В 1943 году Киссинджер был призван в армию, не успев окончить учёбу. В этом же году он получил американское гражданство.

Киссинджер прошёл базовую подготовку в Кэмп-Крофт в Спартанбурге, штат Южная Каролина, там же по прибытии он получил и гражданство. Армия США отправила его изучать инженерное дело в Колледж Лафайетта в городе Истон, штат Пенсильвания, но эта программа была отменена, и Киссинджера направили в 84-ю пехотную дивизию, в лагерь Кэмп-Клэйборн, штат Луизиана. Там он познакомился с Фрицем Кремером (англ. Fritz G. A. Kraemer), тоже иммигрантом из Германии, который, несмотря на разницу в возрасте, обратил внимание на свободное владение немецким языком и интеллект курсанта. Кремер поспособствовал, чтобы Киссинджера перевели в военную разведку дивизии.

Во время службы в составе дивизии Киссинджер участвовал в сражениях и вызывался на рискованные разведывательные задания во время Арденнской операции.

Во время американского продвижения в Германию, по нехватке военнослужащих, владеющих немецким языком, в подразделении военной разведки дивизии, Киссинджера назначили ответственным за денацификацию города Крефельд. Полагаясь на своё знание немецкого общества, Киссинджер справился с заданием за 8 дней, ликвидировав очевидных нацистов и восстановив гражданскую администрацию. Затем Киссинджера перевели в Корпус контрразведки в звании сержанта. Он получил задание отслеживать бывших офицеров гестапо и диверсантов в Ганновере. За выполнение этого задания Киссинджер был награждён Бронзовой звездой. В июне 1945 года был назначен командиром подразделения Корпуса контрразведки района Бергштрасе земли Гессен с основной обязанностью — проведение денацификации района.