آکادمی بیوانفورماتیک محققان ایرانی
1.57K subscribers
1.57K photos
40 videos
423 files
715 links
Iranian Researchers Bioinformatics Academy


Our sister channel:
✅️ https://t.iss.one/apply_for_future

Our Instagram link:
✅️ https://www.instagram.com/irbioinformatics/

📬 Admin: @h3nrasouli
Download Telegram
#نکات_تکنیکی
در هنگام انجام Real-Time PCR (یا qPCR)، یکی از مشکلاتی که ممکن است رخ دهد، بخار شدن یا "evaporation#" نمونه‌ها است. این مسئله می‌تواند به دلایل مختلفی اتفاق بیفتد:

تنظیمات نادرست دما یا پروفایل حرارتی: در صورتی که دمای کالیبراسیون دستگاه PCR یا پروفایل حرارتی به درستی تنظیم نشده باشد، ممکن است در طول چرخه‌های PCR، بخار در لوله‌ها یا در نمونه‌ها ایجاد شود. به ویژه در دمای بالای مرحله دناتوراسیون (۹۴-۹۸ درجه سانتی‌گراد) ممکن است رطوبت از محیط خارج شود.

نصب نادرست درپوش دستگاه PCR: در صورتی که درپوش‌ها به طور کامل بسته نشوند یا به درستی مهر و موم نشوند، بخار به راحتی می‌تواند از نمونه‌ها خارج شود و بر نتیجه تاثیر بگذارد.

استفاده از لوله‌های PCR نامناسب یا شکسته: لوله‌های PCR که کیفیت مناسبی ندارند یا ترک خورده‌اند، ممکن است نتوانند به درستی نمونه‌ها را مهر و موم کنند و بخار از آنها خارج شود.

مدت زمان طولانی در دمای بالا: اگر نمونه‌ها مدت زیادی در دمای بالا باقی بمانند، به‌ویژه اگر با سرعت زیاد افزایش دما مواجه شوند، ممکن است بخار شدن در طی مراحل مختلف رخ دهد.

تنظیمات دستگاه در حالت بدون پوشش (Open system): بعضی از دستگاه‌های Real-Time PCR از یک سیستم "open" برای درپوش‌های لوله‌ها استفاده می‌کنند که می‌تواند باعث تبخیر نمونه‌ها و ایجاد نتایج غیر دقیق شود.

برای جلوگیری از بخار شدن نمونه‌ها در Real-Time PCR:

از لوله‌ها و کلاهک‌های PCR با کیفیت و مناسب استفاده کنید.
از برنامه‌های دمایی دقیق و مناسب برای مرحله‌های مختلف PCR استفاده کنید.
از دستگاه‌های PCR با سیستم مهر و موم خوب استفاده کنید.
در صورت امکان، از سیستم‌های "sealed" استفاده کنید که از تبخیر نمونه‌ها جلوگیری کنند.
👍5
#نکات_تکنیکی
در کار با دستگاه #اسپکتروفتومتر، رعایت برخی نکات مهم برای حصول نتایج دقیق و معتبر ضروری است. مهم‌ترین نکاتی که باید به آن‌ها توجه کنید عبارتند از:

1. کالیبراسیون دستگاه:
قبل از هر آزمایش، دستگاه اسپکتروفتومتر باید به درستی کالیبره شود. معمولاً از یک محلول صفر (blank) استفاده می‌شود که هیچ ماده‌ای در آن وجود ندارد یا ماده‌ای که خواص نوری آن شناخته شده است.
کالیبراسیون باید در طول روز و قبل از هر تغییر عمده در تنظیمات دستگاه انجام شود.
2. انتخاب طول موج مناسب:
انتخاب طول موج صحیح برای اندازه‌گیری بستگی به ویژگی‌های جذب ماده نمونه دارد. برای مثال، برخی از مولکول‌ها در طول موج‌های خاصی از نور بیشترین جذب را دارند (مانند جذب پروتئین‌ها در حدود 280 نانومتر).
برای اندازه‌گیری مواد مختلف، از جدول‌های استاندارد یا مقالات علمی استفاده کنید تا طول موج مناسب را انتخاب کنید.
3. استفاده از محلول صفر (Blank):
برای هر نمونه، باید یک محلول صفر (معمولاً حلالی که نمونه در آن حل شده) برای تنظیم دستگاه استفاده شود تا تأثیرات احتمالی حلال‌ها یا سایر مواد جانبی حذف شوند.
محلول صفر باید از همان حلال و شرایط مشابه نمونه باشد.
4. حفظ دقت در رقت‌ها:
رقت‌های نمونه باید به دقت تنظیم و اندازه‌گیری شوند، زیرا غلظت نمونه می‌تواند تأثیر زیادی بر نتیجه نهایی داشته باشد.
در صورتی که غلظت نمونه بسیار بالا باشد، ممکن است دستگاه قادر به اندازه‌گیری آن نباشد یا خطای زیادی در نتایج ایجاد کند.
5. پاکیزگی کووت‌ها (Cuvettes):
کووت‌های استفاده شده برای نمونه‌ها باید کاملاً تمیز باشند. هر گونه آلودگی، لکه یا اثر انگشت روی کووت می‌تواند بر دقت اندازه‌گیری تأثیر بگذارد.
کووت‌ها باید به طور مرتب با محلول مناسب شسته و خشک شوند.
6. تنظیم دمای نمونه:
دمای نمونه‌ها می‌تواند بر خواص جذب نوری آن‌ها تأثیر بگذارد. برخی از اسپکتروفتومترها مجهز به سیستم‌های کنترل دما هستند، اما در غیر این صورت بهتر است دمای نمونه‌ها در محدوده مناسب (معمولاً دمای اتاق) نگه داشته شود.
7. توجه به نوع نمونه:
نوع و ویژگی‌های نمونه (مانند رنگ، غلظت و نوع ترکیب شیمیایی) می‌تواند بر جذب نوری آن اثر بگذارد.
برای نمونه‌های رنگی یا کدر، از رقت‌های مناسب استفاده کنید تا دقت اندازه‌گیری بالا رود.
8. زمان خواندن اندازه‌گیری:
برای هر اندازه‌گیری، زمان خواندن باید به دقت تنظیم شود. معمولاً برخی از اسپکتروفتومترها نیاز به مدت زمانی دارند تا ثبات نسبی در جذب نوری نمونه ایجاد شود.
9. توجه به طیف ورودی و خروجی:
اسپکتروفتومتر معمولاً از نور سفید یا منبع نوری خاصی استفاده می‌کند که باید در طول فرآیند اندازه‌گیری ثابت بماند. تغییرات در نور ورودی می‌تواند نتایج اندازه‌گیری را تحت تأثیر قرار دهد.
10. ثبت و ذخیره نتایج:
پس از انجام اندازه‌گیری، نتایج باید به درستی ثبت و ذخیره شوند. بهتر است داده‌ها همراه با اطلاعات مربوط به شرایط آزمایش (مانند طول موج، دما و نوع محلول) ذخیره شوند.
با رعایت این نکات، می‌توان دقت نتایج اسپکتروفتومتری را افزایش داد و از بروز خطاها جلوگیری کرد.
👍51
در هنگام انجام تکنیک SDS-PAGE رعایت چه نکاتی برای حصول نتایج قابل اعتماد و با شفافیت بالا ضروری است؟
👍3
هنگام لود پروتئین‌ها بر روی ژل SDS-PAGE (الکتروفورز ژل پلی‌آکریل‌آمید در حضور سدیم دودسیل سولفات)، توجه به نکات زیر برای اطمینان از دقت و صحت نتایج ضروری است:

1. آماده‌سازی نمونه‌ها:
هموژن‌سازی صحیح نمونه‌ها: پروتئین‌ها باید به طور کامل در بافر مناسب حل شوند. عدم حل شدن کامل پروتئین‌ها می‌تواند باعث عدم بارگذاری یکنواخت و تاثیر بر نتایج شود.
استفاده از بافر لودینگ مناسب: نمونه‌ها باید در بافر SDS-PAGE loading buffer که معمولاً حاوی SDS، گلیسین، دترجنت و ماده رنگی است، رقیق شوند. بافر باید حاوی عامل احیاء مانند DTT یا بتا-مرکاپتو اتانول برای حفظ پروتئین‌ها در حالت کاهش یافته باشد.
پایداری پروتئین‌ها: اگر پروتئین‌ها زمان زیادی در دمای اتاق قرار گیرند، می‌توانند دچار دناتوره شدن شوند. بنابراین، پروتئین‌ها باید در یخ یا در دمای پایین ذخیره شوند تا از فعالیت آنزیمی یا تخریب آنها جلوگیری شود.
2. تنظیم غلظت پروتئین:
غلیظ بودن نمونه‌ها:
غلظت پروتئین‌ها باید در محدوده مناسب باشد (معمولاً 10-50 میکروگرم در هر چاهک). غلظت بالاتر از حد معمول می‌تواند باعث بارگذاری بیش از حد شده و منجر به تداخل پروتئین‌ها و نتیجه‌گیری اشتباه شود. از طرفی، غلظت خیلی کم ممکن است منجر به سیگنال ضعیف و عدم مشاهده پروتئین‌ها شود.
اندازه‌گیری دقیق غلظت پروتئین: برای اندازه‌گیری دقیق غلظت پروتئین‌ها می‌توان از روش‌های مختلفی مانند Bradford یا BCA استفاده کرد.
3. دمای نمونه‌ها:
نمونه‌ها باید قبل از بارگذاری بر روی ژل در دمای مناسب (معمولاً 95 درجه سانتیگراد به مدت 5 دقیقه) حرارت داده شوند تا پروتئین‌ها به طور کامل دناتوره شده و به شکل زنجیره خطی (که برای الکتروفورز مناسب است) درآیند.
4. استفاده از لودینگ صحیح:
بارگذاری یکنواخت:
هنگام بارگذاری نمونه‌ها در چاهک‌های ژل، باید دقت کرد که نمونه به طور یکنواخت و بدون ایجاد حباب به داخل چاهک وارد شود. استفاده از پیپت دقیق و آرام بسیار مهم است.
پرهیز از تماس مستقیم پیپت با ژل: از تماس نوک پیپت با ژل پرهیز کنید تا از آسیب به ژل و ایجاد سیگنال‌های خطای غیرطبیعی جلوگیری شود.
5. استفاده از نشانگر وزن مولکولی (Marker):
لودینگ نشانگر وزن مولکولی:
حتماً از نشانگر وزن مولکولی مناسب برای تعیین اندازه پروتئین‌ها استفاده کنید. نشانگر باید در شرایط مشابه با نمونه‌ها بارگذاری شود.
کنترل‌های مناسب: بهتر است کنترل‌هایی مانند پروتئین‌های شناخته‌شده با وزن مولکولی مشخص (مثلاً کنترل‌های مثبت و منفی) در کنار نمونه‌ها لود شود.
6. کنترل حجم بارگذاری:
حجم نمونه باید به گونه‌ای باشد که در سطح ژل به طور یکنواخت پخش شود و از هم‌پوشانی و پخش پروتئین‌ها جلوگیری کند. معمولا حجم 10-20 میکرولیتر از نمونه مناسب است.
7. ملاحظات هنگام بارگذاری پروتئین‌های غنی از لیپید یا مواد آنتی‌ژنیک:
اگر پروتئین‌ها حاوی لیپید یا آنتی‌ژن‌هایی هستند که به دلیل ویژگی‌های فیزیکوشیمیایی مشکل ایجاد می‌کنند، ممکن است نیاز به پیش‌درمان با مواد خاصی مانند دترجنت‌ها یا حلال‌ها برای حل کردن این ترکیبات باشد.
8. کنترل pH بافر:
اطمینان حاصل کنید که بافر لودینگ و بافر‌های دیگر (مثل بافر running buffer) دارای pH مناسب برای عملکرد صحیح باشند. معمولاً pH مناسب برای بافرها حدود 8.3 است.
9. مراقبت از ژل در حین اجرا:
از وارد کردن گرما به ژل به طور ناخواسته جلوگیری کنید. گرمای زیاد می‌تواند به ژل آسیب رسانده و نتایج را تحت تأثیر قرار دهد.
با رعایت این نکات می‌توانید از دقت و صحت نتایج SDS-PAGE خود اطمینان حاصل کنید و از تداخل یا خطاهای تجربی جلوگیری کنید.
👍5💯1
پیشنهاد کارآمد برای برون رفت از وضعیت‌کنونی کشور: زمام امور را به دست متخصصان کشور بسپارید...
😁8👍1🥱1
طبق آمار وزارت ارتباطات ۸۵ درصد مردم ایران از فیلتر شکن ها استفاده میکنند.

طبق نظرسنجی صداوسیما ۷۲ درصد مردم با فیلتر کردن فضای مجازی موافقن. :)

😂😂😂
😁11
📑 A review of transformers in drug discovery and beyond

📕 Journal: Journal of Pharmaceutical Analysis (I.F.=6.1)
🗓Publish year: 2024

🧑‍💻Authors: Jian Jiang, Long Chen, Lu Ke, ...
🏢Universities: Wuhan Textile University, China - Michigan State University, USA

📎 Study the paper

📲Channel: @irBioinformatics
#review #drug #transformer
👍1
👩‍💻 Julia Programming Language for Biologists

📗 Journal: Nature Methods (🔥 I.F.=36.1)
🗓Publish year: 2023

🧑‍💻Authors: Elisabeth Roesch, Joe G. Greener, Adam L. MacLean, ...
🏢Universities: University of Melbourne - Australia, University of Southern California, Berkeley, Massachusetts Institute of Technology - USA, Cambridge, UK

📎 Study the paper

📲Channel: @irBioinformatics
#programming #julia
👍1
هرآنچه که باید در مورد کرم های ضدآفتاب بدانید...
😘4
آکادمی بیوانفورماتیک محققان ایرانی
هرآنچه که باید در مورد کرم های ضدآفتاب بدانید...
عمدتا کرم‌های ضدآفتاب از طریق ایجاد یک سد محافظ روی پوست عمل می‌کنند تا اثرات مضر اشعه‌های فرابنفش (UV) خورشید را کاهش دهند. این کرم‌ها معمولاً از ترکیبی از فیلترهای شیمیایی و فیزیکی استفاده می‌کنند. مکانیسم عمل آنها را می‌توان به دو دسته تقسیم کرد:

1. فیلترهای فیزیکی (Mineral Sunscreens):

این فیلترها شامل موادی مانند اکسید روی (Zinc Oxide) و دی‌اکسید تیتانیوم (Titanium Dioxide) هستند.

این مواد روی سطح پوست می‌نشینند و اشعه‌های UV را منعکس یا پراکنده می‌کنند، شبیه به آینه‌ای که نور را بازتاب می‌دهد.
فیلترهای فیزیکی در برابر هر دو نوع اشعه UVA و UVB محافظت ایجاد می‌کنند و به طور کلی برای پوست‌های حساس مناسب‌تر هستند.
2. فیلترهای شیمیایی (Chemical Sunscreens):
این فیلترها شامل ترکیباتی مانند آووبنزون (Avobenzone)، اکسی‌بنزون (Oxybenzone)، و اکتوکریلن (Octocrylene) هستند.

این مواد به داخل لایه سطحی پوست جذب می‌شوند و اشعه‌های UV را پیش از آسیب رساندن به پوست، به گرما تبدیل کرده و دفع می‌کنند.
کرم‌های شیمیایی اغلب سبک‌تر و کمتر قابل مشاهده هستند، اما ممکن است برای پوست‌های حساس تحریک‌کننده باشند.
3. محافظت در برابر اشعه‌های مختلف UV:
UVA: اشعه‌ای با طول موج بلند که به عمق پوست نفوذ کرده و باعث پیری زودرس و آسیب به کلاژن می‌شود.
UVB: اشعه‌ای با طول موج کوتاه‌تر که بیشتر مسئول آفتاب‌سوختگی است و با سرطان پوست مرتبط است.
یک کرم ضدآفتاب مؤثر باید برچسب طیف گسترده (Broad-Spectrum) داشته باشد، به این معنا که در برابر هر دو نوع اشعه محافظت می‌کند.
4. SPF (Sun Protection Factor):
عدد SPF نشان‌دهنده سطح محافظت در برابر UVB است.

به طور مثال، SPF 30 به این معناست که کرم 97% از اشعه‌های UVB را مسدود می‌کند.
هیچ کرمی نمی‌تواند 100% محافظت ایجاد کند، اما استفاده صحیح از کرم ضدآفتاب به کاهش خطرات کمک می‌کند.
5. نکات استفاده:
کرم ضدآفتاب باید 30 دقیقه قبل از قرارگیری در معرض آفتاب استفاده شود.
هر 2 ساعت یا پس از شنا یا تعریق باید تجدید شود.
برای محافظت بهتر، ضدآفتاب باید به مقدار کافی روی تمامی نواحی پوست استفاده شود.
6. مزایا:
کاهش خطر سرطان پوست.
پیشگیری از پیری زودرس پوست و چین و چروک.
جلوگیری از آفتاب‌سوختگی و آسیب‌های طولانی‌مدت ناشی از نور خورشید.
بنابراین، کرم ضدآفتاب یکی از مهم‌ترین ابزارهای محافظت از پوست در برابر آسیب‌های ناشی از نور خورشید است.
6👍1
activator.cmd
435.7 KB
فایل بروزرسانی شده فعالساز افیس و ویندوز 10 و 11
👍4
در مقاله جدیدی که در ساینس چاپ شده است با عنوان Synthetic biology, once hailed as a moneymaker, meets tough times
به صورت گسترده چالش های پیش روی دانش زیست شناسی سنتیتیک را مورد بحث قرار می دهد و اوج و افول این فیلد جذاب را با ذکر موانع و چالش ها به دقت مورد بررسی قرار داده است. این مقاله به صورت رایگان در دسترس است و از این لینک می توانید آن را مطالعه کنید.
👍2
در چنین روزی در سال ۱۹۳۵، اروین شرودینگر آزمایش فکری معروف خود به نام گربه شرودینگر را منتشر کرد.

شرودینگر گربه‌ای را در یک جعبه تصور کرد که به همراه یک منبع رادیواکتیو قرار دارد. در کنار گربه، یک آشکارساز تابش وجود داشت که در صورت ثبت واپاشی رادیواکتیو، باعث می‌شد چکشی بیفتد و یک شیشه حاوی سم کشنده را بشکند و گربه فوراً کشته شود
👍4
آکادمی بیوانفورماتیک محققان ایرانی
در چنین روزی در سال ۱۹۳۵، اروین شرودینگر آزمایش فکری معروف خود به نام گربه شرودینگر را منتشر کرد. شرودینگر گربه‌ای را در یک جعبه تصور کرد که به همراه یک منبع رادیواکتیو قرار دارد. در کنار گربه، یک آشکارساز تابش وجود داشت که در صورت ثبت واپاشی رادیواکتیو،…
منبع رادیواکتیو به گونه‌ای انتخاب شده بود که احتمال واپاشی آن در هر ساعت به طور کوانتومی ۵۰٪ باشد. پس از یک ساعت، احتمال زنده یا مرده بودن گربه به طور مساوی تقسیم می‌شد. بر اساس تفسیر مکانیک کوانتومی توسط ماکس بورن، دقیقاً یک ساعت پس از شروع این آزمایش وهم‌آور، جعبه حاوی گربه‌ای خواهد بود که نه زنده است و نه مرده، بلکه در ترکیبی از این دو حالت قرار دارد.

در زبان مکانیک کوانتومی، تابع موج گربه حالتی از برهم‌نهی بین توابع موج «زنده» و «مرده» است. شرودینگر این تفسیر احتمالاتی نظریه خود را بی‌معنی می‌دانست! اما بورن پاسخ داد که به محض برداشتن درِ جعبه برای مشاهده گربه، عمل مشاهده باعث فروریختن تابع موج از حالت دوگانه به یک حالت واحد می‌شود، که منجر به تعیین قطعی زنده یا مرده بودن گربه می‌گردد. با وجود این تردیدها، شرودینگر به همراه پل دیراک در سال ۱۹۳۳ به دلیل کارهای خود در ارائه نظریه‌های جدید مکانیک کوانتومی، جایزه نوبل فیزیک را دریافت کرد.
👍4
How do you anticipate computational protein design will change biotechnology and therapeutic development?

https://www.cell.com/cell-systems/fulltext/S2405-4712(24)00309-0
👍3
فیلترینگ در سه مرحله و تا پایان سال برداشته می‌شود

🔹رئیس شورای مرکزی حزب ندای ایرانیان که معاون هماهنگی و پیگیری معاون اجرایی رئیس‌جمهور هم هست در کنگره این تشکل اصلاح‌طلب گفت: فیلترینگ تا پایان سال جاری و در سه مرحله اجرایی به طور کامل برداشته خواهد شد. / ایرنا
👍8🤷‍♂2😁2