آکادمی بیوانفورماتیک محققان ایرانی
1.59K subscribers
1.57K photos
46 videos
423 files
725 links
Iranian Researchers Bioinformatics Academy


Our sister channel:
✅️ https://t.iss.one/apply_for_future

Our Instagram link:
✅️ https://www.instagram.com/irbioinformatics/

📬 Admin: @h3nrasouli
Download Telegram
خبری امیدوارکننده برای نابینایان!
برای اولین بار، ژن‌درمانی توانسته است نابینایی را در کودکانی که با یک بیماری ژنتیکی نادر متولد شده‌اند، درمان کند.
این پیشرفت چشمگیر امید تازه‌ای برای مبتلایان به "آموروزیس مادرزادی لِبِر" (LCA) ایجاد کرده است، بیماری‌ای که به دلیل نقص در ژن AIPL1 باعث نابینایی از بدو تولد می‌شود.

در یک مطالعه پیشگامانه، چهار کودک از آمریکا، ترکیه و تونس تحت یک جراحی کوتاه و کم‌تهاجمی در بیمارستان "گریت اورموند استریت" لندن قرار گرفتند.


این درمان شامل تزریق نسخه سالم این ژن به شبکیه چشم بود. پس از پنج سال، نتایج بسیار امیدوارکننده بود و همه کودکان بهبود قابل‌توجهی در بینایی نشان دادند. آنها اکنون قادرند اشکال را تشخیص دهند، اسباب‌بازی‌های خود را پیدا کنند، چهره والدینشان را بشناسند و حتی در برخی موارد، بخوانند و بنویسند.

این موفقیت، راه را برای درمان‌های بیشتر و امید به بازیابی بینایی در بیماران دیگر هموار کرده است
👍2🐳2💅1
Depths of sadness
Piano by VN
بی‌نهایت قشنگه :)


باشد که سالِ جدید ،
سالِ رهایی ما ؛
از رنج هایی باشد که
حقمان نبود 🤍
6🥰2💘2❤‍🔥1💅1
چین در آستانه انقلاب صنعتی با "کارخانه‌های تاریک"

چین با توسعه کارخانه‌های تاریک، که به‌طور کامل خودکار و بدون نیروی انسانی فعالیت می‌کنند، در مسیر تحول صنعتی قرار دارد. این کارخانه‌ها که با هوش مصنوعی، رباتیک و حسگرهای پیشرفته کار می‌کنند، هزینه‌های انرژی را کاهش داده و بهره‌وری را افزایش می‌دهند.

طبق گزارش فدراسیون بین‌المللی رباتیک (IFR)، چین در سال 2022 حدود 290,367 ربات صنعتی نصب کرده که 52٪ از کل جهان را شامل می‌شود. این پیشرفت بخشی از طرح "ساخت چین 2025" است که بر توسعه رباتیک و هوش مصنوعی تمرکز دارد.

شرکت‌هایی مانند فاکسکان و BYD پیشگام این تغییرات هستند؛ فاکسکان در سال 2016 حدود 60,000 نیروی کار را با ربات جایگزین کرد و قصد دارد تا سال 2025 30٪ عملیات خود را خودکار کند. BYD نیز از سیستم‌های رباتیک در تولید باتری‌های خودروهای الکتریکی و شاسی استفاده می‌کند.

با این سرعت، چین در حال تبدیل‌شدن به رهبر جهانی در تولیدات خودکار و هوشمند است.
👍4😱3
کپی نباش...

هر انسانی باید سعی کنه خودش رو بشناسه، علایقش، احساساتش، اهدافش و خواسته‌های خودش رو بدونه و متناسب با چیزی که میخواد مسیر خودش رو طی کنه.
هرکسی وقتی سعی کنه خودش باشه، یک فرد یونیک و منحصر به فرد، اون وقت مسیر زندگی لذت‌بخش‌تره.
10🔥2
مشاهده ساختار ژن های یک ژنوم با استفاده از کتابخانه gggenes در R
کتابخانه gggenes یک زیر مجموعه توسعه یافته از کتابخانه ggplot2 است که از طریق آن می توانید به راحتی ساختار ژن های یک ژنوم را در R نمایش دهید و از فایل های تولید شده در مقالات و پایان نامه خود استفاده کنید.
نمونه کد:
library(ggplot2)
library(gggenes)
ggplot(example_genes, aes(xmin = start, xmax = end, y = molecule, fill = gene)) +
geom_gene_arrow() +
facet_wrap(~ molecule, scales = "free", ncol = 1) +
scale_fill_brewer(palette = "Set3")

کانال ما را در اینستاگرام هم دنبال کنید...
👍5👏2
فسفریلاسیون تیروزین یک فرآیند بیوشیمیایی حیاتی است که در آن یک گروه فسفات به اسید آمینه تیروزین روی پروتئین‌ها اضافه می‌شود و این واکنش توسط تیروزین کینازها کاتالیز می‌شود.

این تغییر پس از ترجمه‌ای نقش مهمی در انتقال سیگنال‌های سلولی دارد، به‌ویژه در مسیرهای گیرنده تیروزین کیناز (RTK) که با فاکتورهای رشد مانند EGF و انسولین فعال می‌شوند.

با فعال شدن این مسیرها، بقایای تیروزین فسفریله شده به عنوان محل اتصال برای پروتئین‌های دارای دامنه‌های SH2 و PTB عمل کرده و زنجیره‌ای از سیگنال‌های درون‌سلولی را راه‌اندازی می‌کنند که فرآیندهایی مانند تکثیر، تمایز و بقای سلولی را کنترل می‌کنند. اختلال در این فرآیند می‌تواند به بیماری‌هایی مانند سرطان منجر شود، جایی که تیروزین کینازهای بیش‌فعال رشد غیرقابل‌کنترل سلول‌ها را تحریک می‌کنند-مانند BCR-ABL در لوسمی میلوئیدی مزمن.

نمونه‌ای ساختاری از برهم‌کنش پروتئین-پروتئین وابسته به فسفریلاسیون تیروزین را می‌توان در کمپلکس LAT-GADS مشاهده کرد (PDB: 1R1Q) که چگونگی واسطه‌گری این تعاملات در انتقال سیگنال را نشان می‌دهد.
👍32
روش‌های اُمیکسی نقش مهمی در تجزیه و تحلیل ژنوم گیاهان دارویی دارند و به درک بهتر مکانیسم‌های زیستی و ترکیبات فعال این گیاهان کمک می‌کنند.

ژنومیکس با تعیین توالی و تحلیل ساختار ژنومی، اطلاعات کلیدی درباره ژن‌های مرتبط با تولید متابولیت‌های ثانویه ارائه می‌دهد. ترانسکریپتومیکس الگوی بیان ژن‌ها را بررسی می‌کند و نشان می‌دهد که چگونه شرایط محیطی یا محرک‌های خاص، بیان ژن‌های مرتبط با ترکیبات دارویی را تغییر می‌دهند.

پروتئومیکس
به مطالعه پروتئین‌های بیان‌شده در گیاهان می‌پردازد و نقش آن‌ها را در مسیرهای بیوشیمیایی شناسایی می‌کند.

متابولومیکس
ترکیبات شیمیایی تولیدشده را تحلیل کرده و تنوع متابولیت‌های ثانویه را مشخص می‌کند. این روش‌ها با یکدیگر ترکیب شده و امکان شناسایی ژن‌های کلیدی، بهینه‌سازی تولید متابولیت‌های دارویی و اصلاح ژنتیکی هدفمند را فراهم می‌کنند.
👍4🔥2
Tolou
Moein
خسته ام از تلخی شب تو طلوع زندگی باش...🤍
9🍾1
نورمن بورلاگ از ژنتیک، داده‌ها و عزم راسخ برای مبارزه با گرسنگی استفاده کرد. اکنون ابزار جدیدی در اختیار داریم: هوش مصنوعی.

از پیش‌بینی بیماری‌های محصولات کشاورزی تا طراحی آفت‌کش‌های پایدارتر و دستاوردهای مهندسی ژنتیک، هوش مصنوعی به دانشمندان کمک می‌کند تا مأموریت بورلاگ را ادامه دهند: تغذیه جهان بدون تخریب آن.

انقلاب سبز به پایان نرسیده است.
با ابزارهای هوشمندانه‌تر در حال تکامل است.
👍54🔥1
آیا فضای دیسک شما رو به اتمام است؟ با این دستورات ساده بفهمید که فضای ذخیره‌سازی شما کجا مصرف شده است. 🧵👇

...ادامه مطلب...

اینستاگرام
تلگرام
👍3👏1
آخرین وضعیت کشت محصولات GMO# تا پایان سال 2024. آمریکا، برزیل، کانادا سه کشور پیشرو در تولید و صادرات محصولات دست ورزی شده، هند و چین و پاکستان، سه کشور پیشرو آسیایی در واردات، تایید و ایجاد زیرساخت های لازم برای تکثیر محصولات کشاورزی دست ورزی شده.

محض اطلاع دلواپسان محصولات GMO، بیش از 190 میلیون هکتار از اراضی دنیا به کشت این محصولات اختصاص داده شده است و در حال حاضر هیچ گزارش مستندی مبنی بر خطرناک بودن این محصولات ارائه نشده است.

با توجه به تغییرات اقلیمی و گرمایش جهانی رویه تایید و تولید محصولات دست ورزی شده بخصوص محصولات حاصل از تکنیک های ویرایش ژن مانند کریسپر که در زمره محصولات GMO قرار نمی گیرند باید تولید در بخش کشاورزی را به حداکثر رساند تا پاسخگوی نیاز غذایی در آینده باشیم.
👍64🎉2
یکی از قابلیت های پایتون استفاده از آن برای انجام کارهای آماری و ترسیم انواع مختلف پلات های آماری برای مقایسه داده است. در اینجا می توانید کد پایتون برای ترسیم یک هیت مپ برای مقایسه داده های موجود در دیتاست iris که بر حسب سه گونه مختلف طول و عرض گلبرگ و کاسبرگ آنها اورده شده است استفاده کنید:
# Import necessary libraries
import seaborn as sns
import matplotlib.pyplot as plt
import pandas as pd

# Load a built-in dataset (Iris dataset)
iris = sns.load_dataset("iris")

# Select only numerical columns for the heatmap
data = iris.drop(columns=["species"])

# Create a clustered heatmap
sns.clustermap(data, annot=False, cmap="coolwarm", figsize=(8, 8))

# Show the clustered heatmap
plt.show()
👍71🔥1🐳1
ترسیم نمودار ستونی در پایتون
برای ترسیم نمودار ستونی در پایتون از کتابخانه های seaborn و matplotlib می توانید استفاده کنید.

برای اینکار کافی است که داده های خود را به صورت یک لیست به پایتون داده و سپس مطابق کد زیر یک نمودار ستونی زیبا از داده های خود ترسیم کنید. در اینجا از داده های درصد پلی فنول های اندازه گیری شده برای 5 نمونه گیاهی استفاده شده است.

#  Load necessary libraries
import matplotlib.pyplot as plt
import seaborn as sns

# Data
samples = ['S1', 'S2', 'S3', 'S4', 'S5']
Percentage = [55, 70, 43, 78, 23]

# Generate distinct colors for each bar
colors = sns.color_palette("husl", len(samples))

# Create bar plot
plt.figure(figsize=(8, 5))
plt.bar(samples, Percentage, color=colors, edgecolor='black')

# Labels and title
plt.xlabel("Studied plants")
plt.ylabel("Polyphenols Content (%)")
plt.title("Total Polyphenols Percentages Among Studied Plants")
# Show plot
plt.show()
👍8👏1🎉1
ترسیم نمودار دایره‌ای در پایتون
برای اینکار می توانید از کتابخانه های seaborn و matplotlib استفاده کنید. فرض کنید 5 داروی مختلف را از لحاظ درصد الودگی مورد بررسی قرار داده اید، حال برای اینکه به صورت یک نمودار دایره ای این داده های بدست آمده را نشان دهید می توانید از کد زیر استفاده کنید. می توانید کد را برای داده های خودتان شخصی سازی کنید.
# Load necessary libraries
import matplotlib.pyplot as plt
import seaborn as sns

# Data
Drugs = ['D1', 'D2', 'D3', 'D4', 'D5']
Contamination = [55, 12, 18, 10, 5]

# Generate distinct colors
colors = sns.color_palette("pastel", len(Drugs))

# Create pie chart
plt.figure(figsize=(7, 7))
plt.pie(Contamination, labels=Drugs, autopct='%1.1f%%', colors=['#FF5733', '#33FF57', '#3357FF', '#F4C542', '#A833FF'], startangle=120,
wedgeprops={'edgecolor': 'black', 'linewidth': 1})

# Add title
plt.title("Total Contamination Percentage Among Evaluated Drugs")

# Show plot
plt.show()
👍7👏3💘2
نمودار دونات یا donut plot نسخه‌ای از نمودار دایره‌ای است، که دارای فضای خالی در مرکز نمودار است و امکان نمایش اطلاعات اضافی را در فراهم می‌کند و به آن ظاهری جذاب‌تر می‌بخشد.

این ویژگی باعث بهبود خوانایی، کاهش شلوغی و امکان مقایسه بهتر بخش‌های نشان داده شده در نمودار می‌شود.

همچنین، فضای خالی مرکز امکان قرار دادن برچسب‌ها، توضیحات یا مقادیر کل را در مرکز نمودار فراهم می‌کند که آن را واضح‌تر و مفهومی‌تر می‌سازد.

برای نحوه ترسیم نمودار دونات می توانید از کد پایتون زیر استفاده کنید.
4