Видал я книги, основанные на реальных событиях, но чтобы реальные события были основаны на книге?

Знаете, где впервые в истории была опубликована идея квантового компьютера?

В повести братьев Стругацких "За Миллиард Лет До Конца Света": https://en.wikipedia.org/wiki/Definitely_Maybe_(novel)

Spoiler alert: в следующем абзаце я перескажу содержание повести.

Группа ученых во главе с протагонистом Дмитрием Маляновым обнаруживает, что каждый из них близок
к открытию в своей области, но на их пути все время встают какие-то все более сверхъествественные препятствия, отвлекающие их от работы. Сбитые с толку, они обращаются к умнейшему из их знакомых, математику Филиппу Вечеровскому. Тот объясняет, что возможно это сама природа, стремясь к гомеостазу, препятствует людям в познании себя и нарушении равновесия. И когда характер ее чудес перерастает в недвусмысленные угрозы, все кроме Вечеровского решают отказаться от продолжения борьбы. Вечеровский же единственный решается продолжить, заявив, что если понять, по какому принципу природа выбирает чудеса, то, возможно, мы сможем начать эксплуатировать это знание и сами творить противоречащие логике чудеса для своих нужд.

Прообразом Вечеровского является великий математик Юрий Иванович Манин, с которым дружил Аркадий Стругацкий (а Малянов во-многом напоминает Бориса Стругацкого). Рассказывают даже, что как-то на одной кухне встретились Аркадий Стругацкий, Юрий Манин и Владимир Высоцкий - трудно поверить, что эти люди существовали не в параллельных вселенных.

Манин занимался поисками связи между теорией чисел и квантовой физикой (и там, и там на полную катушку работает Фурье-анализ, так что за техническим сходством могло скрываться и сходство по сути). По-видимому, идея квантового компьютера витала в его голове уже в начале 70-ых, но еще не была строго оформлена.

Видимо, Манин поделился со Стругацким своими мыслями про противоречащие логике реальности квантовые явления, которые ведут себя так, словно природа мешает нам познавать себя. И про надежду научиться эксплуатировать их в своих корыстных целях. Стругацкий уловил идею и положил ее в основу повести.

Рукопись "За Миллиард Лет..." датируется 1974-ым годом, в печать повесть вышла в 1976.

В 1979 IBM выпустила IBM PC, в 1980-ом Манин опубликовал монографию "Вычислимое и Невычислимое", где впервые предложил завершенную идею квантовых вычислений. Спустя два года, в 1982, квантовый компьютер независимо придумал Ричард Фейнман.

В детстве я видел у отца на стеллаже рядом с интересными книжками про самолеты переводную книжку
с неинтересной обложкой про спектральные методы в теории чисел. Несколько лет назад я увидел эту книжку снова,
открыл титульный лист и заранее знал, что на нем прочитаю. "Перевод выполнен под руководством Ю.И.Манина", гласил титульный лист этой интересной книжки, стоявшей рядом со скучными книжками про самолеты.

На прошлой неделе все мои околобиологические знакомые только и говорили, что об одной маленькой, очень простой и потрясающе интересной эволюционистской статье Теодора Хилла, которую отозвали из 2 журналов из-за вмешательства феминисток: https://arxiv.org/pdf/1703.04184.pdf.

Суть статьи: есть спорное эмпирическое утверждение, сформулированное Чарльзом Дарвиным, что мужской пол более вариабелен, чем женский, то есть разброс среди самцов по большинству признаков выше, чем среди самок. В статье приведено возможное объяснение механизма, как это могло случиться.

Если допустить, что мужчины действительно вариабельнее женщин, то из этого может следовать, в частности, что разброс в IQ среди мужчин выше, чем среди женщин. Это может объяснять перепредставленность мужчин в требующих высокого интеллекта STEM-специальностях не социальными факторами, а тем что мужчин с сверхвысоким интеллектом просто больше чем женщин, потому что мужчины вариабельнее. Как отлично сформулировала подруга, поглядев на однокурсников, "все девочки - умнички, а мальчики - или гении, или идиоты" (замечу от себя, что нередко и то, и другое).

Из-за опасности такой интерпретации, организация "Women in Mathematics" написала в 2 журнала, куда была подана эта статья, и из одного журнала ее отозвали, а в другом приняли... а потом не напечатали - в номере вместо нее появилась другая!

На орехи досталось не только Хиллу: Сергей Табачников (не тот, что гитарист, а тот что математик - большой любитель математического дивертисмента и ненавистник внешних биллиардов) был соавтором этой статьи, но после всей поднявшейся шумихи самовыпилился и открестился от нее. Саша Панчин написал аккуратный разбор этой статьи, чем в 1001-ый раз смертельно оскорбил Александру Элбакян и ее адептов.

Давайте я на один пост притворюсь сексистом, расистом и вообще нехорошим человеком и объясню суть статьи на заведомо неполиткорректных, но запоминающихся примерах, навешивая ярлыки и используя стереотипы.

Идея очень простая: предположим, среди самцов есть 2 субпопуляции: невариабельная и вариабельная, назовем их "китайцы" (потому что они, конечно, все одинаковые 😒) и "бушмены" (которые разные настолько, что мама бушмена отличается от папы бушмена сильнее, чем француз от немца - я не шучу, так и есть - все генетическое разнообразие человечества так и осталось в его колыбели - Южной Африке - потому что люди, расселившиеся по Евразии, выбирались туда через синайскую пустыню очень маленькими группками порядка десяти человек, а потом эти десять человек яростно плодились, поэтому их потомство очень однообразно).

Давайте посмотрим, кто, "китайцы" или "бушмены", получат эволюционное преимущество в зависимости от поведения самок.

Если самки предпочитают иметь "какого ни на есть мужа, только был бы человек самостоятельный и с понятием", то есть отбраковывают лишь наиболее захудалых самцов, а остальных разбирают по одному на самку и производят от них потомство, то в таком виде невариабельная субпопуляция самцов - "китайцы" - оставит больше потомков, чем вариабельная, и со временем все самцы станут невариабельными. Примером такого вида могут служить лебеди, формирующие устойчивые пары.

Если же самки всей гурьбой кидаются только на меньшинство наиболее сильных/красивых/хитрых самцов, и все дружно рождают детенышей именно от этих немногих "красавчиков", то здесь "бушмены" оставляют гораздо больше потомства, чем "китайцы" и выигрывают. Примером такого вида могут служить львы, где самки всего прайда спариваются с одним и тем же самцом, а остальные самцы изгонятся и потомства не оставляют. Условия среды при этом могут постоянно меняться, так что сегодня красавчиком считается самый сильный, завтра - самый быстрый, послезавтра - самый хитрый. Так или иначе, поскольку "бушмены" гораздо вариабельнее "китайцев", то все красавчики будут так или иначе происходить из "бушменов", и именно они победят в эволюции.

В этом смысле я никогда не понимал, как львам удается сохранять разнообразие, если у всех львят один отец. Видимо, в этом и дело: если эта статья отражает действительность, львята, являющиеся потомками одних и тех же родителей, должны различаться между собой гораздо сильнее, чем птенцы лебедей в одной паре.

Поборницы и поборники равенства полов могут здесь на меня "наехать" и попробовать развернуть картину в противоположную сторону. Не выйдет. Самец вроде Чингисхана может иметь 10^3-10^4 детей (так что 2/3 тюркского населения сегодня являются его потомками - у него был характерный крючочек на Y-хромосоме, который сейчас имеет большинство тюрков). Потолок же для самки млекопитающего по числу детей - это все-таки 10^1-10^2. А поскольку для большинства видов самка инвестирует в потомство больше, чем самец, то это самцы вынуждены доказывать свою состоятельность самкам, а не наоборот - самки же вправе выбирать партнера, чем и определяется возможная повышенная вариабельность среди самцов.

Биоинформатики и биоинформатики.

Сегодня с интервалом в полчаса я налетал на пьющих кофе Сару Тейкманн и Севу Макеева, которые в моей голове существовали в таких же параллельных вселенных, как Терминатор и Чапаев.

Сара Тейкманн (https://www.sanger.ac.uk/science/groups/teichmann-group) - это такая молодая суперпрофессорша из Сангера, которая вместе с другой молодой суперпрофессоршей из Гарварда Авив Регев (https://www.broadinstitute.org/regev-lab) возглавляет один из 2 самых масштабных мегапроектов в современной биоинформатике - Human Cell Atlas: https://www.humancellatlas.org/.

Попросту говоря, Human Cell Atlas - это такая карта, которая про каждую клетку человеческого тела скажет, кто ее родители, и откуда она взялась. Всегда хотел такую иметь, когда слушал лекции по гистологии.

Пытаясь замять скандал с Cambridge Analytica (https://cambridgeanalytica.org/), Марк Цукерберг только что отвалил Тейкманн и Регев кучу денег на их проект, наговорив кучу пышных слов о том, как он любит своих детей.

Если на шустренькой умнице Регев просто написано, что она гений, которая живет в 3 раза быстрее простых смертных, жонглируя смесью из самых навороченных методов машинного обучения, омикс и иммунологии, то вот по Тейкманн этого совершенно не видно. Она никуда не спешит. Не знаю, в чем ее суперсила.

А Сева Макеев... Сева Макеев (https://vigg.ru/institute/subdivisions/otdel-vychislitelnoi-sistemnoi-biologii/laboratorija-sistemnoi-biologii/) - это такой физтеховский программист, перебравшийся в биоинформатику.

Я не знаю, что о нем думать, поскольку разговаривал с ним только один раз: он целую лекцию объяснял, как тренировал конечный автомат Ахо-Корасик, чтобы вычислять вероятность встретить сайт рестрикции в ДНК.

20-летний я тогда попытался сказать ему, что тут не нужен никакой Ахо-Корасик, задача вообще решается аналитически чуть ли не карандашом на бумаге - просто выписываешь матрицу вероятностей переходов между разрешенными состояниями, находишь главное собственное значение и возводишь его в степень длины генома.

Может, я чего-то не понял, но мне тогда показалось, что матерый бородатый дядька "поплыл" и элементарно не чувствовал азов линала. 20-лений я был потрясен так, будто играясь в песочнице, убил бога совочком. Впрочем, коллеги его по лаборатории - весьма достойные и толковые люди, так что не могу уверенно утверждать, что это было не недопонимание.

Но в целом, жизнь - она такая: сидишь всякий ты тут, а в это время Майкл Аттия доказывает гипотезу Римана... и существуя в параллельных вселенных, вы, в то же время, находитесь в километре друг от друга.

Хотя может и не доказывает 🤷‍♂️

Oxford Nanopore гроизтся выпустить новый секвенатор ProemthION c 48 ячейками в первой половине 2019: https://nanoporetech.com/products/promethion.

С точки зрения понимания мира, очень интересно проследить за тем, как эффективность технологии нанопорового секвенирования возрастает на порядки за счет умножения прогресса в каждом из нескольких измерений - усовершенствование идет в разные стороны.

Сейчас PromethION работает на 24 ячейках, а остальные 24 слота пока заменены затычками, но ожидается, что к 2019 они выведут машину на полную мощьность. Ожидается, что к середине 2019 они также увеличат число пор на одну ячейку, так что количество информации с нее утроится. Скорость чтения с одной поры за последнее время удалось увеличить в 4 раза при том же качестве.

Вот и выходит, что за последние несколько лет каждая группа инженеров в компании достигла скромного инкрементального прогресса в своем направлении в 2-4 раза, а в итоге боевая версия PromethION будет превосходить прототип в десятки раз и, такими темпами, выведет нас в совершенно другую эпоху.

Как раз сегодня наткнулся на интервью, где о подобном же умножении, только в области AI, говорит Демис Хассабис из лондонского Deep Mind: https://www.techrepublic.com/article/google-deepmind-founder-demis-hassabis-three-truths-about-ai/. Он считает, что точно так же будут подобраны оптимальные подоходы AI для разных задач, подобно тому, как по-разному устроены разные области нашего мозга, отвечающие за разные функции. Не едиными нейронками и бустингом жива машинка - лично меня, например, интересует область knowledge representation and reasoning, потому что я не верю, что нельзя придумать ничего более умного, чем semantic web, онтологии или фреймы Минского.

Но я отвлекся. Расчетный модуль для PromethION - это шумный горячий ящик с кучей видеокарт. Раньше они собирались апгрейдить его с GPU на FPGA, но сейчас вроде передумали - может, на биткойн посмотрели.

Новая фишка, которую они хотели внедрить - это борьба с контаминацией. Например, если вы знаете, что хотите прочитать человеческую ДНК, а у вас начало секвенироваться что-то, и это похоже на бактериальную - она выплевывается из поры. К сожалению, фирма, у которой они хотели купить эту технологию, предложила им лицензионное соглашение по принципу "мы можем отобрать у вас все, включая первенца, мы вам не должны ничего", так что дело встало за переговорщиками и юристами.

Будут доступны сырые данные. Так что можно смотреть, например, модифированные основания ДНК и эпигенетику. Если не устраивает дефолтный basecaller Guppy, можно использовать альтерантивный Albacore или что-то еще.

Мир Нанопоровского секвенирования совершенно отличается от традиционного Иллюминовского. Посмотрим, кто победит. Пока что секвенирование одного генома человека на PremethION должно будет стоить менее $1000. Как серьезно шутил Панчин-старший, сейчас секвенаторы - это гигантские ящики, а ваши дети будут вынимать из кармана смартфон и секвенировать свой завтрак. =)

Один из самых известных фронтендщиков и thought leader'ов из Фейсбука, замечательный Ли Байрон, автор Immutable.js и соавтор GraphQL и React, этой весной ушел из компании после 10 лет в Facebook.

Говорит, что с 2008 компания выросла в 20 раз, универсальный человек-оркестр вроде него уже не нужен - а нужны суперузкие специалисты, превосходно знающие свою нишу. Кроме того, после скандала с Cambridge Analytica, у него сложилось впечатление, что от него ничего уже не зависит, он винтик в машине (хотя Марк Цукерберг и по-прежнему открыт к мнению сотрудников).

Поэтому он предпочел сделать смыслом своей жизни демократизацию доступа к брокерским услугам в США и ушел работать в Robinhood. Мне эта компания тоже всегда казалась очень интересной, посмотрим, как у них теперь пойдут дела.

https://medium.com/@leeb/goodbye-facebook-hello-robinhood-8734cfa2737a

Думаю, многие из вас слышали про развеселого израильского статфизика Ури Алона (https://www.youtube.com/watch?v=yhncg6GXYq8), который спустя какое-то время подался в биологи/биоинформатики.

У него еще была мегапопулярная стратегическая статья про то, как правильно выбирать тему кандидатской диссертации: https://www.weizmann.ac.il/mcb/UriAlon/sites/mcb.UriAlon/files/uploads/nurturing/howtochoosegoodproblem.pdf

Внезапно обнаружил сейчас его статью по генерации текста на естественных языках на основе машинного кода. Ты ему программу - а оно тебе описание того, зачем она нужна: https://arxiv.org/abs/1808.01400.

Боже, это у меня перегруз, или в машинке сейчас и правда год за три? А мне еще в 2015 казалось, что голова пухнет от javascript-фреймворков. Где там Sanity Preserver Карпатого?

Прошу прощения, прошлый пост - дезинформация. Это другой Ури Алон: https://scholar.google.co.il/citations?user=QBn7vq8AAAAJ&hl=en

Опять призрак рецессии?

Как мальчик, который кричал "волк", я предупреждал об опасности рецессии в феврале, и тогда пронесло. Однако на этих выходных я посмотрел на то, что творится с котировками, и мне стало страшновато. Я опять не могу утверждать, что это рецессия, но призываю всех начать внимательно следить за финансовыми рынками и готовиться (если это рецессия, то надо быть готовым уходить в доллары, снимать рубли с депозитов и переводить в доллары, не растрачивать деньги на удовольствия, а чуть прикопить, продавать всякие ваши ликвидные инвестиции впроде акций и облигаций, не менять скучную, но надежную работу на творческую и низкооплачиваемую, не делать капитальных покупок вроде жилья, автомобилей и т.п. прямо сейчас - напротив, надо подумать, что вы будете покупать когда мы уйдем на самое дно кризиса - недвижимость, акции S&P500, криптовалюты, что-то еще - тогда они будут очень дешевы), потому что возможно мы прямо сейчас начали вкатываться в новый кризис.

Какие индикаторы:

1) Акции крупнейших американских компаний из индекса S&P 500 в начале октября обвалились и продолжают падать: https://www.google.com/search?tbm=fin&q=INDEXSP:+.INX&stick=H4sIAAAAAAAAAONgecRowi3w8sc9YSntSWtOXmNU5eIKzsgvd80rySypFBLnYoOyeKW4uTj1c_UNDM0qi4t5AEZhN345AAAA&biw=1280&bih=607#scso=_Scb6W-X0NuuxrgT94p442:0

2) За полтора месяца нефть обвалилась в полтора раза с $75 до $50 за баррель: https://uk.investing.com/commodities/crude-oil

3) Биткойн за 2 недели рухнул с $6000 до $3700: https://www.google.com/search?q=bitcoin&source=lnms&sa=X&ved=0ahUKEwjguc7C9O_eAhVtqYsKHbDGAAUQ_AUIDSgA&biw=1280&bih=607

4) Безработица в США на минимумах, что обычно случается перед рецессиями - посмотрите 1987-1990, 2001 и 2007 и сейчас: https://ru.investing.com/economic-calendar/unemployment-rate-300

4) ФРС продолжает повышать ключевую ставку: https://www.fxclub.org/centralnye-banki/federalnaya-rezervnaya-sistema/protsentnaya-stavka/

5) ЕЦБ свернул печать новых евро, которые раньше были основным источником денег на финансовых рынках: https://www.vestifinance.ru/articles/102853/print

Призываю всех быть внимательными и прошу делиться интересными новостями и инвестиционными идеями. Например, в ближайшее время я хотел бы посоветоваться с соображающими людьми, во что лучше вкладывать деньги после рецессии, чтобы посильнее "отскочить". Недвижимость в Москве или акции из S&P 500 вполне могут дать доходность на инвестиции где-то в 1.7-2 раза года за 3, но уверен, что на чем-то более рисковом, вроде криптовалют, можно "отскочить" гораздо сильнее.

Сегодня в кафе нежданно-негаданно налетел на знаменитого Алексея Мурзина, точнее, даже он "сбежался" к нам, заслышав русскую речь =)

Мурзин - биоинформатик из Института Белка в Пущино, вотчины А. Спирина, Финкельштейна и Птицына, в чьей лаборатории он работал.

В 1991 35-летний Мурзин перебрался на Запад, а в 1994, в 38 лет, начал проект по классификации 3D-доменов белков под названием SCOP, который так и ведет до настоящего времени сам (хотя году в 2009 я вроде слышал, что он ушел на пенсию или что-то такое).

Сегодня он договаривался в EBI с PDB - банком 3D-структур - о сотрудничестве.

Я думал, что Мурзин совсем пожилой, но ему всего 62 года.

Меня эта встреча заставила вновь задуматься о том, как будучи ученым или программистом, ты положишь жизнь фактически на одну тему. Могу ли я так?

Знаменитый Ричард Ленский 25 лет занимается тем, что каждый день пересевает бактерии и откладывает образец, чтобы потом их секенировали.

"Не бойся поставить цель и не достичь ее - бойся растратить жизнь по пустякам"

Подразумевается юбилей начала Первой мировой, но почему-то мои первые ассоциации связаны с другим усачем.

Кстати, усы были обязательным атрибутом униформы британского офицера времен Первой мировой - считалось, что они повышают уважение к нему со стороны солдат.