در میکروبیولوژی، شناسایی رشد باکتری‌ها روی محیط‌های انتخابی مرحله‌ای مهم در تشخیص است و یکی از رایج‌ترین محیط‌ها، آگار ایوزین متیلن بلو (EMB) است.

این محیط انتخابی و تفاضلی برای جداسازی باکتری‌های گرم منفی طراحی شده و تفاوت بین تخمیرکنندگان لاکتوز و غیر تخمیرکنندگان را تشخیص می‌دهد.

باکتری E. coli یکی از شناخته‌شده‌ترین واکنش‌ها را روی این آگار نشان می‌دهد و با تخمیر لاکتوز، رنگ سبز فلزی مشخصی تولید می‌کند که نشانگر حضور آن است.

این ویژگی برای شناسایی سریع پاتوژن‌ها، به‌ویژه در آزمایش‌های آب، ایمنی غذایی و محیط‌های بالینی، اهمیت زیادی دارد.

برای یادگیری بیوانفورماتیک از کجا شروع کنیم؟

برای یادگیری بیوانفورماتیک بایستی همیشه مطالعه کنید و مهمتر از همه باید رودمپ داشته باشین اینکه وقت و هزینتون هدر بدین و فقط برین دوره شرکت کنین و ورکشاپ برین و کلی هزینه کنین فقط بهتره که اول خودتون مهک بزنین.

اول از همه باید یک بیس اماری داشته باشین و مفاهیم و فرمول های اماری رو به صورت کاربردی بلد باشین. مفاهیمی مانند واریانس، انحراف معیار، میانگین و... رو بلد باشین.

دوم بیوشیمی پروتئین ها و ترکیبات ارگانیک رو بلد باشید. حتی المقدور برای لیگاندها و متابولیت ها روی یک گروه خاص متمرکز شوید و در همان راستا جلو روید.

سوم، مباحث پایه ژنتیکی و ژنومی رو بلد باشین تا بتونین از لحاظ مولکولی تفسیرگر خوبی باشین.

چهارم با اسکریپت نویسی با یکی از زبان های برنامه نویسی مثل bash، python یا R آشنایی داشته باشین و بتونین کارتون رو جلو ببرین.

پنجم، ساختار ژن ها و پروتئین ها رو بلد باشین و اطلاعات داشته باشین.

ششم متناسب با بیس لیسانس و ارشدتون دنبال بیوانفورماتیک برین.

هفتم، جستجوگر خیلی خوبی در محیط اکادمیک باشین و با روش تحقیق و پرسشگری اشنا باشید.

هشتم، مقالات مرتبط رو بخونین و مطالعه پیوسته داشته باشید.

نهم، وقتتون تو ورکشاپا و دوره های بی فایده و بدون عملکرد تلف نکنین.

دهم، خودتون رو غرق یادگیری صدها ابزار نکنین. یه ابزار خوب یادبگیرین باهاش صدتا کار انجام بدین و مهمتر از همه بایستی برنامه نویسی بلد باشین تا بتونین ماهیت کلی ساختار داده های زیستی دریابید. در ادامه نکات بیشتری براتون میزاریم که در مدت زمان کمتری فرایندهای محاسباتی رو یاد بگیرید.

🧬@IRBioinformatics

به‌طور کلی، برای موفقیت در علم باید تحقیقات با کیفیت بالا منتشر کرد که متخصصان به آن علاقه‌مند باشند.

در شبکه‌های اجتماعی نیز، انتشار فقط به‌خاطر "باید یک پست بگذارم" شما را به یک تولیدکننده نویز تبدیل می‌کند.

هرچند بیشتر پست‌ها ممکن است شما را به مخاطبان وسیع‌تری معرفی کنند، اما این نویز باعث می‌شود که متخصصان از شما پیروی نکنند چون وقت برای محتوای بی‌کیفیت ندارند. در نتیجه، کیفیت مخاطب شما کاهش می‌یابد.

بنابراین، فقط زمانی مقاله یا گزارشی منتشر کنید که هدف شما پیشبرد علم باشد، نه برای انتشار صرفا. کیفیت مهم‌تر از کمیت است، حتی اگر دیگران شما را به جهت مخالف سوق دهند.

آزمون قابلیت شرب آب برای حفظ سلامت عمومی ضروری است، زیرا بیماری‌های آبی همچنان تهدیدی جدی برای سلامت انسان‌ها هستند.


یکی از روش‌های رایج برای ارزیابی کیفیت آب، تست ارگانیسم‌های شاخص است. این ارگانیسم‌ها به‌طور مستقیم باعث بیماری نمی‌شوند، اما حضور آن‌ها نشان‌دهنده احتمال آلودگی آب به پاتوژن‌های مضر است.


کلایفرم‌های مدفوعی و کلیفرم‌های کل به‌ویژه برای تشخیص آلودگی از مواد فاضلابی حیوانی یا انسانی کاربرد دارند، زیرا حضور آن‌ها نشان‌دهنده آلودگی اخیر و خطر بیماری‌هایی مانند سالمونلا و ای.کولای است.


تست منظم آب به شناسایی آلودگی و پیشگیری از شیوع بیماری‌های آبی کمک می‌کن

نصب Docker در لینوکس (دیبان، اوبنتو، فدورا 64 بیتی):
برای نصب داکر در لینوکس بایستی مراحل زیر را طی کنید:
1- پکیج سورس داکر را دانلود نمایید: می توانید از این لینک به صورت مستقیم استفاده کنید. اگر به هر دلیلی در دانلود آن مشکل داشتید می توانید فایل مربوطه را از داخل کانال دانلود کنید.
2- با استفاده از کامندهایی که در پست های قبلی ارائه شد حداقل حافظه و نوع cpu سیستم خود را مشاهده کنید. برای ران داکر cpuهای شما بایستی حتما از پارالل سازی پشتیبانی نمایند و حداقل 4 گیگ رم بر روی سیستم عامل خود داشته باشید.
3- پس از دانلود فایل داکر با استفاده از کامند زیر آن را نصب کنید:

$ sudo apt-get update 
$ sudo apt-get install ./docker-desktop-<version>-<arch>.deb

4- همچنین برای حذف نصب آن می توانید از کد دستوری زیر استفاده کنید

sudo apt remove docker-desktop

5- در صورتی که سیستم عامل لینوکس شما از نوع غیر گنوم است می توانید با دستور زیر آن را برای شروع کار با داکر بهینه کنید:

sudo apt install gnome-terminal

اکنون همه چیز آماده است و می توانید به راحتی از داکر استفاده کنید.

با ما همراه باشید
🧬@IRBioinformatics

تلاش دانشجوی دکتری vs درآمد دانشجو

آموزش گام به گام چگونگی انتخاب تست های آماری و آنالیز داده ها در نرم افزار Prism

❇ تهیه و تدوین: ح. رسولی، دانشجوی دکتری بیوتکنولوژی دانشگاه تربیت مدرس تهران

🔰 نرم افزار GraphPad Prism یکی از قدرتمندترین نرم‌افزارهای تحلیل آماری و ترسیم نمودار است که به‌طور گسترده در علوم زیستی، پزشکی، داروسازی و سایر رشته‌های مرتبط استفاده می‌شود.

🔰 این نرم‌افزار ترکیبی از تحلیل آماری، گرافیک با کیفیت بالا و مدیریت داده‌ها را ارائه می‌دهد که آن را به ابزاری ایده‌آل برای محققان و دانشمندان تبدیل کرده است.

🔰 برخلاف نرم‌افزارهای عمومی مانند اکسل، پریسم دارای رابط کاربری ساده و در عین حال تخصصی است که امکان انجام آنالیزهای پیچیده را بدون نیاز به دانش عمیق برنامه‌نویسی یا آمار فراهم می‌کند.

🤓 آموزش گام به گام تحلیل داده در Prism

⁉ انتشار و استفاده از این مطلب با ذکر منبع بلامانع است.

باکتری‌های مهندسی ژنتیک شده انسولین بدون استفاده از حیوانات تولید می‌کنند.
ده‌ها میلیون نفر از این طریق نجات یافته‌اند.
این قدرت بیوتکنولوژی است:

ضایعات کمتر.
بیشتر بودن کارایی.
داروهای قابل دسترس و پایدار.