واکنش های PCR، qPCR، RT-PCR و RT-qPCR همگی بر پایه واکنش زنجیرهای پلیمراز (PCR) هستند و تفاوت آنها در کاربرد و نوع هدف شناسایی است.
روش PCR استاندارد برای تکثیر و شناسایی DNA با سه مرحله واسرشته سازی(۹۵درجه)، اتصال پرایمرها (۵۵-۶۰درجه) و بسط(۷۲درجه) انجام میشود.
روش qPCR (PCR کمی) با استفاده از اغازگر فلورسانس میزان DNA یا cDNA را بهصورت کمی و در زمان واقعی اندازهگیری میکند.
روش RT-PCR ابتدا RNA را به cDNA تبدیل کرده و سپس با روش PCR تکثیر میکند. RT-qPCR ترکیبی از RT-PCR و qPCR است که برای آنالیز کمی RNA، مطالعات بیان ژن و تشخیص بار ویروسی کاربرد دارد.
روش PCR استاندارد برای تکثیر و شناسایی DNA با سه مرحله واسرشته سازی(۹۵درجه)، اتصال پرایمرها (۵۵-۶۰درجه) و بسط(۷۲درجه) انجام میشود.
روش qPCR (PCR کمی) با استفاده از اغازگر فلورسانس میزان DNA یا cDNA را بهصورت کمی و در زمان واقعی اندازهگیری میکند.
روش RT-PCR ابتدا RNA را به cDNA تبدیل کرده و سپس با روش PCR تکثیر میکند. RT-qPCR ترکیبی از RT-PCR و qPCR است که برای آنالیز کمی RNA، مطالعات بیان ژن و تشخیص بار ویروسی کاربرد دارد.
❤6👍5
This media is not supported in your browser
VIEW IN TELEGRAM
اکسل افتضاحه؟ بله، میدونم که بعضیها هنوز اکسل رو دوست دارن، اما بیاین واقعبین باشیم—اکسل واقعا کلافه کننده هستش و برای مدیریت جدی دادهها ساخته نشده.
با این حال، گاهی مجبوریم دادهها را در آن کپی کنیم، چون برخی فرآیندها به آن نیاز دارند. یونو این مورد آزاردهنده هستش، اما چارهای نیست!
بسته clipr در R یک راهحل ساده برای کپی کردن جداول از R به هرجای دیگر فراهم میکند.
با این حال، گاهی مجبوریم دادهها را در آن کپی کنیم، چون برخی فرآیندها به آن نیاز دارند. یونو این مورد آزاردهنده هستش، اما چارهای نیست!
بسته clipr در R یک راهحل ساده برای کپی کردن جداول از R به هرجای دیگر فراهم میکند.
install.packages("clipr")
library(clipr)
dat <- mtcars[1:5, c(3:4, 8:11)]
dat
write_clip(dat)
👍5❤2
پروتئین nine-haem cytochrome c از Desulfovibrio desulfuricans یک متالوپروتئین پیچیده است که نقش کلیدی در انتقال الکترون در شرایط بیهوازی دارد و برای تولید انرژی از طریق احیای سولفات ضروری است.
این پروتئین دارای نه گروه هِم متصل بهصورت کووالانسی است که با بقایای هیستیدین هماهنگ شدهاند و یک شبکه فشرده برای انتقال کارآمد الکترون ایجاد میکنند.
آهن موجود در هر هم بین Fe(II) (احیاشده) و Fe(III) (اکسیدشده) تغییر میکند و به دلیل سازماندهی منظم، انتقال الکترون با حداقل مانع انرژی انجام میشود.
پتانسیل ردوکس متغیر بین همها باعث ایجاد شیب تدریجی انتقال الکترون شده و از واکنشهای برگشتی و نشت الکترون جلوگیری میکند، که این ویژگی برای بقای این باکتری در محیطهای کمانرژی بیهوازی بسیار مهم است
این پروتئین دارای نه گروه هِم متصل بهصورت کووالانسی است که با بقایای هیستیدین هماهنگ شدهاند و یک شبکه فشرده برای انتقال کارآمد الکترون ایجاد میکنند.
آهن موجود در هر هم بین Fe(II) (احیاشده) و Fe(III) (اکسیدشده) تغییر میکند و به دلیل سازماندهی منظم، انتقال الکترون با حداقل مانع انرژی انجام میشود.
پتانسیل ردوکس متغیر بین همها باعث ایجاد شیب تدریجی انتقال الکترون شده و از واکنشهای برگشتی و نشت الکترون جلوگیری میکند، که این ویژگی برای بقای این باکتری در محیطهای کمانرژی بیهوازی بسیار مهم است
👍4❤2
در چنین روزی در سال ۱۹۲۸، سِر چاندراسخارا ونکاتا رامان اثر رامان (برنده نوبل 1930 فیزیک) را کشف کرد.
اثر رامان به تغییر در طول موج نور هنگام پراکندگی آن توسط مولکولها گفته میشود. این پدیده که به نام فیزیکدان هندی نامگذاری شده است، نتیجه آزمایشهایی روی پراکندگی نور بود.
زمانی که نور به ذراتی کوچکتر از طول موج خود برخورد میکند، در جهات مختلف پراکنده میشود؛ مانند زمانی که فوتونها با مولکولهای یک گاز برخورد میکنند.
رامان کشف کرد که بخشی از نور پراکندهشده طول موجی متفاوت از نور اصلی دارد. دلیل این امر آن است که بخشی از انرژی فوتونهای ورودی به مولکول منتقل میشود و سطح انرژی آن را افزایش میدهد.
اثر رامان به تغییر در طول موج نور هنگام پراکندگی آن توسط مولکولها گفته میشود. این پدیده که به نام فیزیکدان هندی نامگذاری شده است، نتیجه آزمایشهایی روی پراکندگی نور بود.
زمانی که نور به ذراتی کوچکتر از طول موج خود برخورد میکند، در جهات مختلف پراکنده میشود؛ مانند زمانی که فوتونها با مولکولهای یک گاز برخورد میکنند.
رامان کشف کرد که بخشی از نور پراکندهشده طول موجی متفاوت از نور اصلی دارد. دلیل این امر آن است که بخشی از انرژی فوتونهای ورودی به مولکول منتقل میشود و سطح انرژی آن را افزایش میدهد.
🔥5👍1
آیا میخواهید بیشتر در مورد مدلهای زبانی بزرگ (LLMs) در بیولوژی، بهویژه در زمینه ژنومیک بدانید؟
در این لینک یک آموزش عملی برای استفاده از LLMs در DNA توسعه داده شده است که شامل کاربردهای مختلفی مانند پیشآموزش مدلهای LLM، تنظیم دقیق برای طبقهبندی توالیهای DNA، پیشبینی جهشها با استفاده از یادگیری بدون نیاز به آموزش قبلی (zero-shot)، تولید توالیهای مصنوعی DNA و بهینهسازی توالیهای DNA است.
این آموزشها بر اساس Google Colab است، بنابراین همه میتوانند این نوتبوکها را اجرا کنند
در این لینک یک آموزش عملی برای استفاده از LLMs در DNA توسعه داده شده است که شامل کاربردهای مختلفی مانند پیشآموزش مدلهای LLM، تنظیم دقیق برای طبقهبندی توالیهای DNA، پیشبینی جهشها با استفاده از یادگیری بدون نیاز به آموزش قبلی (zero-shot)، تولید توالیهای مصنوعی DNA و بهینهسازی توالیهای DNA است.
این آموزشها بر اساس Google Colab است، بنابراین همه میتوانند این نوتبوکها را اجرا کنند
👍5
اصول رسم نمودارها در بسته ggplot2 در R
بخش اول: ح.رسولی، دانشجوی دکتری بیوتکنولوژی دانشگاه تربیت مدرس تهران
تمام نمودارهای ggplot2 با فراخوانی تابع ggplot آغاز میشوند که دادههای پیشفرض و نگاشتهای زیباییشناسی را که با aes مشخص میشوند، تأمین میکند. سپس با استفاده از علامت + لایهها، مقیاسها، مختصات و فستها به آن افزوده میشوند. برای ذخیره یک نمودار در مسیر دلخواه بر روی سیستم شما از تابع ggsave استفاده میشود.
ggplot()
ایجاد یک ggplot جدید
aes()
ساخت نگاشتهای زیباییشناسی
+ (<gg>) %+%
افزودن اجزا به یک نمودار
ggsave()
ذخیره یک ggplot (یا هر شیء دیگر از نوع grid) با تنظیمات پیشفرض معقول و همچنین کد زیر برای رسم سریع نمودارها بدون اضافه کردن توضیحات و لایه بندی کد R
qplot() quickplot()
بخش اول: ح.رسولی، دانشجوی دکتری بیوتکنولوژی دانشگاه تربیت مدرس تهران
تمام نمودارهای ggplot2 با فراخوانی تابع ggplot آغاز میشوند که دادههای پیشفرض و نگاشتهای زیباییشناسی را که با aes مشخص میشوند، تأمین میکند. سپس با استفاده از علامت + لایهها، مقیاسها، مختصات و فستها به آن افزوده میشوند. برای ذخیره یک نمودار در مسیر دلخواه بر روی سیستم شما از تابع ggsave استفاده میشود.
ggplot()
ایجاد یک ggplot جدید
aes()
ساخت نگاشتهای زیباییشناسی
+ (<gg>) %+%
افزودن اجزا به یک نمودار
ggsave()
ذخیره یک ggplot (یا هر شیء دیگر از نوع grid) با تنظیمات پیشفرض معقول و همچنین کد زیر برای رسم سریع نمودارها بدون اضافه کردن توضیحات و لایه بندی کد R
qplot() quickplot()
👍5
معرفی رزین Strep-TactinXT
تدوین: ح.رسولی، دانشجوی دکتری بیوتکنولوژی دانشگاه تربیت مدرس تهران
این رزین یکی از رزین های مقرون به صرفه در فرایند خالص سازی پروتئین های نوترکیب با استفاده از روش FPLC است که می توان در مقیاس ازمایشگاهی و صنعتی برای خالص سازی پروتئین از آن استفاده کرد.
رزین Strep-TactinXT به راحتی با محلول 100 میلیمولار سدیم هیدروکسید (NaOH) قابل بازسازی است. این فرآیند به سادگی بعد از مرحله الوشن پروتئین نهایی انجام میشود.
استفاده مجدد از رزین در کاربردهای بیوپروسسینگ به صرفهجویی در زمان و هزینه کمک میکند و همچنین به جلوگیری از مسدود شدن ستونها کمک میکند.
رزین Strep-TactinXT به دلیل ویژگیهای اتصال و پایداری بالای خود، مناسب برای چرخههای بازسازی متعدد و حتی فرآیندهای شستشوی در محل (CIP) است.
تدوین: ح.رسولی، دانشجوی دکتری بیوتکنولوژی دانشگاه تربیت مدرس تهران
این رزین یکی از رزین های مقرون به صرفه در فرایند خالص سازی پروتئین های نوترکیب با استفاده از روش FPLC است که می توان در مقیاس ازمایشگاهی و صنعتی برای خالص سازی پروتئین از آن استفاده کرد.
رزین Strep-TactinXT به راحتی با محلول 100 میلیمولار سدیم هیدروکسید (NaOH) قابل بازسازی است. این فرآیند به سادگی بعد از مرحله الوشن پروتئین نهایی انجام میشود.
استفاده مجدد از رزین در کاربردهای بیوپروسسینگ به صرفهجویی در زمان و هزینه کمک میکند و همچنین به جلوگیری از مسدود شدن ستونها کمک میکند.
رزین Strep-TactinXT به دلیل ویژگیهای اتصال و پایداری بالای خود، مناسب برای چرخههای بازسازی متعدد و حتی فرآیندهای شستشوی در محل (CIP) است.
👍5
عاشقانه_همایون شجریان
@homayoonshajarian2
«عاشقانه»
خواننده: همایون شجریان
شعر،آهنگ و نوازندهی تار:
حمید متبسم
اجرای گروه «دستان»
در تارهای عشق تو پیچیدهام عزیز
بر بند سخت زلف تو تابیدهام عزیز
از آفتاب مهر تو روییدهام ز خاک
در سایهسار سرو تو آسودهام عزیز
چون برگ زرد
چون برگ زرد
به روی زمین سرد
به روی زمین سرد
چون برگ زرد
جانانه در گذار تو افتادهام عزیز
در تارهای عشق تو پیچیدهام عزیز
بر بند سخت زلف تو تابیدهام عزیز
«عاشقانه»
خواننده: همایون شجریان
شعر،آهنگ و نوازندهی تار:
حمید متبسم
اجرای گروه «دستان»
در تارهای عشق تو پیچیدهام عزیز
بر بند سخت زلف تو تابیدهام عزیز
از آفتاب مهر تو روییدهام ز خاک
در سایهسار سرو تو آسودهام عزیز
چون برگ زرد
چون برگ زرد
به روی زمین سرد
به روی زمین سرد
چون برگ زرد
جانانه در گذار تو افتادهام عزیز
در تارهای عشق تو پیچیدهام عزیز
بر بند سخت زلف تو تابیدهام عزیز
❤8
معرفی Samtools نسخه 21-1
تدوین: ح.رسولی، دانشجوی دکتری بیوتکنولوژی دانشگاه تربیت مدرس تهران.
ابزار Samtools یک مجموعه ابزار برای پردازش، تجزیهوتحلیل و مدیریت فایلهای SAM, BAM و CRAM در پردازش داده های NGS استفاده می شود.
این ابزار برای مرتبسازی، فیلتر کردن، تبدیل فرمت، جستجوی همردیفیها و نمایهسازی (indexing) فایلهای توالییابی استفاده میشود.
تدوین: ح.رسولی، دانشجوی دکتری بیوتکنولوژی دانشگاه تربیت مدرس تهران.
ابزار Samtools یک مجموعه ابزار برای پردازش، تجزیهوتحلیل و مدیریت فایلهای SAM, BAM و CRAM در پردازش داده های NGS استفاده می شود.
این ابزار برای مرتبسازی، فیلتر کردن، تبدیل فرمت، جستجوی همردیفیها و نمایهسازی (indexing) فایلهای توالییابی استفاده میشود.
# نصب کلاسیک:
$ wget https://github.com/samtools/samtools/releases/download/1.21/samtools-1.21.tar.bz2
$ bunzip2 samtools-1.21.tar.bz2
$ tar -xvf samtools-1.21.tar
$ cd samtools-1.21
$ make
$ ./samtools
#نصب آسان و کم دردسر (پیشنهادی ما):
$ conda install bioconda::samtools👍4🥰1
اگر روزی از ما بپرسن لایف استایل اکادمیکت چطوریه، در جواب خواهیم گفت: عمری بود کوتاه صرف خواندن مقالات Wang, Dang, Zhang, Li و San شد 😂😂
به راستی چرا این فامیلیا کل لیتریچر یه تنه استثمار کردن😂
به راستی چرا این فامیلیا کل لیتریچر یه تنه استثمار کردن😂
😁19👍2😢1
آکادمی بیوانفورماتیک محققان ایرانی
اگر روزی از ما بپرسن لایف استایل اکادمیکت چطوریه، در جواب خواهیم گفت: عمری بود کوتاه صرف خواندن مقالات Wang, Dang, Zhang, Li و San شد 😂😂 به راستی چرا این فامیلیا کل لیتریچر یه تنه استثمار کردن😂
حضرات Wang, Dang, Zhang, Li و San و البته Cheng در حال نگارش مقاله 😂 همشون شبیه هم هستن مثل مقالاتشون
😁10🤣5
This media is not supported in your browser
VIEW IN TELEGRAM
معرفی ابزار TTMD
ابزار TTMD یک ابزار مبتنی بر پایتون برای بررسی دینامیک مولکولی تیتراسیون حرارتی برای پالایش پس از داکینگ کمپلکسهای پپتید یا پروتئین-RNA می باشد
داکینگ مولکولی یکی از پرکاربردترین روشهای محاسباتی در طراحی دارو بهصورت منطقی است، زیرا تعادلی مطلوب بین سرعت اجرا و دقت نتایج ارائهشده دارد.
با این حال، علیرغم کارایی بالا در بررسی درجههای آزادی کانفورماسیونی لیگاند، برنامههای داکینگ گاهی در امتیازدهی و رتبهبندی پوزهای تولیدشده دچار خطا میشوند. با استفاده از TTMD می توانید این ریفاینمنتهای پس از داکینگ را به درستی انجام دهید.
ابزار TTMD یک ابزار مبتنی بر پایتون برای بررسی دینامیک مولکولی تیتراسیون حرارتی برای پالایش پس از داکینگ کمپلکسهای پپتید یا پروتئین-RNA می باشد
داکینگ مولکولی یکی از پرکاربردترین روشهای محاسباتی در طراحی دارو بهصورت منطقی است، زیرا تعادلی مطلوب بین سرعت اجرا و دقت نتایج ارائهشده دارد.
با این حال، علیرغم کارایی بالا در بررسی درجههای آزادی کانفورماسیونی لیگاند، برنامههای داکینگ گاهی در امتیازدهی و رتبهبندی پوزهای تولیدشده دچار خطا میشوند. با استفاده از TTMD می توانید این ریفاینمنتهای پس از داکینگ را به درستی انجام دهید.
👏4❤1👍1
خبر شیرین است و خواندنی!
محققان مؤسسه طراحی پروتئین با استفاده از شبکه RFdiffusion، نمایش مخمری و میکروسکوپ الکترونی کرایو (Cryo-EM) موفق به طراحی و تأیید تجربی آنتیبادیهای de novo با دقت اتمی شدند.
در این پژوهش، آنتیبادیهای VHH و scFv بهطور خاص برای اپیتوپهای مشخص طراحی شده و با Cryo-EM تأیید شد که ساختار و نحوه اتصال آنها با دقت بالا بازتولید شده است.
این مطالعه همچنین برای اولین بار scFvهای de novo را برای هدفگیری سم TcdB و کمپلکس Phox2b-pMHC طراحی کرده است. نتایج نشان میدهند که این روش میتواند آینده طراحی آنتیبادیهای درمانی مبتنی بر هوش مصنوعی را متحول کند.
دانلود RFantibody
محققان مؤسسه طراحی پروتئین با استفاده از شبکه RFdiffusion، نمایش مخمری و میکروسکوپ الکترونی کرایو (Cryo-EM) موفق به طراحی و تأیید تجربی آنتیبادیهای de novo با دقت اتمی شدند.
در این پژوهش، آنتیبادیهای VHH و scFv بهطور خاص برای اپیتوپهای مشخص طراحی شده و با Cryo-EM تأیید شد که ساختار و نحوه اتصال آنها با دقت بالا بازتولید شده است.
این مطالعه همچنین برای اولین بار scFvهای de novo را برای هدفگیری سم TcdB و کمپلکس Phox2b-pMHC طراحی کرده است. نتایج نشان میدهند که این روش میتواند آینده طراحی آنتیبادیهای درمانی مبتنی بر هوش مصنوعی را متحول کند.
دانلود RFantibody
👍7