁ آروماتیک‌ها مثل فنیل‌آلانین، تیروزین و تریپتوفان (از اریتروز-۴-فسفات و فسفوئنول پیرووات).
9👍3💋1
این‌گونه رویدادها به لطف هوش مصنوعی با سرعت بیشتری رخ خواهند داد. این یک حسابرسی است. تعداد زیادی از اساتید ثروتمند تبدیل به "ستاره" شده‌اند، زیرا متوجه شده‌اند که مطالعات پژوهشی دانشگاهی به‌ندرت قابل تکرار هستند و تقلب علمی معمولاً چیزی بیش از یک توبیخ سطحی به همراه ندارد، به‌ویژه زمانی که دارای مرتبه استادی هستند. علاوه بر این، همیشه می‌توان تقصیر داده‌های نادرست را به گردن دانشجویان دکترا، پژوهشگران پسادکترا و دستیاران پژوهشی انداخت (دقیقاً همان کاری که این فرد انجام داد). پس چرا داده‌ها را جعل نکنیم؟
👍41
1748143877865.pdf
18.2 MB
نوشتن پروپوزال پژوهشی جایی است که بیشتر دانشجویان دچار مشکل می‌شوند.

نه به این دلیل که باهوش نیستند،بلکه به این دلیل که هیچ‌کس هرگز به آن‌ها نیاموخته است چگونه شروع کنند. این فایل اموزشی مصور می تواند در این زمینه به شما کمک کند تا یک پروپوزال آموزشی دقیق بنویسید
👏6🤔1
سلول‌های حشرات مانند Sf9، Sf21 و Hi5 نقش مهمی در بیوتکنولوژی و صنایع واکسن ایفا می‌کنند، زیرا ترکیبی منحصر به فرد از سادگی و پیچیدگی یوکاریوتی را ارائه می‌دهند.

این سلول‌ها قابلیت بیان سطح بالای پروتئین‌های یوکاریوتی با تاخوردگی صحیح، اصلاحات پساترجمه‌ای پیچیده مانند پیوندهای دی‌سولفیدی و استفاده از سیستم‌های بیان ویروسی (BEVS) را دارند که ایمن، انعطاف‌پذیر و مقیاس‌پذیر هستند.

علاوه بر این، رشد در محیط‌های بدون سرم و به‌صورت معلق، دمای عملکرد پایین‌تر (۲۲-۲۷ درجه سانتی‌گراد) و غیر بیماری‌زا بودن برای انسان، آن‌ها را به گزینه‌ای مقرون‌به‌صرفه و ایمن‌تر از سیستم‌های سلولی پستانداران تبدیل کرده است.


کاربردهای صنعتی سلول‌های حشرات شامل تولید واکسن‌های نوترکیب (مانند HPV، آنفلوانزا و ویروس نیل غربی)، پروتئین‌های درمانی، ناقل‌های ویروسی برای ژن‌درمانی و ویروس‌های انکولیتیک، و تولید پروتئین‌های با بازده بالا برای بررسی ساختار زیستی است. این سلول‌ها پلی میان سادگی باکتریایی و پیچیدگی پستانداران ایجاد کرده‌اند و به دلیل کارایی بالا، مقیاس‌پذیری و ایمنی زیستی، جایگاه ویژه‌ای در صنعت دارند.
👍11💅1
لیست_اپلای_جامع_نهایی_آپدیت_کشورهای_رنگی.xlsx
26.4 KB
دوستان اگر قصد اپلای دارین از این اکسل میتونین استفاده کنین که به صورت هدف مند ایمیل بزنید. در هر ستون اطلاعات لازم را وارد کنید و بعد اساتیدی که جوابتون میدن رو تیک بزنین و اونایی که هنوز جواب ندادن رو مشخص کنین تا دوباره ریمایند کنید. دقت داشته باشید در پروسه اپلای دیسیپلین ایمیل زدن شما خیلی خیلی مهمه و به شما کمک میکنه یک اپلای هدفمند داشته باشین.
https://t.iss.one/IRBioinformatics/2349
3👍1🔥1💅1
This media is not supported in your browser
VIEW IN TELEGRAM
دوستان الفافولد بزارین کنار!
ابزار D-I-TASSER یک روش پیشرفته مبتنی بر یادگیری عمیق برای پیش‌بینی ساختار و عملکرد پروتئین‌ها با دقت بالا است.

این روش از ترکیب چندین مدل یادگیری عمیق برای تحلیل داده‌های ژنومی و متاژنومی، ایجاد نقشه‌های تماسی و فاصله‌ای بین اسیدهای آمینه، و مدل‌سازی ساختارهای پروتئینی کامل استفاده می‌کند.

همچنین از الگوریتم‌های پیشرفته برای یافتن الگوهای مشابه در بانک اطلاعاتی PDB و ترکیب قطعات ساختاری بهره می‌برد. D-I-TASSER در جدیدترین آزمایش CASP15 به عنوان برترین سیستم شناخته شده و دقت بالاتری نسبت به AlphaFold2 و AlphaFold3 ارائه می‌دهد.
1-Software: https://zhanggroup.org/D-I-TASSER/
2- Paper: https://www.nature.com/articles/s41587-025-02654-4
👍41🍓1💅1
ابزار D-I-TASSER یک روش جدید و پیشرفته برای پیش‌بینی ساختار و عملکرد پروتئین‌ها با دقت بالا است که از یادگیری عمیق بهره می‌برد.

این سیستم از داده‌های ژنومی و متاژنومی برای ایجاد ترازهای چندگانه توالی و نقشه‌های تماس و فاصله بین اسیدهای آمینه استفاده می‌کند. همچنین از مدل‌های یادگیری عمیق و الگوریتم‌های هوشمند برای یافتن الگوهای ساختاری مشابه در پایگاه داده PDB کمک می‌گیرد.

در نهایت، مدل‌های ساختاری پروتئین‌ها با استفاده از شبیه‌سازی مونت‌کارلو و محدودیت‌های یادگیری عمیق ساخته شده و عملکرد بیولوژیکی آنها با روش COFACTOR تعیین می‌شود. این روش در آزمون CASP15 عملکرد برتری نسبت به AlphaFold2 و AlphaFold3 داشته است.

برای دانلود نسخه آفلاین این ابزار به حجم 20 گیگابایت از این لینک اقدام کنید (قابل نصب بر روی لینوکس 64 بیتی-تست شده توسط تیم ادمین کانال)
👍31💅1
ولی این چالش غذارسوندن به پسرا چی بود ترند کردید😂😂 اقا نکنید من چند روزه کلی پسر دیدم یکی دنبالشون افتاده با ی ظرف غذا 😂 اخرش اگه شهرداریم دنبالمون نیفتاد حالا ببینین من کی گفتم 😂
😁3🐳1🤣1🗿1
RETRACTED by Applied Physics A (Springer Nature)
انتشار داده های علمی همواره با چالش های زیادی همراه است. در دنیا تیمی از کاراگاهان علمی به صورت شبانه روزی مقالات منتشر شده در رشته های مختلف را رصد می کنند و در صورتی که اشتباهی در گرافی رخ داده باشد به صورت تعامدی یا سهوی به مجلات مرتبط این اشتباهات گزارش می شود و در صورتی که نویسندگان جواب قانع کننده ای برای اشتباهات شناسایی شده نداشته باشند مقالات آنها ریترکت می شود.
🔥21
ایا می دانید هوش مصنوعی هایی که برای تولید متن استفاده می کنید واترمارک هایی مخفی در متن شما ایجاد می کنند که می توان براساس انها اصالت متن و نوشتار را ردیابی کرد؟

واترمارک‌های نامرئی در خروجی‌های AI روشی برای تشخیص و ردیابی متن‌های تولید شده توسط مدل‌های هوش مصنوعی است. این واترمارک‌ها شامل کاراکترهای نامرئی یونیکد مانند فاصله‌های صفر عرض هستند که در متن گنجانده می‌شوند بدون اینکه تغییری در ظاهر آن ایجاد شود.

کاربرد این فناوری شامل تأیید منبع متن، شناسایی مدل تولیدکننده، و جلوگیری از سوءاستفاده‌های احتمالی مانند جعل محتوا و انتشار اطلاعات نادرست است. با وجود مزایای این روش، سؤالاتی درباره حریم خصوصی و حق دسترسی به این اطلاعات نیز مطرح می‌شود. پس در استفاده از AI در تهیه پایان نامه و مقاله دقت کنید....
👍4
🔹 سیستم طبقه‌بندی آنزیم‌های IUBMB از یک شماره چهار بخشی (EC) برای شناسایی آنزیم‌ها بر اساس واکنش‌های کاتالیز شده استفاده می‌کند.

🔹 در ابتدا، شش گروه اصلی شامل اکسیدوردوکتازها (EC1)، ترانسفرازها (EC2)، هیدرولازها (EC3)، لیازها (EC4)، ایزومرازها (EC5) و لیگازها (EC6) تعریف شده بودند.

🔹 اخیراً در سال 2018، یک دسته جدید به نام ترانسلوکازها (EC7) اضافه شده است که انتقال یون‌ها یا مولکول‌ها از میان غشاها را کاتالیز می‌کند.

🔹 همچنین یک زیرگروه جدید برای ایزومرازها معرفی شده که تغییرات ساختاری در پروتئین‌ها و اسیدهای نوکلئیک را شامل می‌شود.

🔹 فهرست آنزیم‌ها به طور مرتب با داده‌های جدید به‌روزرسانی شده و در صورت تغییر طبقه‌بندی، شماره EC جدید ایجاد می‌شود.

دانلود توضیحات تکمیلی
👍2👏1💋1