خبر شیرین است و خواندنی!
محققان مؤسسه طراحی پروتئین با استفاده از شبکه RFdiffusion، نمایش مخمری و میکروسکوپ الکترونی کرایو (Cryo-EM) موفق به طراحی و تأیید تجربی آنتیبادیهای de novo با دقت اتمی شدند.
در این پژوهش، آنتیبادیهای VHH و scFv بهطور خاص برای اپیتوپهای مشخص طراحی شده و با Cryo-EM تأیید شد که ساختار و نحوه اتصال آنها با دقت بالا بازتولید شده است.
این مطالعه همچنین برای اولین بار scFvهای de novo را برای هدفگیری سم TcdB و کمپلکس Phox2b-pMHC طراحی کرده است. نتایج نشان میدهند که این روش میتواند آینده طراحی آنتیبادیهای درمانی مبتنی بر هوش مصنوعی را متحول کند.
دانلود RFantibody
محققان مؤسسه طراحی پروتئین با استفاده از شبکه RFdiffusion، نمایش مخمری و میکروسکوپ الکترونی کرایو (Cryo-EM) موفق به طراحی و تأیید تجربی آنتیبادیهای de novo با دقت اتمی شدند.
در این پژوهش، آنتیبادیهای VHH و scFv بهطور خاص برای اپیتوپهای مشخص طراحی شده و با Cryo-EM تأیید شد که ساختار و نحوه اتصال آنها با دقت بالا بازتولید شده است.
این مطالعه همچنین برای اولین بار scFvهای de novo را برای هدفگیری سم TcdB و کمپلکس Phox2b-pMHC طراحی کرده است. نتایج نشان میدهند که این روش میتواند آینده طراحی آنتیبادیهای درمانی مبتنی بر هوش مصنوعی را متحول کند.
دانلود RFantibody
👍7
در هنگام انجام کشت های میکروبی، پتری دیشها معمولاً بهصورت وارونه انکوبه میشوند تا از تأثیر منفی تراکم بخار آب جلوگیری شود.
در صورت انکوباسیون در حالت عادی، رطوبت حاصل از میعان روی درب ظرف میتواند روی سطح آگار چکه کرده و رشد میکروبی را مختل یا باعث آلودگی شود.
اما با برعکس قرار دادن ظرف، این رطوبت روی درب باقی مانده و از تأثیرگذاری بر کشت جلوگیری میکند. این تکنیک ساده اما مؤثر، دقت و قابلیت اطمینان آزمایشهای میکروبی را افزایش میدهد.
در صورت انکوباسیون در حالت عادی، رطوبت حاصل از میعان روی درب ظرف میتواند روی سطح آگار چکه کرده و رشد میکروبی را مختل یا باعث آلودگی شود.
اما با برعکس قرار دادن ظرف، این رطوبت روی درب باقی مانده و از تأثیرگذاری بر کشت جلوگیری میکند. این تکنیک ساده اما مؤثر، دقت و قابلیت اطمینان آزمایشهای میکروبی را افزایش میدهد.
👍8👏4
اهمیت کایرالیتی در MD
تدوین: ح.رسولی، دانشجوی دکتری بیوتکنولوژی دانشگاه تربیت مدرس تهران
تغییر کایرالیتی در زنجیره جانبی اسیدهای آمینه مانند والین یا لوسین میتواند باعث مشکلات جدی در شبیهسازیهای دینامیک مولکولی (MD) شود، زیرا منجر به درگیریهای استریک و تغییرات غیرطبیعی در تعاملات مولکولی میشود.
برای جلوگیری از این مشکلات، باید قبل از استفاده از ساختارها در شبیهسازیها یا کاربردهای دیگر، کایرالیتی آنها بررسی و در صورت نیاز تصحیح شود. این کار میتواند با استفاده از ابزارهایی مانند makeCHIR_RST در AMBER یا انجام بهینه سازی انرژی برای اصلاح ژئومتری ساختاری انجام شود.
آموزش گام به گام نصب آمبرتولز در لینوکس
تدوین: ح.رسولی، دانشجوی دکتری بیوتکنولوژی دانشگاه تربیت مدرس تهران
تغییر کایرالیتی در زنجیره جانبی اسیدهای آمینه مانند والین یا لوسین میتواند باعث مشکلات جدی در شبیهسازیهای دینامیک مولکولی (MD) شود، زیرا منجر به درگیریهای استریک و تغییرات غیرطبیعی در تعاملات مولکولی میشود.
برای جلوگیری از این مشکلات، باید قبل از استفاده از ساختارها در شبیهسازیها یا کاربردهای دیگر، کایرالیتی آنها بررسی و در صورت نیاز تصحیح شود. این کار میتواند با استفاده از ابزارهایی مانند makeCHIR_RST در AMBER یا انجام بهینه سازی انرژی برای اصلاح ژئومتری ساختاری انجام شود.
آموزش گام به گام نصب آمبرتولز در لینوکس
👍6
معرفی ابزار BAM-readcount
تدوین: ح.رسولی، دانشجوی دکتری بیوتکنولوژی دانشگاه تربیت مدرس تهران
ابزار BAM-readcount یک ابزار بیوانفورماتیکی است که بر روی فایلهای BAM یا CRAM اجرا میشود و اطلاعات سطح پایین در مورد دادههای توالییابی در موقعیتهای نوکلئوتیدی خاص تولید میکند. خروجیهای آن شامل بازهای مشاهدهشده، شمارش خوانش ها، خلاصهای از کیفیتهای نقشهگذاری و کیفیتهای باز، اطلاعات مربوط به جهتدار بودن، شمارشهای مغایرت و موقعیت درون خوانش ها است.
این ابزار که در ابتدا برای کمک به فیلتر کردن فراخوانیهای جهش ژنومی طراحی شده بود، متریکهایی که BAM-readcount تولید میکند، همچنین به عنوان ورودی برای ابزارهای شناسایی واریانت و برای رفع ابهام بین فراخوانیکنندههای واریانت مفید است. برای نصب و اجرای این ابزار کدهای زیر را به ترتیب در ترمینال خود اجرا کنید.
پیش نیازهای نصب:
1- cmake
2- gcc compiler (latest vers
تدوین: ح.رسولی، دانشجوی دکتری بیوتکنولوژی دانشگاه تربیت مدرس تهران
ابزار BAM-readcount یک ابزار بیوانفورماتیکی است که بر روی فایلهای BAM یا CRAM اجرا میشود و اطلاعات سطح پایین در مورد دادههای توالییابی در موقعیتهای نوکلئوتیدی خاص تولید میکند. خروجیهای آن شامل بازهای مشاهدهشده، شمارش خوانش ها، خلاصهای از کیفیتهای نقشهگذاری و کیفیتهای باز، اطلاعات مربوط به جهتدار بودن، شمارشهای مغایرت و موقعیت درون خوانش ها است.
این ابزار که در ابتدا برای کمک به فیلتر کردن فراخوانیهای جهش ژنومی طراحی شده بود، متریکهایی که BAM-readcount تولید میکند، همچنین به عنوان ورودی برای ابزارهای شناسایی واریانت و برای رفع ابهام بین فراخوانیکنندههای واریانت مفید است. برای نصب و اجرای این ابزار کدهای زیر را به ترتیب در ترمینال خود اجرا کنید.
پیش نیازهای نصب:
1- cmake
2- gcc compiler (latest vers
ion)
نحوه نصب:$ git clone https://github.com/genome/bam-readcount
$ cd bam-readcount
$ mkdir build
$ cd build
$ cmake ..
$ make
$ ./bin/bam-readcount
👍5
در میکروبیولوژی، شناسایی رشد باکتریها روی محیطهای انتخابی مرحلهای مهم در تشخیص است و یکی از رایجترین محیطها، آگار ایوزین متیلن بلو (EMB) است.
این محیط انتخابی و تفاضلی برای جداسازی باکتریهای گرم منفی طراحی شده و تفاوت بین تخمیرکنندگان لاکتوز و غیر تخمیرکنندگان را تشخیص میدهد.
باکتری E. coli یکی از شناختهشدهترین واکنشها را روی این آگار نشان میدهد و با تخمیر لاکتوز، رنگ سبز فلزی مشخصی تولید میکند که نشانگر حضور آن است.
این ویژگی برای شناسایی سریع پاتوژنها، بهویژه در آزمایشهای آب، ایمنی غذایی و محیطهای بالینی، اهمیت زیادی دارد.
این محیط انتخابی و تفاضلی برای جداسازی باکتریهای گرم منفی طراحی شده و تفاوت بین تخمیرکنندگان لاکتوز و غیر تخمیرکنندگان را تشخیص میدهد.
باکتری E. coli یکی از شناختهشدهترین واکنشها را روی این آگار نشان میدهد و با تخمیر لاکتوز، رنگ سبز فلزی مشخصی تولید میکند که نشانگر حضور آن است.
این ویژگی برای شناسایی سریع پاتوژنها، بهویژه در آزمایشهای آب، ایمنی غذایی و محیطهای بالینی، اهمیت زیادی دارد.
👍7
برای یادگیری بیوانفورماتیک از کجا شروع کنیم؟
برای یادگیری بیوانفورماتیک بایستی همیشه مطالعه کنید و مهمتر از همه باید رودمپ داشته باشین اینکه وقت و هزینتون هدر بدین و فقط برین دوره شرکت کنین و ورکشاپ برین و کلی هزینه کنین فقط بهتره که اول خودتون مهک بزنین.
اول از همه باید یک بیس اماری داشته باشین و مفاهیم و فرمول های اماری رو به صورت کاربردی بلد باشین. مفاهیمی مانند واریانس، انحراف معیار، میانگین و... رو بلد باشین.
دوم بیوشیمی پروتئین ها و ترکیبات ارگانیک رو بلد باشید. حتی المقدور برای لیگاندها و متابولیت ها روی یک گروه خاص متمرکز شوید و در همان راستا جلو روید.
سوم، مباحث پایه ژنتیکی و ژنومی رو بلد باشین تا بتونین از لحاظ مولکولی تفسیرگر خوبی باشین.
چهارم با اسکریپت نویسی با یکی از زبان های برنامه نویسی مثل bash، python یا R آشنایی داشته باشین و بتونین کارتون رو جلو ببرین.
پنجم، ساختار ژن ها و پروتئین ها رو بلد باشین و اطلاعات داشته باشین.
ششم متناسب با بیس لیسانس و ارشدتون دنبال بیوانفورماتیک برین.
هفتم، جستجوگر خیلی خوبی در محیط اکادمیک باشین و با روش تحقیق و پرسشگری اشنا باشید.
هشتم، مقالات مرتبط رو بخونین و مطالعه پیوسته داشته باشید.
نهم، وقتتون تو ورکشاپا و دوره های بی فایده و بدون عملکرد تلف نکنین.
دهم، خودتون رو غرق یادگیری صدها ابزار نکنین. یه ابزار خوب یادبگیرین باهاش صدتا کار انجام بدین و مهمتر از همه بایستی برنامه نویسی بلد باشین تا بتونین ماهیت کلی ساختار داده های زیستی دریابید. در ادامه نکات بیشتری براتون میزاریم که در مدت زمان کمتری فرایندهای محاسباتی رو یاد بگیرید.
🧬@IRBioinformatics
برای یادگیری بیوانفورماتیک بایستی همیشه مطالعه کنید و مهمتر از همه باید رودمپ داشته باشین اینکه وقت و هزینتون هدر بدین و فقط برین دوره شرکت کنین و ورکشاپ برین و کلی هزینه کنین فقط بهتره که اول خودتون مهک بزنین.
اول از همه باید یک بیس اماری داشته باشین و مفاهیم و فرمول های اماری رو به صورت کاربردی بلد باشین. مفاهیمی مانند واریانس، انحراف معیار، میانگین و... رو بلد باشین.
دوم بیوشیمی پروتئین ها و ترکیبات ارگانیک رو بلد باشید. حتی المقدور برای لیگاندها و متابولیت ها روی یک گروه خاص متمرکز شوید و در همان راستا جلو روید.
سوم، مباحث پایه ژنتیکی و ژنومی رو بلد باشین تا بتونین از لحاظ مولکولی تفسیرگر خوبی باشین.
چهارم با اسکریپت نویسی با یکی از زبان های برنامه نویسی مثل bash، python یا R آشنایی داشته باشین و بتونین کارتون رو جلو ببرین.
پنجم، ساختار ژن ها و پروتئین ها رو بلد باشین و اطلاعات داشته باشین.
ششم متناسب با بیس لیسانس و ارشدتون دنبال بیوانفورماتیک برین.
هفتم، جستجوگر خیلی خوبی در محیط اکادمیک باشین و با روش تحقیق و پرسشگری اشنا باشید.
هشتم، مقالات مرتبط رو بخونین و مطالعه پیوسته داشته باشید.
نهم، وقتتون تو ورکشاپا و دوره های بی فایده و بدون عملکرد تلف نکنین.
دهم، خودتون رو غرق یادگیری صدها ابزار نکنین. یه ابزار خوب یادبگیرین باهاش صدتا کار انجام بدین و مهمتر از همه بایستی برنامه نویسی بلد باشین تا بتونین ماهیت کلی ساختار داده های زیستی دریابید. در ادامه نکات بیشتری براتون میزاریم که در مدت زمان کمتری فرایندهای محاسباتی رو یاد بگیرید.
🧬@IRBioinformatics
👍16
بهطور کلی، برای موفقیت در علم باید تحقیقات با کیفیت بالا منتشر کرد که متخصصان به آن علاقهمند باشند.
در شبکههای اجتماعی نیز، انتشار فقط بهخاطر "باید یک پست بگذارم" شما را به یک تولیدکننده نویز تبدیل میکند.
هرچند بیشتر پستها ممکن است شما را به مخاطبان وسیعتری معرفی کنند، اما این نویز باعث میشود که متخصصان از شما پیروی نکنند چون وقت برای محتوای بیکیفیت ندارند. در نتیجه، کیفیت مخاطب شما کاهش مییابد.
بنابراین، فقط زمانی مقاله یا گزارشی منتشر کنید که هدف شما پیشبرد علم باشد، نه برای انتشار صرفا. کیفیت مهمتر از کمیت است، حتی اگر دیگران شما را به جهت مخالف سوق دهند.
در شبکههای اجتماعی نیز، انتشار فقط بهخاطر "باید یک پست بگذارم" شما را به یک تولیدکننده نویز تبدیل میکند.
هرچند بیشتر پستها ممکن است شما را به مخاطبان وسیعتری معرفی کنند، اما این نویز باعث میشود که متخصصان از شما پیروی نکنند چون وقت برای محتوای بیکیفیت ندارند. در نتیجه، کیفیت مخاطب شما کاهش مییابد.
بنابراین، فقط زمانی مقاله یا گزارشی منتشر کنید که هدف شما پیشبرد علم باشد، نه برای انتشار صرفا. کیفیت مهمتر از کمیت است، حتی اگر دیگران شما را به جهت مخالف سوق دهند.
👍8
آزمون قابلیت شرب آب برای حفظ سلامت عمومی ضروری است، زیرا بیماریهای آبی همچنان تهدیدی جدی برای سلامت انسانها هستند.
یکی از روشهای رایج برای ارزیابی کیفیت آب، تست ارگانیسمهای شاخص است. این ارگانیسمها بهطور مستقیم باعث بیماری نمیشوند، اما حضور آنها نشاندهنده احتمال آلودگی آب به پاتوژنهای مضر است.
کلایفرمهای مدفوعی و کلیفرمهای کل بهویژه برای تشخیص آلودگی از مواد فاضلابی حیوانی یا انسانی کاربرد دارند، زیرا حضور آنها نشاندهنده آلودگی اخیر و خطر بیماریهایی مانند سالمونلا و ای.کولای است.
تست منظم آب به شناسایی آلودگی و پیشگیری از شیوع بیماریهای آبی کمک میکن
یکی از روشهای رایج برای ارزیابی کیفیت آب، تست ارگانیسمهای شاخص است. این ارگانیسمها بهطور مستقیم باعث بیماری نمیشوند، اما حضور آنها نشاندهنده احتمال آلودگی آب به پاتوژنهای مضر است.
کلایفرمهای مدفوعی و کلیفرمهای کل بهویژه برای تشخیص آلودگی از مواد فاضلابی حیوانی یا انسانی کاربرد دارند، زیرا حضور آنها نشاندهنده آلودگی اخیر و خطر بیماریهایی مانند سالمونلا و ای.کولای است.
تست منظم آب به شناسایی آلودگی و پیشگیری از شیوع بیماریهای آبی کمک میکن
❤6
نصب Docker در لینوکس (دیبان، اوبنتو، فدورا 64 بیتی):
برای نصب داکر در لینوکس بایستی مراحل زیر را طی کنید:
1- پکیج سورس داکر را دانلود نمایید: می توانید از این لینک به صورت مستقیم استفاده کنید. اگر به هر دلیلی در دانلود آن مشکل داشتید می توانید فایل مربوطه را از داخل کانال دانلود کنید.
2- با استفاده از کامندهایی که در پست های قبلی ارائه شد حداقل حافظه و نوع cpu سیستم خود را مشاهده کنید. برای ران داکر cpuهای شما بایستی حتما از پارالل سازی پشتیبانی نمایند و حداقل 4 گیگ رم بر روی سیستم عامل خود داشته باشید.
3- پس از دانلود فایل داکر با استفاده از کامند زیر آن را نصب کنید:
4- همچنین برای حذف نصب آن می توانید از کد دستوری زیر استفاده کنید
5- در صورتی که سیستم عامل لینوکس شما از نوع غیر گنوم است می توانید با دستور زیر آن را برای شروع کار با داکر بهینه کنید:
اکنون همه چیز آماده است و می توانید به راحتی از داکر استفاده کنید.
با ما همراه باشید
🧬@IRBioinformatics
برای نصب داکر در لینوکس بایستی مراحل زیر را طی کنید:
1- پکیج سورس داکر را دانلود نمایید: می توانید از این لینک به صورت مستقیم استفاده کنید. اگر به هر دلیلی در دانلود آن مشکل داشتید می توانید فایل مربوطه را از داخل کانال دانلود کنید.
2- با استفاده از کامندهایی که در پست های قبلی ارائه شد حداقل حافظه و نوع cpu سیستم خود را مشاهده کنید. برای ران داکر cpuهای شما بایستی حتما از پارالل سازی پشتیبانی نمایند و حداقل 4 گیگ رم بر روی سیستم عامل خود داشته باشید.
3- پس از دانلود فایل داکر با استفاده از کامند زیر آن را نصب کنید:
$ sudo apt-get update
$ sudo apt-get install ./docker-desktop-<version>-<arch>.deb
4- همچنین برای حذف نصب آن می توانید از کد دستوری زیر استفاده کنید
sudo apt remove docker-desktop
5- در صورتی که سیستم عامل لینوکس شما از نوع غیر گنوم است می توانید با دستور زیر آن را برای شروع کار با داکر بهینه کنید:
sudo apt install gnome-terminal
اکنون همه چیز آماده است و می توانید به راحتی از داکر استفاده کنید.
با ما همراه باشید
🧬@IRBioinformatics
❤7
آموزش گام به گام چگونگی انتخاب تست های آماری و آنالیز داده ها در نرم افزار Prism
❇ تهیه و تدوین: ح. رسولی، دانشجوی دکتری بیوتکنولوژی دانشگاه تربیت مدرس تهران
🔰 نرم افزار GraphPad Prism یکی از قدرتمندترین نرمافزارهای تحلیل آماری و ترسیم نمودار است که بهطور گسترده در علوم زیستی، پزشکی، داروسازی و سایر رشتههای مرتبط استفاده میشود.
🔰 این نرمافزار ترکیبی از تحلیل آماری، گرافیک با کیفیت بالا و مدیریت دادهها را ارائه میدهد که آن را به ابزاری ایدهآل برای محققان و دانشمندان تبدیل کرده است.
🔰 برخلاف نرمافزارهای عمومی مانند اکسل، پریسم دارای رابط کاربری ساده و در عین حال تخصصی است که امکان انجام آنالیزهای پیچیده را بدون نیاز به دانش عمیق برنامهنویسی یا آمار فراهم میکند.
🤓 آموزش گام به گام تحلیل داده در Prism
⁉ انتشار و استفاده از این مطلب با ذکر منبع بلامانع است.
❇ تهیه و تدوین: ح. رسولی، دانشجوی دکتری بیوتکنولوژی دانشگاه تربیت مدرس تهران
🔰 نرم افزار GraphPad Prism یکی از قدرتمندترین نرمافزارهای تحلیل آماری و ترسیم نمودار است که بهطور گسترده در علوم زیستی، پزشکی، داروسازی و سایر رشتههای مرتبط استفاده میشود.
🔰 این نرمافزار ترکیبی از تحلیل آماری، گرافیک با کیفیت بالا و مدیریت دادهها را ارائه میدهد که آن را به ابزاری ایدهآل برای محققان و دانشمندان تبدیل کرده است.
🔰 برخلاف نرمافزارهای عمومی مانند اکسل، پریسم دارای رابط کاربری ساده و در عین حال تخصصی است که امکان انجام آنالیزهای پیچیده را بدون نیاز به دانش عمیق برنامهنویسی یا آمار فراهم میکند.
🤓 آموزش گام به گام تحلیل داده در Prism
⁉ انتشار و استفاده از این مطلب با ذکر منبع بلامانع است.
👍5👏1
محققان NIH نقشهای 4D از مغز در یک مدل حیوانی ایجاد کردهاند که علائم هشداردهنده اولیه بالقوه بیماری ام اس (MS) را نشان میدهد.
این یافتهها میتوانند به شناسایی اهداف بالقوه برای درمانهای ام اس و ترمیم بافت مغزی کمک کنند.
این یافتهها میتوانند به شناسایی اهداف بالقوه برای درمانهای ام اس و ترمیم بافت مغزی کمک کنند.
Lin et al. Science 387,eadp6325(2025)
👍5❤2🍓2
در حافظه تاریخ، نابغه ای که هرگز در ایران دیده نشد
ترجمه و تدوین: ح.رسولی، دانشجوی دکتری بیوتکنولوژی دانشگاه تربیت مدرس تهران
اوایل دهه ۲۰۰۰، دانشجوی جوانی در دانشگاه هاروارد شروع به ترسیم نقشه دنیایی ریاضی کرد که سرشار از اشکالی بود که شهود هندسی را به چالش میکشیدند. نام او مریم میرزاخانی بود، کسی که بعدها به عنوان اولین زن برنده مدال فیلدز، عالیترین افتخار در ریاضیات، شناخته شد. اما این پایان راه نظریه میرزاخانی نبود...
...ادامه داستان...
ترجمه و تدوین: ح.رسولی، دانشجوی دکتری بیوتکنولوژی دانشگاه تربیت مدرس تهران
اوایل دهه ۲۰۰۰، دانشجوی جوانی در دانشگاه هاروارد شروع به ترسیم نقشه دنیایی ریاضی کرد که سرشار از اشکالی بود که شهود هندسی را به چالش میکشیدند. نام او مریم میرزاخانی بود، کسی که بعدها به عنوان اولین زن برنده مدال فیلدز، عالیترین افتخار در ریاضیات، شناخته شد. اما این پایان راه نظریه میرزاخانی نبود...
...ادامه داستان...
👍7💅3